Custom DNA Oligos

Oligosynthese und Aufbereitung im Ultrahochdurchsatz.

• Erhältlich für alle unmodifizierten Oligos
• Frei von Schutzgruppen und Salzen
• Präzise Quantifizierung - Abweichung von max. +/- 20%
• Produktionszeiten für < 60mere, 0,01 - 1,0 µmol: 1-3 Arbeitstage
• Produktionszeiten für > 61mere oder 10µmol Scale: 4-10 Arbeitstage

Nutzen Sie unsere NightXpress-Lieferung, indem Sie Ihre SaltFree Oligo Bestellung vor 9:00 Uhr aufgeben.

Minimum und durchnittliche Ausbeuten in OD: 

Der Synthesemaßstab kennzeichnet die verwendete Menge 3'-Base. Die durchschnittliche Ausbeute basiert auf statistischen Werten und kann für Sequenzen mit einem GC-Gehalt > 50%, > 3 aufeinanderfolgenden Purinen, oder bei starken Sekundärstrukturen abweichen.

HPSF ist eine Reinigung über Gelfiltration und steht für High Purity Salt Free. 

• Erhältlich für alle unmodifizierten und viele modifizierte Oligos
• Extrem präzise und reproduzierbare Aufreinigung
• Entfernung aller Synthesechemikalien und kurze Abbruchprodukten
• Ohne jegliche Salzrückstände
• Präzise Quantifizierung - Abweichung von max. +/- 10%
• Reinheit von >70 % bei 18-35 meren
• Produktionszeiten für < 60mere, 0,01 - 1,0 µmol Scale: 1-4 Arbeitstage
• Produktionszeiten für > 61mere oder 10µmol Scale: 6-10 Arbeitstage

Minimum und durchnittliche Ausbeuten unmodifizierter Oligos in OD: 

Minimum Ausbeuten modifizierter Oligos in OD:

Der Synthesemaßstab kennzeichnet die verwendete Menge 3'-Base. Die durchschnittliche Ausbeute basiert auf statistischen Werten und kann für Sequenzen mit einem GC-Gehalt > 50%, > 3 aufeinanderfolgenden Purinen, oder bei starken Sekundärstrukturen abweichen.

HPLC steht für High Performance Liquid Chromatography. Eine Reinigungsmethode mit besonders hoher Trennleistung. 

• Erhältlich für alle Custom DNA Oligos
• Abbruchprodukte werden nahezu vollständig entfernt
• Präzise Quantifizierung - Abweichung von max. +/- 10%
• Reinheit von ≥80 % bis 120mere gemessen
• Produktionszeit für < 60mere, 0,01 - 1,0 µmol Scale: 5-7 Arbeitstage
• Produktionszeiten für > 61mere oder 10µmol Scale: 10 Arbeitstage

Minimum und durchnittliche Ausbeuten unmodifizierter Oligos in OD: 

Minimum Ausbeuten modifizierter Oligos in OD:

Der Synthesemaßstab kennzeichnet die verwendete Menge 3'-Base. Die durchschnittliche Ausbeute basiert auf statistischen Werten und kann für Sequenzen mit einem GC-Gehalt > 50%, > 3 aufeinanderfolgenden Purinen, oder bei starken Sekundärstrukturen abweichen.

Verfügbare Fluoreszenzfarbstoffe und ihre Eigenschaften

Produktspezifikationen:

• Synthesemaßstäbe von 0.01 bis 1.0 µmol
• Reinigungsarten: HPSF, HPLC
• Sequenzlänge: 5 - 80 Basen
• Produktionszeit: 3-5 Arbeitstage

Spektrum der Fluoreszenzfarbstoffe

Obwohl die Informationen in dieser Tabelle sorgfältig auf Richtigkeit überprüft wurden, können Emission, Absorption und Extinktionskoeffizient für jedes Oligonukleotid leicht abweichen.

