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qPCR-Sonden mit einem intern platzierten Quencher für verbesserte Quenching-Eigenschaften
Entdecken Sie die perfekte Lösung für Ihre industriellen Anforderungen mit unseren Ultimate Precision Probes.
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Ihre Herausforderungen
Kommt Ihnen einiges davon bekannt vor?
Ultimate Precision Probes lösen das!
Um diese Herausforderungen zu bewältigen, stellt Eurofins Genomics die optimierten Ultimate Precision Probes vor.
Das neue Design mit einem einzigen internen Quencher, kombiniert mit der neu entwickelten HPLC-Reinigungsmethode, verbessert Ihre qPCR-Ergebnisse hinsichtlich Zuverlässigkeit, Genauigkeit und Robustheit.
Während herkömmliche dual-markierte Sonden in der Regel etwa 20 Basen zwischen dem Fluoreszenzfarbstoff und dem Quencher haben, reduzieren die Ultimate Precision Probes diesen Abstand auf nur 9 Basen. Der daraus resultierende stärkere FRET-Effekt führt zu einer deutlichen Verbesserung des Quenching der Hintergrundfluoreszenz im qPCR Assay.
IP-freundliches Fluorophor & Quencher Portfolio
Für maximale Flexibilität im Assay-Design decken Ultimate Precision Probes das gesamte sichtbare Spektrum von blauen bis roten Wellenlängen ab. Gleichzeitig werden alle präsentierten Fluorophor und Quencher unter IP-freundlichen Bedingungen für die kommerzielle Verwendung in diagnostischen Kits angeboten.
Wir freuen uns auf eine detaillierte Beratung, um ein Pilotprojekt ganz nach Ihren Bedürfnissen zu planen. Kontaktieren Sie uns bitte!
Die Quenching-Effizienz ist im Allgemeinen umso besser, je näher der Fluorophor und der Quencher räumlich beieinander liegen, und je besser die Emissionswellenlänge des Fluorophors mit dem Absorptionsmaximum (Amax) des Quenchers übereinstimmt. Die Quenching-Range kann im Vergleich zur angezeigten je nach individueller Oligo-Sequenz und Quencher/Fluorophor-Kombination aufgrund anderer physikalischer Effekte wie dem Kontaktquenching unterschiedlich sein. Alle Wellenlängeninformationen sind in nm angegeben
Weiterführende Informationen
Was Sie von unseren Ultimate Precision Probes erwarten können
Optionale Dienstleistungen:
Bitte beachten Sie, dass Ultimate Precision Probes für die qPCR-Analyse empfohlen und optimiert sind. Für Genotypisierungsassays empfehlen wir unsere Dual Labeled Probes.
In qPCR-Experimenten zeigen Ultimate Precision Probes einen geringeren Hintergrund und eine höhere normalisierte Fluoreszenz im Vergleich zu herkömmlichen dual-markierten Standardsonden (repräsentative Daten in Abbildung 1A und B). Insbesondere zeigen die Ultimate Precision Probes nach der Normalisierung eine höhere Endpunktfluoreszenz und häufig frühere Ct-Werte, wodurch die Genauigkeit und die Robustheit des qPCR Assays erhöht werden.
Noch beeindruckender ist, dass Ultimate Precision Probes mit internen BHQ1 und BHQ2 eine so starke Quenching-Effizienz aufweisen, dass die Leistung vergleichbar mit ihren doppelt gequenchten Derivaten ist. Aber im Vergleich zu Sonden mit zwei Quenchern sind die Komplexität in der Herstellung und Analyse und die damit verbundenen zusätzlichen Kosten mit den Ultimate Precision Probes geringer.
Alle unsere Ultimate Precision Probes werden mit unserer neu entwickelten IP-RP HPLC-Methode mit optimierten Lösungsmittelsystemen gereinigt. Dies trägt ebenfalls zu einem reduzierten Hintergrundsignal bei. Die erhöhte Auflösung ermöglicht eine bessere Auftrennung des Ziel-Oligonukleotids von seinen Nebenprodukten und steigert damit die Reinigungseffizienz erheblich.
Für weitere Informationen zu den neuen Ultimate Precision Probes lesen Sie bitte die entsprechende Application Note.
Abbildung 1. Verbesserte Quenching-Effizienzen unter Verwendung von Ultimate Precision Probes mit einem einzigen internen Quencher: Amplifikationskurven der qPCR-Ergebnisse für Verdünnungsstufe 6 (104 Zielkopien) für das N-Gen in unserem SARS-CoV-2-Modellsystem. Alle Sonden sind mit dem 5'-FAM-Fluorophor und BHQ1 markiert. Es werden verschiedene Sondenlayouts verglichen. (A) Amplifikationsdiagramm ohne Hintergrundkorrektur (Rohdaten), (B) Amplifikationsdiagramm mit Hintergrundkorrektur (normalisierte Daten). Primerkonzentration (760 nmol/L); die blaue Linie entspricht der Standardsonde mit 3'-Quencher; die rote Linie entspricht der doppelt gequenchten Sonde; die grüne Linie entspricht der Ultimate Precision Probe und die schwarze Linie entspricht der doppelt gequenchten Sonde eines Mitbewerbers (Mittelwert von drei Experimenten). Alle Reaktionen wurden unter Verwendung eines Roche LightCycler 480 mit der LightCycler 480 Datenanalysesoftware durchgeführt (vgl. Roche, 2008).
Literatur
Application Note
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