Häufig gestellte Fragen zu Produkten und Dienstleistungen

Allgemeine FAQs im Bereich Next Generation Sequencing >>

Für INVIEW Oncoprofiling (728 genes) akzeptieren wir frisch eingefrorene Proben sowie FFPE-Proben (Gewebe und Blut) und genomische DNA.
Für die Flüssigbiopsie-Analyse von aus Blutplasma isolierter zellfreier DNA (cfDNA) sehen Sie sich bitte unser Produkt INVIEW Liquid Biopsy Oncoprofiling (728 genes) an.

Die interessierenden Gene werden unter Verwendung firmeneigener Eurofins-Protokolle angereichert. Die Anreicherung der Zielregionen übertrifft die Ergebnisse, die auf der üblichen PCR-basierten Anreicherung erfolgen, dank der gleichmäßigen Abdeckung aller Exone der verschiedenen Gene. Die bewährte Methode zur Anreicherung von Zielregionen wurde von Eurofins optimiert: Mit ihr können hochkomplexe Bibliotheken aus geringsten DNA- Konzentrationen entwickelt werden und sie ergibt eine tiefgreifende und einheitliche Abdeckung. Im Anschluss an die Erfassung der Zielregionen wird eine Next Generation Sequenzierung der Bibliothek durchgeführt.

Der Service deckt die gesamten Exons von etwa 600 krebsrelevanten Genomregionen vollständig ab, einschließlich proteinkodierender Gene, ausgewählter Promotorregionen, miRNAs, und extra-exonische Varianten. Neben SNPs und InDels kann das Produkt auch CNVs erkennen.

• TMB is definiert als die Anzahl der somatischen, kodierenden, Basenaustausch- und InDel-Mutationen pro Megabase des kontrollierten Genoms.
  Alle Basenaustauschmutationen und InDels in der kodierenden Region der Zielgene, inklusive der gleichbedeutenden Mutationen, werden zu Beginn gezählt. Anschließend werden wie unten beschrieben verschiedene Filter angewendet
• Die folgenden Mutationen werden bei der TMB Berechnung in silico ausgeschlossen:
  • bekannte somatische Mutationen in COSMIC und ClinVar
  • Mutationen mit geringer statistischer Sicherheit
  • Bekannte Keimbahnvarianten aus der ExAC (gnomAD) Datenbank
  • Mutationen die mittels dem Somatisch-Keimbahn-Zgyotie Algorithmus als somatisch eingestuft werden
  • Mutationen in Tumor-Suppressor Genen aufgrund der INVIEW Oncopanel All-in-One Ausrichtung auf Krebsmutationen, die Auswirkungen haben und dem möglichen Bias des Panel-Designs
• Um den TMB pro Megabase zu berechnen wird die Gesamtzahl der gefundenen Mutationen anhand der Größe kodierenden Region in der Zielregion (in Megabasen) normalisiert (Mutationen pro Megabase, mut/Mb). Aufgrund der fehlenden Standardisierung in der TMB Quantifizierung können wir 3 Werte zur Verfügung stellen
  • Nicht-gleichbedeutende Mutationen
  • Nicht-gleichbedeutende Mutationen und zusätzlich InDels
  • Inklusive aller Mutationen

Der Goldstandard für die TMB Bestimmung ist klar die "Whole-Exome" Sequenzierung (WES). Spezialisierte Panel wie das INVIEW Oncoprofiling wurde aber in aufwändigen Studien auf die Verwendbarkeit für die TMB Bestimmung untersucht, da die Sequenzierkosten deutlich güngstiger und die Sensitivität deutlich höher ist.

Neueste Ergebnisse zeigen, dass Panels mit einer Größe von > 1.5 Mbp ausreichend geeignet sind um den TMB zu Bestimmung eine eine starken Übereinstimmung zu WES (Buchhalter et al. 2019, Int J Cancer 144:848–858).

Darüber hinaus liefert das INVIEW Oncoprofiling mit seiner Größe von 3 Mbp eine viel genauere TMB Bestimmung als kleinere Panels.

Die Erkennung von SNP und InDel hat eine technische Empfindlichkeit von bis zu 1 %.

Die Qualität und Quantität jeder Probe werden bei Eingang der Probe oder nach der DNA-Extraktion bestimmt. Weitere Qualitätskontrollen erfolgen bei verschiedenen Schritten des Prozesses.

Beide Tests bieten Variantenerkennung für Krebserkrankungen auf Basis eines validierten Onkologie-Panels. Die abgesuchten Gene und Genomveränderungen des Panels sind gleich. Ebenso basieren die verwendeten Techniken bei beiden Produkten auf Hybridisierung zur Anreicherung definierter Genabschnitte sowie auf Next Generation Sequenzierung.
Der Unterschied zwischen den beiden Produkten besteht in deren Ausgangsmaterial. INVIEW Oncoprofiling (728 genes) wird auf herkömmliches Ausgangsmaterial wie z. B. frisch eingefrorene und FFPE-Gewebeproben angewandt, während mit INVIEW Liquid Biopsy Oncoprofiling (728 genes) aus Blutplasmaproben extrahierte cfDNA analysiert wird.

Ja, die beiden Dienste eignen sich bestens für Studien, deren Ziel ein Vergleich der Leistungsfähigkeit herkömmlicher Biopsien gegenüber Flüssigbiopsien ist.

Auch bei Einreichung zusammengehöriger Proben (Tumorgewebe und Normalgewebe oder Blut vom selben Patienten) kann die gekoppelte Analysemethode Einschränkungen unterliegen. Die Varianz der Messungen an dieser einzelnen zugehörigen Referenzprobe wird höher sein als die einer Referenz, die aus mehreren Referenzproben besteht. Dies könnte zu einer geringen Anzahl von (falsch-positiven) CNV-Identifizierungen führen – auch in Fällen, in denen zwei zusammengehörige Proben tatsächlich die identische Kopienzahl haben.

Die Heterogenität eines Tumors kann eine korrekte Identifizierung aller relevanten Kopienzahlvariationen in einer gegebenen Probe erschweren. Auch wenn der Tumor selbst homogen ist, kann eine übermäßige Verunreinigung mit normalen Zellen zu Unterschieden bezüglich der Abdeckung führen, die selbst bei den hochsensitiven Methoden von Eurofins Genomics zu klein sind, um nachgewiesen zu werden.

Das Produkt steht nur für Forschungszwecke zur Verfügung. Der Service wird in einem nach ISO17025:2005 akkreditierten und nach ISO13485:2016 zertifizierten Labor durchgeführt.