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  • Bioinformatische Analyse

Sichern Sie sich Ihr Budget für später

Großartige Preise, schnelle Lieferzeiten und flexible Nutzung mit unseren neuen NGS Coupons

Next Generation Sequencing wird mehr und mehr eine Sanger-ähnliche Technologie, die regelmäßig im Laboralltag verwendet wird. Gerade auch für wenige Proben.

Als Marktführer im Bereich Sanger Sequenzierung wenden wir diese Strategie nun auch für NGS an - ein Vorausbezahl-System, das flexible eingesetzt werden kann.

Vorteile der NGS coupons

  • Eine Rechnung für viele (kleine) NGS Projekte​
  • Flexible Einlösung – keine Barcode pro Anwendung, sondern pro Technologie​
  • Einfache Preisstruktur​
  • Reduzierte Preise für bestimmte Produkte

Verfügbare Coupons

Um alle Produkte abzudecken, die von Ihnen regelmäßig benötigt werden haben wir 6 verschiedene Coupons eingeführt, die sie ganz einfach als Bezahlmethode für Ihre nächste Bestellung einsetzen können.

Coupon Typ
Inhalt Produkte
NovaSeq Sample Pack Coupon
  • Eine Bibliothek
  • 5M Read Paare (2x150 bp) auf dem NovaSeq
  • INVIEW Transriptome Discover / Bacteria
  • INVIEW Resequencing
  • INVIEW Metagenome
  • INVIEW CRISPR Check Adapter ligation
  • NGSelect Amplicon Adatper ligation
  • INVIEW Virus
NovaSeq Coverage Pack Coupon
  • 5M Read Paare (2x150 bp) auf dem NovaSeq
  • Nur in Verbindung mit dem NovaSeq Sample Pack Coupon
Bioinformatics Analysis
  • Bioinformatische Analyse für das bestellte Produkt (siehe nächstes Tab)
Alles außer Mikrobiom
MiSeq Sample Pack
  • Eine Amplikonbibliothek
  • 60k Read Paare (2x300 bp) auf dem MiSeq
  • INVIEW CRISPR Check 2nd PCR
  • NGSelect Amplicon 2nd PCR
Microbiome Coupon
  • Eine Amplikonbibliothek
  • 60k Read Paare (2x300 bp) auf dem MiSeq
  • Microbiome Profiling 1 - 4 targets
  • Microbiome 2nd PCR Projects
Microbiome BioIT Coupon
  • Mikrobiomanalyse (siehe nächstes Tab)

Bitte beachten

Die Zusatzcoupons können nur in Verbindung mit den Basis Coupons verwendet werden:


Wichtige Informationen!
Mindestbestellmenge: 10
Die Angebotspreise in anderen Währungen werden anhand des Listpreises berechnet. Alle Preise sind exklusive MwSt. Die NGS Coupons können nicht bar ausbezahlt werden oder zwischen Produkten aufgeteilt werden.

Die Barcodes können für folgende Produkte verwendet werden: INVIEW Resequencing, NGSelect Amplicon Adaptor ligation, INVIEW CRISPR Check Adaptor Ligation, INVIEW Metagenome, INVIEW Transcriptome Discover, INVIEW Transcriptome Bacteria, INVIEW Microbiome Profiling 3.0, NGSelect Amplicon 2nd PCR, und INVIEW CRISPR Check 2nd PCR, INVIEW Virus (dsDNA, RNA).

 

Ein Coupon - viele Möglichkeiten

NGS Bio-IT Coupon

Unser "NGS Bio-IT coupon" ist nicht nur für eine Datenanalyse verwendbar - sondern für mehrere - abhängig von dem Projekt das Sie dazu bestellt haben.

 

INVIEW Resequencing

  • Varianzanalyse: Erkennung und Annotation von Einzelnukleotid-Polymorphismen (SNPs) sowie Insertionen und Deletionen (InDels)
  • De novo-Genomassemblierung

INVIEW Metagenome

Analyse 1:

  • Qualitätsbewertung der Sequenz
  • Entfernen von qualitativ minderwertigen Basen, Adaptern, Primern u. a.
  • Erstellung des taxonomischen Profils anhand der NCBI-Datenbank für Bakterien-, Archaeen-, Pilz-, Protozoen- und Virengenome
  • Entfernen von Wirtssequenzen (gilt nur für Proben von Mensch, Maus oder Ratte)

 

Lieferumfang

  • FastQ-Dateien (Sequenzen und Qualitätswerte)
  • OTU-Tabellen (tsv) und Graphik (png) der OTU-Verteilung auf Phylum-, Genus- und Spezies-Ebene
  • Interaktive Graphiken der OTU-Verteilung auf Spezies-Ebene (html)
  • Tabellen (tsv) und Graphiken (png) der Diversitätsindizes der Spezien

 

Analyse 2:

  • Eingehende Beurteilung der Sequenzqualität vor Durchführung der Metagenom-Annotation
  • Entfernen von qualitativ minderwertigen Basen, Adaptern und Primern
  • Entfernen von Wirtssequenzen
  • Erstellung des taxonomischen Profils mithilfe der etablierten vorgefertigten MiniKraken-Datenbank, die aus vollständigen Bakterien-, Archaeen-, Pilz-, Protozoen- und Virengenomen in der RefSeq-Datenbank konstruiert wurde
  • Screenen auf Virulenzfaktoren und Antibiotikaresistenzgene mit der Mvir-Datenbank
  • KEGG – funktionelle Profilerstellung von Mikrobengemeinschaften mit Hilfe des integrierten Gen-Katalogs des menschlichen Darm-Mikrobioms (IGC)

