Das Produkt muss von Primer- und dNTP Rückständen befreit sein. Vorhandene Primerrückstände führen zu Mischsequenzen – bereits ein fünfprozentiger Anteil an Primer führt bereits zu unleserlichen Mischsequenzen. Die dNTPs würden die dNTP/ddNTP-Konzentration in der Sequenzierreaktion beeinflussen. Wir empfehlen daher die Aufreinigung mit kommerziell erhältlichen PCR-Aufreinigungs- „Spin Column“ Kits“.