Nicht-fluoreszierende Modifikationen und ihre Strukturen

Produktspezifikationen:

• Synthesemaßstäbe von 0.01 µmol bis 1.0 µmol
• Reinigungsarten: HPSF, HPLC
• Sequenzlänge: 5 - 80 Basen; 5 - 50 Basen für spezielle 3' Modifikationen
• Produktionszeit: 2 - 4 Arbeitstage

Amino-C6 [AmC6] Amino-C12 [AmC12]

5'-Amino-Gruppen werden häufig zur Kopplung des Oligonukleotids an die Festphase verwendet. Sie können auch eingesetzt werden, um weitere Modifikationen wie Fluoreszenzfarbstoffe oder große Moleküle, z.B. Digoxigenin, zu binden.

Struktur von 5' Amino C6   Struktur von 5' Amino C12

Amino-C3 [AmC3] Amino-C6 [AmC6] Amino-C7 [AmC7]

3' Amino C7 and C3 können zur Blockierung der Polymerase- und Exonuklease-Aktivität verwendet werden.

3' Amino C3 Struktur     3' Amino C6 Struktur     3' Amino C7 Struktur

Biotin [BIO]

Biotinylierte Oligonukleotide verfügen über die Fähigkeit Streptavidin zu binden. Biotin am 3' Ende kann Exonuklease-Verdau stoppen.

5' Biotin Struktur

Biotin-TEG [BIOTEG]

Biotin-TEG erhöht durch den Linker-Arm die Bindungsdichte an Steptavidin, z. B. zur Verbesserung der Signalstärke bei Hybridisierung.

Biotin-TEG Struktur

Cholesterol [CHOL]

Cholesterin ist ein hydrophobes Molekül. An das 3'-Ende eines Oligonukleotids gekoppeltes Cholesterin hat sich als zuverlässiger Bote durch Membranen etabliert und erleichtert die Aufnahme in Zellen.

3' Cholesterol Struktur

Digoxigenin [DIG]

Digoxigenin wird hauptsächlich für die nicht- isotope Markierung von Oligonukleotiden verwendet. z. B. in der Diagnostik, in der Sequenzierung oder für In-situ Hybridisierungen.

Digoxigenin Struktur

Phosphate [PHO]

Die Phosphorylierung ermöglicht dein Einsatz des Oligonukleotids als Substrat für die DNA-Ligase. 3'Modifikationen können weitere DNA-Verlängerungen blockieren. Phosphatgruppen an den Oligonukleotidenden ermöglichen die Ligation von zwei einzelnen Oligonukleotiden aneinander.

Phosphate Struktur

Thiol Modifier C3 [ThiolC3] Thiol Modifier C6 [ThiolC6]

Die Thiolmodifizierung wird für die Kopplung des Oligonukleotids an das Trägermaterial verwendet. Thiol kann auch für das Anbinden von Fluoreszenz- und nicht-fluoreszierenden Farbstoffen verwendet werden.

3' Thiol C3 Struktur     5' Thiol C6 Struktur

Spacer-,Linker-,Basen & Zucker-Modifikationen und Ihre Strukturen

Produktspezifikationen:

• Synthesemaßstäbe von 0.01 µmol bis 1.0 µmol
• Reinigungsarten: HPSF, HPLC
• Sequenzlänge: 5 - 80 Basen
• Produktionszeit: 2 - 4 Arbeitstage

2'-Deoxyinosine [I]

2'-Deoxyinosin (INO) ist eine universelle Base, die weniger destabilisierende ist als MisMatches aus Wobble und degenerierten Basen.

2'-Deoxyinosine Struktur

2'-Deoxyuridine [U]

2'-Deoxyuridin (URI) Urdin kann als Ersatz für dT angewendet werden.

2'-Deoxyuridine Struktur

5-Methyl-dC [5MedC]

5-Methyl-dC stabilisiert den Doppelstrang durch Erhöhung der Schmelztemperatur von dC.

5-Methyl-dC Struktur

Amino-C6-dT [AmC6dT]

Amino C6-dT ermöglicht den Einbau von Modifikationen innerhalb der Oligonukleotidsequenz.

Amino C6-dT Struktur

Biotin-dT [BIOdT]

Biotin-dT wird für interne Biotin-Modifikationen verwendet, z. B. für Hybridisierungsstudien.

