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Oligonucleotide Synthesis

Gene Synthesis & Molecular Biology

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INVIEW Metagenome

 

 

INVIEW METAGENOME ist die Komplettlösung für die Next Generation Sequenzierung (NGS) zur Metagenomanalyse und taxonomischen Profilerstellung von Mikrobengemeinschaften in deren natürlicher Umgebung.

Dank seiner Unabhängigkeit von der gezielten Amplifikation ist das Produkt ideal für die eingehende Charakterisierung von Metagenomen geringer Komplexität oder für einen umfassenden Überblick über Gattungen in komplexen Gemeinschaften. Der Service bietet eine wertvolle Methode zur Untersuchung nicht-kultivierbarer Mikroorganismen, bei denen früher keine Analyse möglich war.

 

 

 

 

 

 

 

Anwendungen

 

  • Bestimmen relativer Häufigkeitsniveaus von Mikrobenarten, die im Labor schwierig oder unmöglich zu züchten sind
  • Quantifizieren von Mikroorganismen durch Bewertung der gesamten genomischen Information in einer Gemeinschaft statt nur gemeinsamer Marker wie 16S rRNA
  • Beobachten von Veränderungen in der Zusammensetzung der Mikrobengemeinschaft unter sich verändernden Umweltbedingungen
  • Erstellen eines Profils der funktionellen Eigenschaften eines bestimmten Mikrobioms
  • Identifizieren neuartiger Krankheitserreger 
  • Entdecken neuer Biomarker und bioaktiver Substanzen
  • Profilerstellung von biologischen Einheiten wie etwa Viren, die nicht anhand der 16S rRNA-Sequenzierung allein differenziert werden können
  • Analyse der relativen Häufigkeit von Mikrobenspezies im natürlichen Lebensraum
  • Beobachtung von Veränderungen der relativen Häufigkeit von Mikroorganismen unter unterschiedlichen Bedingungen oder Belastungen.

Besonderheiten

 

  • Identifizierung von funktionellen Prozessen in Mikrobenproben beliebiger Komplexität
  • Zuverlässige Erkennung von Antibiotikaresistenzen und Virulenzfaktoren
  • Next Generation Sequenzierung ganzer Genome anstatt nur spezifischer Loci wie z. B. 16S rRNA
  • Taxonomische Profilerstellung von Bakterien, Archaeen und Viren mit reduziertem Bias aufgrund einer Unabhängigkeit von taxonomischen Genmarkern wie z. B. 16S rRNA
  • Simultane Next-Generation Sequenzierung der Genome aller Mikroorganismen in einer bestimmten Probe

 

 

 

 

 

 

 

Produktspezifikationen & Bestellung

 

Ausgangsmaterial

Akzeptiertes Ausgangsmaterial

  • 100 ng gDNA (bis zu 100 µl / Konzentration > 1 ng/µl) aus humanem Probenmaterial

Bitte beachten Sie, dass für online angeforderte DNA-Isolierungen nur S1-klassifiziertes Material angenommen wird. Weitere Informationen über die derzeitigen Regelungen zur Klassifizierung biologischen Materials finden Sie hier. Bitte wenden Sie sich an uns für weitere Informationen zur DNA-Isolierung aus Material, das als S2 klassifiziert wurde.

Sequenzierungs-Spezifikationen

2 x 150 bp Paired-End Sequenzierung auf Illumina

 

Empfohlene Sequenziertiefe für ausgewählte Proben

 

Bioinformatische Analyse

Option 1:

  • Qualitätsbewertung der Sequenz
  • Entfernen von qualitativ minderwertigen Basen, Adaptern, Primern u. a.
  • Erstellung des taxonomischen Profils anhand der NCBI-Datenbank für Bakterien-, Archaeen-, Pilz-, Protozoen- und Virengenome
  • Entfernen von Wirtssequenzen (gilt nur für Proben von Mensch, Maus oder Ratte)

 

Llieferumfang:

  • FastQ-Dateien (Sequenzen und Qualitätswerte)
  • OTU-Tabellen (tsv) und Graphik (png) der OTU-Verteilung auf Phylum-, Genus- und Spezies-Ebene
  • Interaktive Graphiken der OTU-Verteilung auf Spezies-Ebene (html)
  • Tabellen (tsv) und Graphiken (png) der Diversitätsindizes der Spezien

 

 

Option 2:

  • Eingehende Beurteilung der Sequenzqualität vor Durchführung der Metagenom-Annotation
  • Entfernen von qualitativ minderwertigen Basen, Adaptern und Primern
  • Entfernen von Wirtssequenzen
  • Erstellung des taxonomischen Profils mithilfe der etablierten vorgefertigten MiniKraken-Datenbank, die aus vollständigen Bakterien-, Archaeen-, Pilz-, Protozoen- und Virengenomen in der RefSeq-Datenbank konstruiert wurde
  • Screenen auf Virulenzfaktoren und Antibiotikaresistenzgene mit der Mvir-Datenbank
  • KEGG – funktionelle Profilerstellung von Mikrobengemeinschaften mit Hilfe des integrierten Gen-Katalogs des menschlichen Darm-Mikrobioms (IGC)

 

Lieferumfang:

Taxonomische Profilerstellung

  • FastQ-Dateien (Sequenzen und Qualitätskennzahlen) 
  • OTU-Abundanztabellen (TSV) und -grafiken (PNG) für Phylum, Genus und Spezies
  • Interaktive Graphiken der OTU-Verteilung auf Spezies-Ebene (html)
  • Artendiversitätsindizes (TSV) und Diagramme (PNG)
  • Rarefizierungs-Kurven (PNG)

Funktionale Profilerstellung

  • KEGG-annotierte Tabellen (TSV) und Grafiken (PNG)
  • Korrelationsdiagramme (PNG)

Resistenzprofilerstellung

  • Virulenztabellen (TSV) und Grafiken (PNG)
  • Korrelationsdiagramme (PNG)

 

Lieferzeit

  • 12 Werktage für bis zu 192 Proben

  • 17 Werktage für bis zu 400 Proben

 

 

Literatur

 

 

 

 

 

 

 

 

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