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INVIEW Transcriptome

 

 

Wählen Sie das perfekte Paket für Ihre Anwendung.

Das INVIEW Transcriptome Bacteria Paket ist die beste Wahl für alle RNA-Seq Projekte prokaryotischer Proben.

 

 

 

 

 

 

 

INVIEW Transcriptome Bacteria

 

  • Perfekt für alle prokaryotischen RNA-Seq Projekte, ab schon einer Probe.

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INVIEW Transcriptome Ultra Low

 

  • 0.15 ng/µl Ausgangsmaterial sind ausreichend!

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INVIEW Transcriptome Discover

 

  • Gold Standard für die Bestimmung und Quantifizierung der differentiellen Genexpression
  • Hochempfindliche Erkennung von neuen Transkripten oder Spleißvarianten
  • Für jeden Organismus anwendbar

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Finden Sie Ihre passende INVIEW Transcriptome - Lösung hier

 

Produkt-Details

 

Produkt
Bacteria
Discover
Ultra Low
Library-Typen Strang-spezifische cDNA Strang-spezifische cDNA Strang-spezifische cDNA
Ausgangsmaterial Prokaryoten Für "total RNA" von verschiedenen Organismen, ab einer Probe Eukaryoten
Sequenzier-Technologie Illumina Illumina Illumina
Read-Mode 150 bp Paired-end Reads 150 bp Paired-end Reads 150 bp Paired-end Reads
Anzahl garantierter Reads Vielfaches von 10M Read Paaren Vielfaches von 30M Read Paaren Vielfaches von 5M Read Paaren
Lieferzeit 15 Arbeitstage bis 192 Proben 15 Arbeitstage bis 192 Proben Ab 27 Arbeitstagen

 

Welches Produkt soll ich wählen?

 

Produkt
Bacteria
Discover
Ultra Low
Neue Transkripte - + -
Strang-spezifische Informationen + + +
Seltene Transcripte Illumina Illumina Illumina
Spleißvarianten n.a. + -
Transkript-Identifikation + +++ +
Differentielle Expression + +++ +
Mapping-Genauigkeit Ausreichend Optimal Ausreichend
Referenzgenom Notwendig Zusätzlich Notwendig

 

Bioinformatische Analyse (ab 2 Proben)

  • Halbautomatisches Mapping gegen eine Referenz
  • Identifizierung potenzieller Exon-Exon-Splice-Junctions
  • Identifizierung und Quantifizierung von Transkripten
  • Zusammenführung der identifizierten Stücke zu vollständigen Transkripten
  • Annotation der Transkripte anhand von bekannten Annotationen
  • Bestimmung von Expressionsniveaus
  • Paarweiser Vergleich der Expressionsniveaus und Bestimmung von signifikanten Fold-Unterschieden
  • Erkennung und Annotation von SNPs und InDels
  • Annotation von erkannten SNPs und InDels, die in der dbSNP registriert sind
  • Zuordnung von Auswirkungen auf Proteinebene, die bei Ensembl registriert sind

 

 

Lieferumfang

  • Alignment-Datei (BAM)
  • Genexpressionstabelle einschließlich FPKM-Wert (TSV)
  • Kombinierte Genexpressionstabelle für alle Proben (TSV)
  • Tabelle der wichtigsten exprimierten Gene (TSV)
  • Tabelle mit paarweise differenzieller Genexpression, einschließlich Foldchange und p-Wert (TSV)
  • Tabelle mit zwischen den Paaren differenziell exprimierten Genen (TSV)
  • SNP- und InDel-Tabellen einschließlich annotierter Varianten und Auswirkungen (VCF, TSV, BED)
  • Umfassender Datenanalysebericht (PDF)

 

 

 

 

Literatur

 

 

 

 

 

 

 

 

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