Biotin-dT Struktur

2',3'-dideoxyC [23ddC]

3'-ddC verhindern die Extension durch DNA-Polymerase und den Abbau durch 3'-Exonuklease.

3'-ddC Struktur

dSpacer [Spd]

Der dSpacer wird zur Nachahmung einer AP Site (Abasic Site) im Oligonukleotid verwendet, die den natürlich vorkommenden Sites sehr ähnlich, jedoch wesentlich stabiler ist.

dSpacer Struktur

Spacer C3 [SpC3]

Spacer C3 can be coupled to the 3'-end and internally of an oligonucleotide sequence. This can prevent e.g. the elongation of the oligo during a PCR without a major influence to its annealing properties. Oligos with C3 spacers are therefore ideal hybridisation probes in PCR reactions.

C3 spacers structures

Wobbles [WOB] (defined ratio) 

The folgende IUB-Code beschreibt degenerierte Basen (Wobbles). Wobbles sind equimolar und nicht-equimolar erhältlich.

Für eine höhere "Quenching"-Effizienz in der Real-Time PCR

Dabcyl [DAB] 400–550 nm

Dabcyl ist ein nicht-fluoreszierender Dark Quencher, der sich insbesonders für Molecular Beacons eignet. Dabcyl erzielt eine effiziente Floureszenzlöschung für Farbstoffe im blauen bis grünen Emissionsspektrum bis zu 480 nm. Für Fluorophore mit einer Emission über 480 nm wird Dabcyl nicht empfohlen.

Dabcyl-dT [DABdT] 400–550 nm

Dabcyl-dT ist ein nicht-fluoreszierender interner Dark Quencher. Er erzielt eine effiziente Fluoreszenzlöschung für Farbstoffe im blauen bis grünen Emissionsbereich. Er kann zusätzlich zu jedem anderen 3'-Quencher eingesetzt werden.

Eclipse [Eclip] 390-625 nm

Eclipse ist ein nicht-fluoreszierender Farbstoff von Epoch Biosciences, Inc.Dieser nicht-fluoreszierende Farbstoff mit einer maximalen Absorption bei 522 nm löscht ein breites Spektrum von Fluoreszenzfarbstoffen im Emissionsbereich zwischen 390 und 625 in Dual Labeled Probes und Molecular Beacons.

Tide Quencher 2 [TQ2] 440-580 nm

TQ2 ist einer der Tide Quencher, die von AAT Bioquest entwickelt wurden. Er ist die lizenz-freie Alternative zu dem BHQ1. Da TQ2 Farbstoffe in einem Emissionsbereich von 440 - 580 nm abdeckt, passt dieser hervoragend zu FAM, JOE, Yakima Yellow und HEX.

BHQ1 [BHQ1] 480-580 nm

BHQ1 ist ein Black Hole Quencher von Biosearch Technologies, Inc. und ein sehr effiezienter Dark Quencher für Dual Labeled Probes, Molecular Beacons und FRET-Sonden mit einer ausgezeichneten spektralen Löschung der Emission aller Farbstoffe im grünen bis dunkel-gelben Emissionsbereich.

BHQ1-dT [BHQ1dT] 480-580 nm

BHQ1-dT ist ein Black Hole Quencher von Biosearch Technologies, Inc. und ein sehr effizienter Quencher für die interne Markierung aller Farbstoffe im grünen bis dunkel-gelben Emissionsbereich. Er kann zusätlich zu einem 3'-Quencher eingesetzt werden.

Tide Quencher 3 [TQ3] 510-620 nm

TQ3 ist einer der Tide Quencher, die von AAT Bioquest entwickelt wurden. Er ist die lizenz-freie Alternative zu dem BHQ2. Da TQ3 Farbstoffe in einem Emissionsbereich von 510 - 620 nm abdeckt, passt dieser hervoragend zu HEX, CY3 und TAM kann aber auch mit ROX und Texas Red verwendet werden.

BHQ2 [BHQ2] 520-650 nm

BHQ2 ist ein weiterer Black Hole Quencher von Biosearch Technologies, Inc. in unserem Portfolio. BHQ2 ist ein höchst effizienter Quencher für Dual Labeled Probes, Molecular Beacons und FRET-Sonden mit 5'-Fluorophoren im dunkel-grünen bis orangefarbigen Emissionsbereich.

