✔️ Optimale und vordefinierte Dye- und Quencher-Optionen

✔️ Verschiedene Synthesemaßstäbe und Endmengen verfügbar

✔️ Für jede Sonde wird eine HPLC-Aufreinigung durchgeführt

✔️ Sondenlängen zwischen 10 und 40 Basen (degenerierte Positionen mit nicht definierten Basenverhältnissen möglich)

✔️ Schnelle Produktion ab 3 Arbeitstagen

✔️ Lieferung getrocknet oder in Lösung mit der gewünschten Konzentration

✔️ Als Lösungsmittel können bidestilliertes Wasser oder TE-Puffer (10 mM Tris, 1 mM EDTA; pH = 8) gewählt werden

✔️ Qualitätskontrolle mittels OD-Messung und MALDI-TOF-MS-Analyse

✔️ Kostenloser Online-Qualitätsbericht inklusive MALDI-TOF-MS-Spektren

✔️ Alle Dokumente stehen in Ihrem Online-Konto kostenlos zur Verfügung

Klassische Dual-Labeled-Probes sind Hydrolysesonden, die entwickelt wurden, um die Spezifität der quantitativen PCR zu erhöhen.

Dual-Labeled-Probes, die in quantitativen Real-Time-PCR-Systemen eingesetzt werden, nutzen die 5' -> 3'-Exonuklease-Aktivität der Taq-Polymerase. Sie bestehen aus einem Fluorophor am 5'-Ende und einem 3'-Quencher und hybridisieren zwischen den PCR-Primern.

Während der Elongationsphase der PCR spaltet die 5' -> 3'-Exonuklease-Aktivität der Taq-Polymerase den Fluoreszenzreporter von der Sonde ab. Die Menge des freien Reporters nimmt mit steigender Anzahl der PCR-Zyklen zu. Das Fluoreszenzsignal des freien Reporters wird in Echtzeit gemessen und ermöglicht die Quantifizierung der Zielsequenz.

Verfügbare Dye-Quencher-Kombinationen:

• Verfügbare Synthesemaßstäbe: 0,01 bis 1,0 µmol
• Sondenlängen: 10 bis 40 Basen (degenerierte Positionen mit nicht definierten Basenverhältnissen möglich)
• Standardmäßig HPLC-aufgereinigt
• Produktionszeit: 3 bis 5 Arbeitstage (der Maßstab 1,0 µmol benötigt mehr Zeit)

Minimale und durchschnittliche Ausbeuten:

LocNA-Sonden ermöglichen das optimale Design hochspezifischer, kurzer Sonden.

LocNA-Sonden enthalten Locked Nucleic Acid (LNA)-Basen, die die Stabilität und Leistungsfähigkeit von qPCR-Assays verbessern. Diese modifizierten Basen besitzen eine 2'-O,4'-C-Methylenbrücke, die das 2'-Sauerstoffatom effektiv an das 4'-Kohlenstoffatom „bindet“. LocNA-Sonden sind die optimale Wahl für die Entwicklung hochspezifischer, kürzerer Sonden bei anspruchsvollen Zielsequenzen.

Verfügbare Dye-Quencher-Kombinationen:

Produktspezifikationen:

• Durchschnittliche Syntheseausbeute von 15 nmol bzw. 2 OD
• Sequenzlängen von 10 bis 40 Basen
• Bis zu 15 LocNA-Basen pro Sonde möglich
• Am 5'- und 3'-Ende sind ausschließlich DNA-Basen zulässig
• Standardmäßig HPLC-aufgereinigt
• Lieferung lyophilisiert oder konzentrationsangepasst in Tubes
• Produktionszeit beträgt 10 Arbeitstage

MGB-Sonden von Eurofins Genomics stabilisieren die Hybridisierung zwischen Sonde und Zielsequenz und erhöhen die Schmelztemperatur.

Die MGB-Sonden von Eurofins Genomics enthalten einen 5’-Fluoreszenzfarbstoff sowie den 3’-Eclipse-Quencher (EQ), der an das Minor Groove Binder (MGB)-Molekül gekoppelt ist.

