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w10.0.13 | c1.0.0.25

PROD | u7.5.14

INVIEW Transcriptome

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Das INVIEW Transcriptome Bacteria Paket ist die beste Wahl für alle RNA-Seq Projekte prokaryotischer Proben.

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INVIEW Transcriptome Bacteria

Perfekt für alle prokaryotischen RNA-Seq Projekte, ab schon einer Probe.

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INVIEW Transcriptome Ultra Low

0.15 ng/µl Ausgangsmaterial sind ausreichend!

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INVIEW Transcriptome Discover

Gold Standard für die Bestimmung und Quantifizierung der differentiellen Genexpression
Hochempfindliche Erkennung von neuen Transkripten oder Spleißvarianten
Für jeden Organismus anwendbar

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Produkt-Details

Produkt	Bacteria	Discover	Ultra Low
Library-Typen	Strang-spezifische cDNA	Strang-spezifische cDNA	Strang-spezifische cDNA
Ausgangsmaterial	Prokaryoten	Für "total RNA" von verschiedenen Organismen, ab einer Probe	Eukaryoten
Sequenzier-Technologie	Illumina	Illumina	Illumina
Read-Mode	150 bp Paired-end Reads	150 bp Paired-end Reads	150 bp Paired-end Reads
Anzahl garantierter Reads	Vielfaches von 10M Read Paaren	Vielfaches von 30M Read Paaren	Vielfaches von 5M Read Paaren
Lieferzeit	15 Arbeitstage bis 192 Proben	15 Arbeitstage bis 192 Proben	Ab 27 Arbeitstagen

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Produkt	Bacteria	Discover	Ultra Low
Neue Transkripte	-	+	-
Strang-spezifische Informationen	+	+	+
Seltene Transcripte	Illumina	Illumina	Illumina
Spleißvarianten	n.a.	+	-
Transkript-Identifikation	+	+++	+
Differentielle Expression	+	+++	+
Mapping-Genauigkeit	Ausreichend	Optimal	Ausreichend
Referenzgenom	Notwendig	Zusätzlich	Notwendig

Bioinformatische Analyse (ab 2 Proben)

Halbautomatisches Mapping gegen eine Referenz
Identifizierung potenzieller Exon-Exon-Splice-Junctions
Identifizierung und Quantifizierung von Transkripten
Zusammenführung der identifizierten Stücke zu vollständigen Transkripten
Annotation der Transkripte anhand von bekannten Annotationen
Bestimmung von Expressionsniveaus
Paarweiser Vergleich der Expressionsniveaus und Bestimmung von signifikanten Fold-Unterschieden
Erkennung und Annotation von SNPs und InDels
Annotation von erkannten SNPs und InDels, die in der dbSNP registriert sind
Zuordnung von Auswirkungen auf Proteinebene, die bei Ensembl registriert sind

Lieferumfang

Alignment-Datei (BAM)
Genexpressionstabelle einschließlich FPKM-Wert (TSV)
Kombinierte Genexpressionstabelle für alle Proben (TSV)
Tabelle der wichtigsten exprimierten Gene (TSV)
Tabelle mit paarweise differenzieller Genexpression, einschließlich Foldchange und p-Wert (TSV)
Tabelle mit zwischen den Paaren differenziell exprimierten Genen (TSV)
SNP- und InDel-Tabellen einschließlich annotierter Varianten und Auswirkungen (VCF, TSV, BED)
Umfassender Datenanalysebericht (PDF)