Anwendungen & Services

• Identifikation genetischer Variationen wie Einzelbasenmutationen, Insertionen und Deletionen
• Profiling viraler Gemeinschaften und Monitoring von Ausbrüchen
• Unser Standard-Service zur Variantenanalyse umfasst die Detektion und Annotation von Keimbahn-SNPs, InDels und weiteren Mutationen
• Optionale rRNA-Depletion zur gezielten Anreicherung von RNA-Viren
• Für die optionale DNA- oder RNA-Isolation nutzen Sie bitte unseren Leitfaden zur Probenvorbereitung
• Proben mit Biosicherheitslevel höher als S2 werden nicht akzeptiert. GVOs nur mit Level S1
• Durchführung in ISO17025-zertifizierten Laboren in Europa Sichere
• Datenübertragung via FTP

• Qualitätskontrolle der DNA-Menge wird durchgeführt; bei RNA erfolgt zusätzlich eine Prüfung der RNA-Integrität
• Illumina-kompatible Bibliotheksvorbereitung für DNA oder RNA unter Verwendung der Unique Dual Indexing
• Technology (Illumina NovaSeq)
• Sequenziermodus: Paired-End
• Lese-Länge: 2 × 150 bp Flexible
• Lese-Pakete: in Vielfachen von 5 Millionen Read-Pairs verfügbar

DNA Viren:

• Probentyp: Gereinigte DNA (RNA-frei) 
• Reinheit (OD260/280): 1.8-2.0 
• Resuspensionspuffer: Wasser, EB, oder low TE
• Format:
  • Röhrchen: Barcodierte 1.5 ml safe-lock tubes Eppendorf safe-lock tubes;
  • Platten ab > 48 Proben in Eppendorf twin.tec PCR Plate 96, full-skirted, bitte Position G12 & H12 frei lassen
• Versandmethode: Raumtemperatur

Ausführliche Informationen zu Volumen, Menge und Konzentration finden Sie auf unserer Seite zur NGS‑Probenvorbereitung >>

RNA Viren:

• Probentyp: Gesamt-RNA (DNA-frei)  
• Reinheit (OD260/280): 1.8-2.2  
• Empfohlener RIN: ≥8.0  
• Resuspensionspuffer: Nuklease-freies Wasser oder Tris-HCL Puffer (pH 7.5 bis pH 8.0) 
• Format:
• • Röhrchen: Barcodierte 1.5 ml safe-lock tubes Eppendorf safe-lock tubes;
  • Platten ab > 48 Proben in Eppendorf twin.tec PCR Plate 96, full-skirted, bitte Position G12 & H12 frei lassen
• Versandmethose: Trockeneis. Kontaktieren Sie uns, falls Sie RNA Stabilisierungs-Röhrchen für den Versand bei Raumtemperatur verwenden möchten.

Ausführliche Informationen zu Volumen, Menge und Konzentration finden Sie auf unserer Seite zur NGS‑Probenvorbereitung >>

Datenbereitstellung & bioinformatische Analyse

• Rohdaten als FASTQ Dateien (.fastq.gz) 
• Zusätzliche Daten für die optionale Bioinformatik, wie zBsp Variantenanalyse: 
  • Alignment Datei (.bam) 
  • SNP und InDel Tabellen inklusive der annotierten Varianten und Effekte (.vcf, .tsv, .bed) 
  • Umfangreicher Analysebericht 

Lieferzeit

Die Bearbeitungszeit DNA Viren beträgt 12 Werktage für bis zu 192 Proben.

Die Bearbeitungszeit RNA Viren beträgt 20 Werktage für bis zu 192 Proben.

Sie werden per E-Mail informiert, sobald Ihre Ergebnisse in Ihrem Ecom-Konto verfügbar sind.