Sonden mit einem MGB-Molekül bilden einen äußerst stabilen Duplex, wodurch die Schmelztemperatur (T_m) der Sonde deutlich erhöht wird. Dadurch können in der Real-Time-PCR im Vergleich zu herkömmlichen Dual-Labeled-Probes deutlich kürzere Sonden (bis hinunter zu 13 Basen) eingesetzt werden.

MGB-Sonden für Genexpressionsanalysen und SNP-Genotypisierung

Die doppelsträngige DNA wird durch Erhöhung der Temperatur denaturiert. In diesem Zustand wird der Fluoreszenzfarbstoff der Sonde durch den MGB-Eclipse-Quencher gequencht.

Abbildung 1: Genexpressionsanalyse (zum Vergrößern anklicken)

Molecular Beacons sind hairpinförmige Hybridisierungssonden.

Die Sequenz dieser Sonden ist so konzipiert, dass sie eine Hairpin-Struktur bildet, in der sich Fluoreszenzfarbstoff und Quencher in unmittelbarer Nähe zueinander befinden. Die Sonde ist dafür ausgelegt, zwischen den PCR-Primern zu hybridisieren.

Wenn die Sonde während des Annealing-Schritts der PCR an ihre Zielsequenz hybridisiert, öffnet sich die Schleifenstruktur, sodass Fluoreszenzfarbstoff und Quencher voneinander getrennt werden. Dadurch entsteht nach Anregung ein Fluoreszenzsignal. Die Signalstärke ist proportional zur Menge der Zielsequenz und wird in Echtzeit gemessen, um die Quantifizierung der Zielsequenz zu ermöglichen.

Molecular Beacons können als Dual-Labeled-Probes bestellt werden.

LightCycler-Sonden oder FRET-Sonden sind Hybridisierungssonden, die auf der Technik des Fluoreszenz-Resonanz-Energietransfers (FRET) basieren.

Sie bestehen aus einem Paar von Oligonukleotiden (Donor und Akzeptor), die jeweils mit unterschiedlichen Fluoreszenzfarbstoffen markiert sind.

Donor und Akzeptor werden so entwickelt, dass sie an benachbarte Regionen der Ziel-DNA hybridisieren und sich dabei in unmittelbarer Nähe zueinander befinden. Die Akzeptor-Sonde ist am 5'-Ende mit einem Fluoreszenzfarbstoff markiert, während die Donor-Sonde am 3'-Ende Fluorescein trägt. Eine Wechselwirkung der beiden Farbstoffe kann nur stattfinden, wenn beide Sonden an ihre Zielsequenz gebunden sind.

Während des FRET-Prozesses wird das fluoreszierende Donor-Molekül durch eine externe Lichtquelle angeregt und überträgt anschließend seine Energie auf den Akzeptor-Fluorophor. Der angeregte Akzeptor emittiert Licht einer anderen (längeren) Wellenlänge, das detektiert und gemessen werden kann.

Akzeptor

Donor

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BHQ1 [BHQ1] 480-580 nm

BHQ1 ist einer der Black Hole Quencher von Biosearch Technologies, Inc. BHQ1 ist ein hocheffizienter Dark Quencher für Dual-Labeled-Probes, Molecular Beacons und FRET-Sonden mit hervorragender spektraler Überlappung für alle Farbstoffe im grünen bis dunkelgelben Emissionsbereich.

BHQ2 [BHQ2] 520-650 nm

BHQ2 ist der zweite Black Hole Quencher von Biosearch Technologies, Inc. in unserem Portfolio. BHQ2 ist ein hocheffizienter Dark Quencher für Dual-Labeled-Probes, Molecular Beacons und FRET-Sonden mit 5’-Fluorophoren im dunkelgrünen bis orangefarbenen Emissionsbereich.

BBQ 650 [BBQ650] 550-750 nm

Der BlackBerry Quencher 650 ist ein hervorragender Quencher für langwellige Fluorophore in Dual-Labeled-Probes, Molecular Beacons und FRET-Sonden. Er eignet sich insbesondere für Farbstoffe wie Cy5, Cy5.5 sowie weitere Farbstoffe im roten bis nahinfraroten Emissionsspektrum.