Identifizieren Sie die Gene in Ihrem Transkriptom
De novo Transkriptom-Sequenzierung - Welche Wege können Sie gehen?
Die de novo-Transkriptom-Sequenzierung untersucht die exprimierten Gene zu einem bestimmten Zeitpunkt und unter definierten physiologischen Bedingungen. Für die Assemblierung von Volllängen-Transkripten müssen mehrere Reads pro Transkript erzeugt werden.
Die Sequenzierung unserer strang-spezifischen cDNA Bank auf dem Illumina NovaSeq liefert Ihnen mehrere Dutzend Millionen 150 bp Illumina-Reads. In der Regel ist die Kapazität eines Kanals viel zu hoch für nur ein Transkriptom, so dass Sie mehrere Banken in einem Kanal analysieren können. Um Ihnen die Arbeit zu erleichtern, hat Eurofins Genomics eine spezielle Software Pipeline für die de novo Assemblierung kurzer Illumina-Reads entwickelt. Dadurch wird die Transkript-Rekonstruktion für Sie noch kostenattraktiver.
Ihre Vorteile:
- Detektion seltener oder unbekannter Transkripte
- Strang-spezifisches Protokoll
- Kostengünstige de novo Transkriptom-Daten
Sie benötigen zusätzliche Informationen für Ihr spezielles Projekt oder ein individuelles Angebot? Sprechen Sie uns einfach an!
Ausgewählte Publikationen zum Thema de novo Transkriptom-Sequenzierung
2014
De novo transcriptome analysis: Merlot, S. et al., The metal transporter PgIREG1 from the hyperaccumulator Psychotria gabriellae is a candidate gene for nickel tolerance and accumulation. Journal of experimental botany
De novo transcriptome analysis: Højland, D. et al., Adaptation of Musca domestica L. field population to laboratory breeding causes transcriptional alterations. PloS one 9(1)
De novo transcriptome with FLX: Safavi-Hemami et al. Diversity of Conotoxin Gene Superfamilies in the Venomous Snail, Conus victoriae. PLoS ONE 9(2)
De novo transcriptome with FLX: Yamauchi et al. Newly Developed SNP-Based Identification Method of Hop Varieties. ASBC 72(4)
De novo transkriptome with FLX and expression profiling with HiSeq: Shimizu et al. Qualitative de novo analysis of full length cDNA and quantitative analysis of gene expression for common marmoset (Callithrix jacchus) transcriptomes using parallel long-read technology and short-read sequencing. PLOS One, 9(6)
2013
De novo transcriptome with FLX: D'Agostino et al. Genomic analysis of the native European Solanum species, S. dulcamara. BMC Genomics 14:356
De novo transcriptome with FLX: Passos M et al. Analysis of the leaf transcriptome of Musa acuminata during interaction with Mycospharella musicola: gene assembly, annotation and marker development. BMC Genomics 14:78
2012
De novo transcriptome with FLX: Urbarova I et al. Digital Marine Bioprospecting: Mining new neurotoxin drug candidates from the transcriptomes of cold-water sea anemones. Marine Drugs 10(10)
De novo transcriptome with HiSeq: Mutasa-Göttgens E et al. A new RNASeq-based reference transcriptome for sugar beet and its application in transcriptome-scale analysis of vernalization and gibberellin responses. BMC Genomics 13:99
De novo transcriptome with FLX: Hroudova M et al. Diversity, Phylogeny and Expression Patterns of Pou and Six Homeodomain Transcription Factors in Hydrozoan JellyfishCraspedacusta sowerbyi. PLoS ONE 7(4):e36420.
2011
De novo transcriptome with FLX: Windisch H et al. Thermal acclimation in Antartic fish: transcriptomic profiling of metabolic pathways. AJP - Regu Physiol 301, 5
De novo transcriptome with FLX: Kuzina V, et al. Barbarea vulgaris linkage map and quantitative trait loci for saponins, glucosinolates, hairiness and resistance to the herbivore Phyllotreta nemorum. Phytochemistry. 2011 Feb 72, 2-3
2010
De novo transcriptome with FLX: Young, N.D. et al. Elucidating the transcriptome of Fasciola hepatica – A key to fundamental and biotechnological discoveries for a neglected parasite. Biotechnology Advances (2010) 28, 222-231
De novo transcriptome with FLX: Elmer KR. et al. Rapid sympatric ecological differentiation of crater lake cichlid fishes within historic times. BMC Biol. 2010 May 12; 8:60
De novo transcriptome with FLX: Johansen SD. et al. Approaching marine bioprospecting in hexacorals by RNA deep sequencing. New Biotechnology, Vol 27
2008
Expression profiling: Torres, T.T., Ottenwälder, B. et al. Gene expression profiling by massively parallel sequencing. Genome Research (2008) 18: 172-177
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