Die passende Antwort auf häufig gestellte Fragen
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Allgemeine Fragen zur Probenübermittlung, Bestellung, zum Probenversand und zu Ergebnissen finden Sie hier:
Welche Art von Proben kann verwendet werden?
Für INVIEW METAGENOME ADVANCE akzeptieren wir aus der klinischen Forschung stammende Proben menschlichen Ursprungs (z. B. Abstriche, Faeces, Lavage). Auf Anfrage können für die Analyse des gesamten Metagenoms viele Arten von Ausgangsmaterialien verwendet werden, wie z. B.:
Lebensmittelproben für die Qualitätskontrolle und Nachweis von Pathogenen im industriellen Umfeld (Molkereien, Brauereien, fleischverarbeitende und landwirtschaftliche Einrichtungen)
Umweltproben
Eurofins Genomics hat besonders viel Erfahrung mit der DNA-Isolierung und Sequenzierung von Stuhlproben.
Wieviel Ausgangsmaterial wird benötigt?
Spezifische Informationen über die für spezielle Methoden der Bibliothekerstellung benötigte Menge und Konzentration finden Sie in Ihrem Angebot – oder Sie wenden sich direkt an uns. Um optimale Ergebnisse zu erzielen, benötigen wir in der Regel > 100 ng aufgereinigte Doppelstrang-DNA (die Gesamtmenge hängt vom Anteil mikrobieller DNA in der Probe ab). Bitte beachten Sie, dass die DNA RNA-frei sein und eine OD 260/280 von > 1,8 und OD 260/230 von > 2,0 haben muss.
Welche Art von Daten erhalte ich?
Eurofins Genomics liefert Tabellen (TSV, TXT) mit Auflistungen aller in Ihrer Probe vorhandenen Gattungen und den jeweiligen Read-Anzahlen. Zusätzlich erhalten Sie alle Rohdaten der Sequenzierung.
Operationale taxonomischen Einheiten (OTUs), klassifiziert vom Kraken‘schen exakten k-mer-Alignmentalgorithmus und der entsprechenden MiniKrakenDB-Datenbank, werden in Tabellenform mit taxonomischer Identifizierung dargestellt.
Welche Abdeckung ist für die Metagenom-Analyse notwendig?
Die für die Metagenom-Sequenzierung erforderliche Sequenzierungstiefe richtet sich vor allem nach der Komplexität der Probe (der Anzahl und Repräsentation der einzelnen Spezies) sowie nach dem Grad der erwarteten Wirtskontamination. Mikrobengemeinschaften hoher Komplexität mit hohen Hintergrundwerten an Wirts-DNA erfordern mehr Abdeckung als Proben geringerer Komplexität und mit einem geringeren Grad an Wirts-DNA-Kontamination. Im Zweifelsfall empfehlen wir, die erforderliche Sequenzabdeckung anhand eines Pilotversuchs an einer Untergruppe von Proben zu bestimmen.
Garantieren Sie einen bestimmten Output für die Sequenzierung?
Ja, Inview Metagenome Advance beinhaltet eine Garantie für 10 Millionen Read-Paare. Weitere Read-Pakete können separat bestellt werden.
Welche Organismen können nachgewiesen werden?
Die Metagenomanalyse ermöglicht die Identifizierung von Mikroorganismen unabhängig von taxonomischen Markern wie z. B. 16S rRNA. Anhand der Metagenomsequenzierung können sowohl kultivierbare als auch nicht-kultivierbare Organismen wie z. B. Bakterien, Archaeen, Pilze, Protozoen und Viren identifiziert werden. Zwar hat Eurofins Genomics am meisten Erfahrung mit der Profilierung der humanen Mikrobiota, wir charakterisieren jedoch auch mit Erfolg Elemente aus Mikrobengemeinschaften aus Lebensmittel-, Industrie und Umweltproben.
Welchen Service soll ich wählen – die gezielte Amplikon-Sequenzierung oder Metagenom-Sequenzierung?
Sowohl Amplikon- als auch Metagenom-Sequenzierung weisen klare Vorteile sowie auch Nachteile auf. Ihre Methode der Wahl sollte sich nach Ihrem Forschungsziel richten. Der Erfolg eines Projekts hängt in der Regel von mehreren Faktoren ab, wie z. B. von der Zusammensetzung der Gemeinschaft, der Häufigkeit eng verwandter Arten und der Sequenzierungstiefe.
Amplikon-Sequenzierung bietet eine zweckmäßige taxonomische Profilerstellung einer großen Anzahl von Proben. Dieser Ansatz ermöglicht die Erkennung von feinen Unterschieden zwischen Mikrobengemeinschaften; daher ist die Methode für statistische Vergleiche vorteilhaft, wie z. B. für Fall-Kontroll-Studien oder für Probenahmen aus unterschiedlichen Umgebungen im Lauf der Zeit.
Metagenom-Sequenzierung ist nicht auf einen bestimmten Satz von Primern angewiesen, wodurch die Methode frei ist von taxon-spezifischem PCR-Bias. Dadurch sind präzisere Darstellungen der analysierten Mikrobiota und zuverlässigere Schätzungen von Artenhäufigkeiten möglich. Die Metagenomanalyse kann Informationen sowohl über die taxonomischen als auch die funktionellen Eigenschaften einer bestimmten Probe liefern.
Was ist der Unterschied zwischen Inview Metagenome Explore und Inview Metagenome Advance?
Inview Metagenome Explore ist ideal geeignet für eine breit angelegte taxonomische Profilierung aller in einem bestimmten Mikrobiom vorhandenen Organismen. Die inbegriffenen 10 Millionen Read-Paare eignen sich zur Analyse von Metagenomen geringer Komplexität sowie auch für eine umfassende Übersicht über Gattungen in komplexen Metagenomen. Eine tiefere Sequenzabdeckung kann anhand von zusätzlichen Read-Paketen erreicht werden.
Inview Metagenome Advance bietet zusätzlich zur taxonomischen Charakterisierung eine detaillierte Beurteilung von Antibiotikaresistenzen und der Funktion in der Gemeinschaft. Das Produkt ist ideal für die Profilerstellung komplexer Metagenome. Für eine tiefere Sequenzabdeckung als die inbegriffenen 10 Millionen Read-Paare können zusätzliche Read-Pakete hinzugefügt werden. Der Service kann auf die Quantifizierung funktioneller Prozesse in einer speziellen Gemeinschaft oder auf die Erkennung zahlreicher Resistenzfaktoren in einer ungestörten natürlichen Umgebung angewendet werden. Bitte beachten Sie, dass die erforderliche Sequenziertiefe für eine erfolgreiche Metagenomprofilierung stark von der Komplexität und dem erwarteten Grad an Wirtskontamination des Ausgangsmaterials beeinflusst wird. Daher ist möglicherweise ein zusätzlicher Sequenzier-Aufwand erforderlich, um zufriedenstellende Ergebnisse zu erzielen.