Sowohl Amplikon- als auch Metagenom-Sequenzierung haben jeweils Vorteile und Nachteile.
Ihre Methode der Wahl sollte sich nach Ihrem Forschungsziel richten. Der Erfolg eines Projekts hängt ganz allgemein von mehreren Faktoren ab, wie z. B. von der Zusammensetzung der Gemeinschaft, der Häufigkeit eng verwandter Arten oder Stämme und der Tiefe der Sequenzierungsabdeckung.
Amplikon-Sequenzierung bietet eine zweckmäßige Beurteilung der taxonomischen Zusammensetzung und Vielfalt einer großen Anzahl von Proben. Da man bessere Möglichkeiten hat, feine Unterschiede zwischen Mikrobengemeinschaften zu erkennen, ist die Methode für statistische Vergleiche vorteilhaft, wie z. B. für Fall-Kontroll-Studien oder für Probenahmen aus unterschiedlichen Umgebungen im Lauf der Zeit.
Metagenom-Sequenzierung ist aufgrund der verwendeten Zusammenstellung an Primern frei von taxonspezifischem PCR-Bias. Dies ermöglicht präzisere Darstellungen der analysierten Mikrobiota und zuverlässigere Schätzungen von Artenhäufigkeiten. Darüber hinaus können anhand der Metagenomanalyse sowohl taxonomische als auch funktionelle Eigenschaften einer bestimmten Probe aufgeklärt werden.