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Oligonucleotide Synthesis

Gene Synthesis & Molecular Biology

Sanger Sequencing

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Genotyping & Gene Expression

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Bestimmen Sie die Mikroorganismen in Ihrer Probe

 

 

Unsere Mikrobiom-Analysen ermöglichen eine äußerst sensitive Identifizierung und Klassifizierung der mikrobiellen Population in Umwelt-, Lebensmittel- und klinischen Proben.

Für die Analyse amplifiziert Eurofins Genomics hypervariable Regionen des 16S rRNA Markergens oder des ITS (Internal Transcribed Spacer) Gens in Pilzen. Die PCR-Produkte werden auf dem Illumina MiSeq sequenziert.

 

 

 

 

 

 

 

Mikrobiom-Analyse mit 1-4 Zielregionen

  • Generierung von 1-4 Amplikons pro Probe durch ein zwei-stufiges PCR-Verfahren (Auswahl aus unserer Zielregionliste)
  • Poolen & Normalisieren der Amplikons
  • 2x 300 bp Sequenzierung auf dem MiSeq
  • Lieferung von garantiert 60.000 Cluster (Read-Paare) pro Amplikon
  • Sortierung der Reads nach Indices und Clipping der Primersequenzen
  • Merging überlappender Reads
  • Datenversand über FTP Server Upload
  • Mindestmenge: 1 Probe

2nd PCR Mikrobiom-Analyse

  • Sie führen die erste, Target-spezifische PCR und die DNA Aufreinigung (bevorzugt in EB Puffer) selbst durch
  • Durchführung der Index-PCR
  • Poolen, Sequenzierung etc. wie oben beschrieben
  • Mindestmenge: 1 Probe

 

 

 

 

 

Product Specifications & Ordering

 

Liste der Zielregionen

Taxonomische Analyse von Bakterien:

  • 16S V1-V3
  • 16S V3-V4
  • 16S V3-V5 

 

Taxonomische Analyse von Pilzen:

  • ITS1
  • ITS2

 

Taxonomische Analyse von Archaeen:

  • 16S Region

 

 

Ziehen Sie andere Target Regionen vor?

Dann senden Sie uns ihre Amplikons und wir fügen die Indexe hinzu. Diese Option eröffnet Ihnen vollste Flexibilität und kosteneffizientes Outsourcing sämtlicher nachfolgender Prozesse.

 

DNA Extraktion & Bio-IT Möglichkeiten

DNA Extraction

Als Erweiterung des Basispaketes, kann zusätzliche die Isolierung hochmolekularer DNA aus verschiedensten Ausgangsmaterialien bestellt werden.

  • Fermentierte Produkte, z.B. Käse, Joghurt
  • Anreicherungs- und Starterkulturen
  • Schleimhautabstriche
  • Humane und tierische Stuhlproben
  • Wasser- und Abwasserproben
  • Erde (kein Sand, sandiger Boden oder Sedimente)

Bioinformatische Analyse

Falls benötigt, kann optional auch eine umfangreiche bioinformatische Analyse durchgeführt werden

  • Prä-Prozessierung der Reads und Herausfiltern von chimären Reads
  • Auswahl repräsentativer OTU Sequenzen ((operational taxonomical unit)
  • Taxonomische Zuordnung und Abundanzabschätzung für alle OTUs bis hin zum Spezieslevel (wenn möglich)
  • Normalisierte Abundanzschätzung bakterieller und archaeeller OTUs unter Einbezug individueller Kopienzahlen der Markergene

 

 

Bestellung des INVIEW Microbiome Profiling Paketes

Hier haben wir alle wichtigen Informationen für Ihre InView Microbiome Profiling Bestellung zusammengefasst.

 

Generelle Informationen

  • Keine der 16S oder ITS Primer Kombination ermöglicht die Amplifikation von allen Spezies. Es ist daher zu empfehlen, mehrere Primer Kombination zu verwenden um die komplette Mikrobiom Population zu analysieren (z.B. Ihrmark et al., 2012; Toju et al., 2012)

 

DNA Aufreinigung

  • Bitte überprüfen Sie vor dem Einsenden von Proben, die eine DNA Aufreinigung benötigen, die Richtlinien in unserem "sample submission guide", um unnötige Wartezeiten (z.B. aufgrund zu geringer Probenmenge) zu verhindern.

 

Informationen bezüglich bioinformatischer Analysen

  • Das Level taxonomischer Zuordnung der Reads (bis hin zur Spezies) ist von mehreren Faktoren abhängig: Proben- / Sequenzierqualität, Diversität innerhalb der Familie und die Datenbank, die für die Zuordnung verwendet wird. Deshalb kann es sein, dass nicht für alle gefunden Organismen eine Zuordnung bis hin zur Spezies, sondern eventuell nur zum Genus bzw. der Familie erfolgen kann.
  • Die Sequenzierung erfolgt von beiden Seiten (paired-end), mit jeweils 300 bp. Allerdings beinhalten diese 300 Basen auch die Indices und am Ende Basen mit schlechter Qualität. Nach dem "Clipping" sind dier Reads deshalb ca. 40 bp kürzer (abhängig von der Proben- und Sequenzierqualität)
  • Aufgrund des derzeitigen Primerdesign ist eine taxonomische Zuordnung von Cyanobakterien nicht möglich.

 

Weitere Informationen erhalten Sie auch über die FAQs.

 

 

 

Literatur

 

 

 

 

 

 

 

 

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