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Volllängen Genome von nur 1000 Kopien der SARS-CoV-2 RNA

SARS-CoV-2 wird durch ein +- und Einzel-Strang RNA Molekül kodiert, das mit Wirts-RNA bei der Isolation der Probe vermischt werden kann. Dieses Produkt beinhaltet eine Reverse Transkription der RNA in cDNA, Anreicherung des viralen Genoms mit Hilfe eines verbesserten Primer Sets - vergleichbar mit den ARTIC Primern - (bestehend aus > 200 Primer Paaren, die das gesamte 29.9 kb Virusgenom abdecken), Herstellung einer hochqualitativen Bibliothek und Sequenzierung.

++INFO: unser verbessertes Primer Set detektiert alle Varianten des SARS-CoV-2 Virus, inklusive Omikron ++

Anwendungsbereiche

  • Sequenzier-Service um die Epidemiologie von Infektionskrankheiten zu untersuchen
  • Phylogenetische Studien
  • Virus-Varianten Identifikation und eine Nachverfolgung der Antigen-Evolutions für die Impfstoffherstellung
  • Corona Forschungsprojekte
  • "Waste water" Untersuchen - Details zu Proben aus Schmutzwasser sind im Tab "Schmutzwasser" zu finden

Besonderheiten des Artic SARS-CoV2 RNA-Seq Produktes

  • Sequenzierung des gesamten viralen ssRNA Genoms (29.9 kb)
  • Abhängig von der Viruslast ca. 0,5 Million Read Pairs pro Probe

Projektspezifikationen

  • Individuelle Chargengröße ab einer Probe
  • Präparation der cDNA, Anreicherung des viralen Genoms mit Hilfe der ARTIC V3 Primer und Bibliotheken-Herstellung
  • Sequenzierung mit dem 2x150 bp Read Modus und einer durchschnittlichen Ausbeute von ca. 1 M Read Pairs (2x 150 bp)
  • Trimming der Primer, Mapping auf die SARS-CoV-2 Referenz; SNP Tabelle, Alignment-basierte Konsensus-Virusgenom-Sequenz Herstellung für alle Proben mit einer Genomabdeckung von > 90%
  • Verfügbar mit ISO 17025 Akkreditierung

 

Produktdetails

Akzeptiertes Ausgangsmaterial für

  • Gesamt-RNA aus verschiedenen Startmaterialien
  • DNAse-freie RNAMenge: Wenn die virale RNA zuvor durch einen qPCR assay bestimmt wurde, sollte der CT Wert zwischen 18–30. Falls der CT zwischen 12–15 liegt, dann sollte die Probe 100-fach in Wasser verdünnt werden. Liegt der CT Wert zwischen 16–18, dann bitte 10-fach in Wasser verdünnen. Dies reduziert die Wahrscheinlichkeit der PCR-Inhibition.
  • Reinheit: OD 260/280: 1.8 - 2.0; OD 260/230: 2.0 - 2.2; RIN or RQI value ≥ 8
  • Volumen: 20µl

Details zu "Schmutzwasser" Proben befinden sich im nächsten Tab

Spezifikationen

 

Library-Typen

ARTIC SARS-CoV-2 RNA Bibliothek

 

Sequenzierungsplattform

Illumina

Sequenziermodus

  • 150 bp Paired-End Reads
  • Durchschnittlich 0,5 M Read Pairs - abhängig von der Viruslast

 

Bioinformatische Analyse

  • Sequenzbereinigung um die Adaptoren und Basen mit schlechter Qualität zu entfernen
  • Mapping von hochwertigen Sequenzierrads to der Referenz des SARS-CoV-2 Genoms
  • Identifizierung der SARS-CoV-2 positiven Proben basierend auf der Genomabdeckungs-Analyse
  • Bestimmung der Konsenussequenz* von SARS-CoV-2 der Isolate
  • Ausführliche Berichte

 

*Die Konsensussequenz wird für alle Isolate erstellt die eine ausreichende Abdeckung zur Referenzsequenz aufweisen (>3x minimale Abdeckung von >95% des SARS-CoV-2 Genoms)

 

 

Gelieferte Ergebnisse der bioinformatischen Analyse

  • Rohdaten der Sequenzierung (FastQ - durchschnittlich 1.0 M Reads, 2x150 Illumina Reads um das virale Genom ausreichend abzudecken)
  • Volllängen-Konsensus-Sequenz und die Varianten (für alle Proben, wo 90% des Genoms mit mindestens 15-30x für jede Base abgedeckt ist)
  • Bioinformatische Analyse und Report inklusive einer umfangreichen Variantentabelle, Pangolin code (zBsp. B.1.1.7 für die UK Variante), "Coverage plots", "key quality metrics", usw.
  • Alle Daten können ganz einfach von unserem sicheren FTP Server heruntergeladen werden.

Lieferzeit

7-10 Werktage

 

 

 

Wichtige Information

Bei diesen Proben ist leider eine Eingangs-QC nicht möglich. Sollten die Proben die finale QC vor der Sequenzierung nicht bestehen, werden die Proben nicht sequenziert. (es werden nur die Kosten für die Bibliotheken-Herstellung in Rechnung gestellt).

 

"Waste water" testing

Schmutzwasser-Proben können mit Hilfe unserer speziellen Produktionsstrasse für SARS-CoV-2 ebenfalls zuverlässig analysiert werden.

Die Analyse von Schmutzwasser ist ein hervorragender Ansatz um die SARS-CoV-2 Verteilung in einer Bevölkerung zu untersuchen.

Untersuchung des Spike (S) Gens von SARS-CoV-2

Dieser Service beinhaltet die reverse Transkription von RNA in cDNA, Anreichung des Spike (S) Gens mit Hilfe eines verbesserten Primer Sets (ähnlich zu den ARTIC Primern) - Bibliotheken-Herstellung und Sequenzierung.

Die Primer decken das komplette S-Gen ab (3.822 kb S-gene).

crAssphage und  "pepper mild mottle" Virus werden als Indikatoren für die Anwesenheit von menschl. Stuhl ebenfalls nachgewiesen.

Interne "Spike-In" Kontrollen messen das Vorhandensein von PCR Inhibitoren, um falsch negative Ergebnisse zu verhindern.

Unser Primer Set funktioniert mit allen SARS-CoV-2 Varianten (inklusive Omikron).

Außergewöhnliche Sensitivität

Das Eurofins Genomics NGS-Protokoll wurde speziell für Schmutzwasser Proben entwickelt, die normalerweise eine sehr geringe Viruslast aufweisen. Hierdurch wird eine komplette Abdeckung des S-Gens ermöglicht, wenn der Ct der Proben unter 36 liegt.

Desweiteren wurde das Protokoll so optimiert, dass auch die verschiedenen Varianten von SARS-CoV-2 bestimmt werden können, falls Sie gemeinsam vorkommen.

Der SARS-CoV-2 "Surveillance Report" beinhaltet eine umfassende Analyse des SARS-CoV-2 Status (inklusive des Vorhandenseins von menschlichem Stuhl und der Bestimmung von PCR Inhibitoren), Mutations-Tabellen, den "Pangolin" Code der vorhanden Varianten, "Coverage plots" und Qualitätswerte.

Für gemischte Populationen von SARS-CoV-2, wird das Verhältnis der Varianten ebenfalls angegeben. 

Ausgangsmaterial

  • Gesamt-RNA
  • DNAse-freie RNA
  • Ct Wert < 36
  • Volumen: 20µl

 

 

 

Production Site
  • Europe
  • America
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