Lieferumfang

Taxonomische Profilerstellung

  • FastQ-Dateien (Sequenzen und Qualitätskennzahlen) 
  • OTU-Abundanztabellen (TSV) und -grafiken (PNG) für Phylum, Genus und Spezies
  • Interaktive Graphiken der OTU-Verteilung auf Spezies-Ebene (html)
  • Artendiversitätsindizes (TSV) und Diagramme (PNG)
  • Rarefizierungs-Kurven (PNG)

Funktionale Profilerstellung

  • KEGG-annotierte Tabellen (TSV) und Grafiken (PNG)
  • Korrelationsdiagramme (PNG)

Resistenzprofilerstellung

  • Virulenztabellen (TSV) und Grafiken (PNG)
  • Korrelationsdiagramme (PNG)

INVIEW Transcriptome Bacteria / Discover

Option 2:

  • Halbautomatisches Mapping gegen eine Referenz
  • Identifizierung und Quantifizierung von Transkripten
  • Paarweiser Vergleich der Expressionsniveaus und Bestimmung von signifikanten Fold-Unterschieden
  • Principal Component Analysis (PCA)
  • Alternative Spleiß-Analyse baiserend auf bekannten/zur Verfügung gestellten Gen-Modellen für Eukaryoten
  • Fusions-Gen Bestimmung

Ergebnisse

  • Alignment-Datei (BAM)
  • Genexpressionstabelle einschließlich FPKM-Wert (TSV)
  • Kombinierte Genexpressionstabelle für alle Proben (TSV)
  • Tabelle mit paarweise unterschiedlicher Genexpression, einschließlich Foldchange und p-Wert (TSV)
  • Tabelle mit zwischen den Paaren unterschiedlich exprimierten Genen (TSV)
  • Volcano plots (png)
  • Tabelle der alternativen Spleiß-Ereignisse (tsv)
  • Tabelle der fusionierten Transkripte/Gene (tsv)
  • Umfassender Datenanalysebericht (PDF)

INVIEW CRISPR Check

Analyse

Sortieren der Sequenzen nach Tags

    • vom Kunden designte Tags
    • von Eurofins Genomcis designte Tags
  • CRISPR Mutationsanalyse

Mit der CRISPR Mutationsanalyse bewerten wir für Sie Mutationen, die Sie mit dem NHEJ Reperatursystem (non-homologous end joining) eingefügt haben. Die Pipeline untersucht Mutationsereignisse die auf einer einzigen Bruchstelle (cut site) beruhen.

  • Qualitäts-Clipping und Merging der Rohreads
  • Mapping auf die Zielregion(en) und Qualitätsfiltern der gemappten Reads
  • Clustering der Reads und darauf basierte Identifizierung und Quantifizierung von NHEJ Ereignissen
  • Quantifizierung der Mutationsraten und Leserahmenverschiebungen
  • Für jede Probe und Zielregion erhalten Sie folgende Informationen:
    • Sequenz des Wildtypallels und alternativer Allele inklusive deren Quantität
    • Plots zur beobachteten Mutationsrate und Leserahmenverschiebung
    • Rohdaten, Mapping und Coverage Statistiken

Lieferumfang

  • Umfassender Bericht mit Abschnitten zu Ergebnissen und Methoden /li>
  • Rohdaten als FASTQ Dateien
  • FASTQ Sequenzen nach Qualitäts-Clipping und Merging
  • Gemappte Reads im BAM Format (Rohreads und gefilterte Reads)
  • Sequenz des Wildtypallels und alternativer Allele inklusive deren Quantität
  • Metriken zu Rohdaten, Präprozessierungs-Daten, Mappingergebnisse und Coverage im CSV-Format

INVIEW Microbiome Profiling

 

  • Prä-Prozessierung der Reads und Herausfiltern von chimären Reads
  • Auswahl repräsentativer OTU Sequenzen ((operational taxonomical unit) 
  • Taxonomische Zuordnung und Abundanzabschätzung für alle OTUs bis hin zum Spezieslevel (wenn möglich)
  • Normalisierte Abundanzschätzung bakterieller und archaeeller OTUs unter Einbezug individueller Kopienzahlen der Markergene
  • Mikrobielle Diversitätsanalyse - alpha & beta Diversitäts-Indizes

Ergebnisse

  • OTU Tabelle (tsv)
  • Graphische Repräsentation der taxonomischen Zuordnung (HTML)
  • Mikrobielle Diversitäts-Tabelle (tsv)
  • Umfassender Datenanalysebericht (PDF)

INVIEW Virus

1 Coupon / Probe (dsDNA / RNA Virus)

• Mapping gegen eine Referenzsequenz
• Bestimmung von SNPs und InDels
• Annotation der detektierten SNPs und InDels (unter Verwendung von dbSNP)
• Allokation von Effekten auf Protein-Ebene (unter Verwendung von Ensembl)

Lieferumfang

• Alignment Datei (bam)
• SNP und InDel Tabellen, inklusive annotierter Varianten und Effekte (vcf, tsv, bed)
• Umfassender Datenanalyse-Bericht (pdf)

 

 

 

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