Ultimate Precision Probes decken das gesamte sichtbare Spektrum von blauen bis roten Wellenlängen ab und bieten dadurch maximale Flexibilität bei der Assay-Entwicklung. Gleichzeitig sind alle hier vorgestellten Farbstoffe und Quencher unter IP-freundlichen Bedingungen für die kommerzielle Nutzung in Diagnostik-Kits verfügbar.

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Die Quenching-Effizienz steigt, je näher Fluorophor und Quencher beieinander liegen und je besser die Emissionswellenlänge des Fluorophors mit dem Absorptionsmaximum (Amax) des Quenchers übereinstimmt. Abhängig von der individuellen Oligosequenz sowie der jeweiligen Quencher-/Fluorophor-Kombination kann der tatsächliche Quenching-Bereich aufgrund weiterer physikalischer Effekte, wie beispielsweise Contact Quenching, von den dargestellten Werten abweichen. Alle Wellenlängenangaben erfolgen in nm.

Das können Sie von unseren Ultimate Precision Probes erwarten

• Intern gequenchte Sonde mit BHQ1 oder BHQ2 zwischen Base 9 und 10
• Große Auswahl an 5'-Farbstoffen: Details siehe Dye-/Quencher-Kombinationen
• 3'-Phosphatmodifikation zur Gewährleistung einer hohen Sondenstabilität
• 2’-Desoxyinosin [I], 2’-Desoxyuridin [U] und 5’-Methyl-dC [5MedC] als interne Modifikationen verfügbar
• Locked Nucleic Acid (LNA)-Basen zur Optimierung der Schmelztemperatur verfügbar
• DNA-Sequenzlängen von 10 bis 40 Basen
• Aufgereinigt mit einer neu entwickelten High-Resolution-HPLC-Methode für maximale Sondenleistung
• Qualitätssicherung durch MALDI-TOF-Massenspektrometrie
• Lieferung lyophilisiert oder in definierter Konzentration
• Wahl des Lösungsmittels: Wasser oder TE-Puffer (10 mM Tris, 1 mM EDTA; pH = 8)
• Maximale Flexibilität bei den Mengen: Geben Sie einfach die gewünschte Ausbeute in pmol oder nmol an
• Schnelle Lieferzeiten von 8 bis 10 Arbeitstagen

Optionale Services:

• Individuelle Normalisierung oder Aliquotierung
• Kundenspezifische Lösungsmittel
• Kundenspezifische Tubes
• Analysezertifikat

In qPCR-Experimenten zeigen Ultimate Precision Probes im Vergleich zu herkömmlichen dualmarkierten Sonden ein reduziertes Hintergrundsignal und eine höhere normalisierte Fluoreszenz (repräsentative Daten in Abbildung 1A und B). Insbesondere weisen Ultimate Precision Probes nach der Normalisierung höhere Endpunktfluoreszenzen und häufig frühere Ct-Werte auf, wodurch die Genauigkeit und Robustheit des qPCR-Assays verbessert werden.

Noch beeindruckender ist, dass Ultimate Precision Probes mit internem BHQ1 oder BHQ2 eine so hohe Quenching-Effizienz erreichen, dass ihre Leistung mit der von doppelt gequenchten Sonden vergleichbar ist. Im Vergleich zu Dual-Quencher-Sonden reduzieren Ultimate Precision Probes jedoch die Komplexität von Herstellung und Analyse sowie die damit verbundenen zusätzlichen Kosten.

Alle unsere Ultimate Precision Probes werden mit unserer neu entwickelten IP-RP-HPLC-Methode unter Verwendung optimierter Lösungsmittelsysteme aufgereinigt. Dies trägt ebenfalls zu einem reduzierten Hintergrundsignal bei, da die Baseline-Trennung des Zieloligonukleotids von seinen Nebenprodukten die Aufreinigungseffizienz erheblich verbessert.

Abbildung 1. Verbesserte Quenching-Effizienz mit Ultimate Precision Probes mit einem einzelnen internen Quencher: Amplifikationskurven von qPCR-Ergebnissen der Verdünnungsstufe 6 (10⁴) des Primerkonzentrations-Assays für die Zielregion N in unserem SARS-CoV-2-Modellsystem. Alle Sonden wurden mit einem 5’-FAM-Fluorophor und BHQ1 in unterschiedlichen Sondendesigns markiert. (A) Amplifikationsdiagramm ohne Hintergrundkorrektur (Rohdaten), (B) Amplifikationsdiagramm mit Hintergrundkorrektur (normalisierte Daten). Primerkonzentration (760 nmol/L); die blaue Linie zeigt die Standardsonde mit 3’-Quencher, die rote Linie die doppelt gequenchte Sonde, die grüne Linie die Ultimate Precision Probe und die schwarze Linie eine doppelt gequenchte Wettbewerbssonde (Mittelwert aus drei Experimenten). Alle Reaktionen wurden auf einem Roche LightCycler 480 unter Verwendung der LightCycler 480 Data Analysis Software (Roche, 2008) durchgeführt.

Weitere Informationen zu den neuen Ultimate Precision Probes finden Sie im entsprechendenapplication note.