Volllängen Genome von nur 1000 Kopien der SARS-CoV-2 RNA
SARS-CoV-2 wird durch ein +- und Einzel-Strang RNA Molekül kodiert, das mit Wirts-RNA bei der Isolation der Probe vermischt werden kann. Dieses Produkt beinhaltet eine Reverse Transkription der RNA in cDNA, Anreicherung des viralen Genoms mit Hilfe eines verbesserten Primer Sets - vergleichbar mit den ARTIC Primern - (bestehend aus > 200 Primer Paaren, die das gesamte 29.9 kb Virusgenom abdecken), Herstellung einer hochqualitativen Bibliothek und Sequenzierung.
++INFO: unser verbessertes Primer Set detektiert alle Varianten des SARS-CoV-2 Virus, inklusive Omikron ++
Anwendungsbereiche
- Sequenzier-Service um die Epidemiologie von Infektionskrankheiten zu untersuchen
- Phylogenetische Studien
- Virus-Varianten Identifikation und eine Nachverfolgung der Antigen-Evolutions für die Impfstoffherstellung
- Corona Forschungsprojekte
Besonderheiten des Artic SARS-CoV2 RNA-Seq Produktes
- Sequenzierung des gesamten viralen ssRNA Genoms (29.9 kb)
- Abhängig von der Viruslast ca. 0,5 Million Read Pairs pro Probe
Projektspezifikationen
- Individuelle Chargengröße ab einer Probe
- Präparation der cDNA, Anreicherung des viralen Genoms mit Hilfe der ARTIC V3 Primer und Bibliotheken-Herstellung
- Sequenzierung mit dem 2x150 bp Read Modus und einer durchschnittlichen Ausbeute von ca. 1 M Read Pairs (2x 150 bp)
- Trimming der Primer, Mapping auf die SARS-CoV-2 Referenz; SNP Tabelle, Alignment-basierte Konsensus-Virusgenom-Sequenz Herstellung für alle Proben mit einer Genomabdeckung von > 90%
- Verfügbar mit ISO 17025 Akkreditierung
Produktdetails
Akzeptiertes Ausgangsmaterial für
- Gesamt-RNA aus verschiedenen Startmaterialien
- DNAse-freie RNAMenge: Wenn die virale RNA zuvor durch einen qPCR assay bestimmt wurde, sollte der CT Wert zwischen 18–30. Falls der CT zwischen 12–15 liegt, dann sollte die Probe 100-fach in Wasser verdünnt werden. Liegt der CT Wert zwischen 16–18, dann bitte 10-fach in Wasser verdünnen. Dies reduziert die Wahrscheinlichkeit der PCR-Inhibition.
- Reinheit: OD 260/280: 1.8 - 2.0; OD 260/230: 2.0 - 2.2; RIN or RQI value ≥ 8
- Volumen: 20µl
Spezifikationen
ARTIC SARS-CoV-2 RNA Bibliothek
- 150 bp Paired-End Reads
- Durchschnittlich 0,5 M Read Pairs - abhängig von der Viruslast
- Sequenzbereinigung um die Adaptoren und Basen mit schlechter Qualität zu entfernen
- Mapping von hochwertigen Sequenzierrads to der Referenz des SARS-CoV-2 Genoms
- Identifizierung der SARS-CoV-2 positiven Proben basierend auf der Genomabdeckungs-Analyse
- Bestimmung der Konsenussequenz* von SARS-CoV-2 der Isolate
- Ausführliche Berichte
*Die Konsensussequenz wird für alle Isolate erstellt die eine ausreichende Abdeckung zur Referenzsequenz aufweisen (>3x minimale Abdeckung von >95% des SARS-CoV-2 Genoms)
- Rohdaten der Sequenzierung (FastQ - durchschnittlich 1.0 M Reads, 2x150 Illumina Reads um das virale Genom ausreichend abzudecken)
- Volllängen-Konsensus-Sequenz und die Varianten (für alle Proben, wo 90% des Genoms mit mindestens 15-30x für jede Base abgedeckt ist)
- Bioinformatische Analyse und Report inklusive einer umfangreichen Variantentabelle, Pangolin code (zBsp. B.1.1.7 für die UK Variante), "Coverage plots", "key quality metrics", usw.
- Alle Daten können ganz einfach von unserem sicheren FTP Server heruntergeladen werden.
Wichtige Information
Bei diesen Proben ist leider eine Eingangs-QC nicht möglich. Sollten die Proben die finale QC vor der Sequenzierung nicht bestehen, werden die Proben nicht sequenziert. (es werden nur die Kosten für die Bibliotheken-Herstellung in Rechnung gestellt).
"Waste water" testing
Schmutzwasser-Proben können mit Hilfe unserer speziellen Produktionsstrasse für SARS-CoV-2 ebenfalls zuverlässig analysiert werden.
Die Analyse von Schmutzwasser ist ein hervorragender Ansatz um die SARS-CoV-2 Verteilung in einer Bevölkerung zu untersuchen.
Untersuchung des Spike (S) Gens von SARS-CoV-2
Dieser Service beinhaltet die reverse Transkription von RNA in cDNA, Anreichung des Spike (S) Gens mit Hilfe eines verbesserten Primer Sets (ähnlich zu den ARTIC Primern) - Bibliotheken-Herstellung und Sequenzierung.
Die Primer decken das komplette S-Gen ab (3.822 kb S-gene).
crAssphage und "pepper mild mottle" Virus werden als Indikatoren für die Anwesenheit von menschl. Stuhl ebenfalls nachgewiesen.
Interne "Spike-In" Kontrollen messen das Vorhandensein von PCR Inhibitoren, um falsch negative Ergebnisse zu verhindern.
Unser Primer Set funktioniert mit allen SARS-CoV-2 Varianten (inklusive Omikron).
Außergewöhnliche Sensitivität
Das Eurofins Genomics NGS-Protokoll wurde speziell für Schmutzwasser Proben entwickelt, die normalerweise eine sehr geringe Viruslast aufweisen. Hierdurch wird eine komplette Abdeckung des S-Gens ermöglicht, wenn der Ct der Proben unter 36 liegt.
Desweiteren wurde das Protokoll so optimiert, dass auch die verschiedenen Varianten von SARS-CoV-2 bestimmt werden können, falls Sie gemeinsam vorkommen.
Der SARS-CoV-2 "Surveillance Report" beinhaltet eine umfassende Analyse des SARS-CoV-2 Status (inklusive des Vorhandenseins von menschlichem Stuhl und der Bestimmung von PCR Inhibitoren), Mutations-Tabellen, den "Pangolin" Code der vorhanden Varianten, "Coverage plots" und Qualitätswerte.
Für gemischte Populationen von SARS-CoV-2, wird das Verhältnis der Varianten ebenfalls angegeben.
Ausgangsmaterial
- Gesamt-RNA
- DNAse-freie RNA
- Ct Wert < 36
- Volumen: 20µl