BHQ2-dT [BHQ2dT] 560-670 nm

BHQ2-dT ist ein Black Hole Quencher von Biosearch Technologies, Inc. und ein sehr effizienter Quencher für die interne Markierung aller Farbstoffe im roten Emissionsbereich. Er kann zusätzlich zu einem 3'-Quencher eingesetzt werden.

BBQ 650 [BBQ650] 550-750 nm

Der BlackBerry Quencher 650 ist ein hervorragender Langweillen-Quencher für Dual Labeled Probes, Molecular Beacons und FRET-Sonden mit langweiligen Fluorophoren wie Cy5, Cy5.5 und anderen Farbstoffen im roten bis nahe-infraroten Emissionsbereich.

PTOs - Effizienter Schutz vor Nukleasen

Phosphorothioate (PTOs) sind die am häufigsten eingesetzten nukleaseresistenten Oligos für Antisense-Anwendungen.

In PTO-Oligos wird ein Sauerstoff-Atom der PO-Gruppe durch ein Schwefelatom ersetzt. Daher werden PTOs auch „S-Oligos“ genannt.

Phosophorothioat-Bindungen können wie folgt in ein Oligo integriert werden:

• am 5'- oder 3'-Ende
  verhindert Exonuklease-Degradation
• Innerhalb der Oligosequenz
  limitiert Endonukleasen-Einfluss

Produktspezifikationen:

• Synthesemaßstäbe von 0.01 µmol bis 10 µmol
• Reinigungsarten: HPSF, HPLC
• Sequenzlänge: 5 - 80 Basen
• Produktionszeit: 2 - 4 Arbeitstage

¹ Der Synthesemaßstab kennzeichnet die verwendete Menge 3'-Base.
^{2 Die OD Garantie gilt nicht für Oligos < 18 and > 35 Basen und nicht für Oligos mit mehr als einer Modifikation.}

Gut zu Wissen!

PTO-Oligos können eine stärkere nicht-spezifische Proteinbindung als unmodifizierte Phosphodiester (PO)-Oligos aufzeigen. Sie können in höheren Konzentrationen toxisch wirken oder Artefaktbildung verursachen.

Diese Probleme können mit chimären Oligos vermindert oder sogar vermieden werden.

Alle relevanten Dokumente stellen wir Ihnen in Ihrem Online-Account zur Verfügung:

• Oligo Synthese-Report
• Plattenreport
• Lieferschein
• Qualitätsreport inkl. QC-Spektren auf Wunsch

Hier finden Sie einige nützliche Informationen für Ihre Oligo Bestellung in Platten.

Oligos in Platte einfach online bestellen: 

• Bis zu 12 Platten können über Datei-Upload oder Copy&Paste spezifiziert werden
• Eine Platte muß mit mindestens 12 Oligos belegt sein
• Modifikationen können direkt in die Sequenz eingegeben werden
• Konzentration und Volumen sind für alle Platten auswählbar
• Aliquot-Platten können als zusätzlichen Service gleich mitbestellt werden
• Die Plattenübersicht erlaubt Ihnen einzelnen Oligos nochmals zu validieren und zu editieren. 

Erhältliche Plattenformate:

• 96well, 1.2 ml, round wells
• 96well, 0.8 ml, round wells
• 96well, 2.2 ml, deep well plates
• 96well, 0.2 ml PCR plates

Gut zu wissen!

Die Oligos werden grundsätzlich flüssig, in dem Volumen was für die gewählte Konzentration nötig ist, ausgeliefert. (bis max. 500µl bzw 150µl bei PCR Platten)

Bei Bestellung von Aliquot-Platten und Mix-Platten wird das benötigte Volumen aus der Stammplatte entnommen.

Sie erhalten die Stammplatte mit den verbleibenden Oligos zusammen mit den Aliquot-Platten oder der Mix-Platte ohne Aufpreis.

Wichtige Information zu Mix-Platten

• Definieren Sie mittels dem Plattennamen welche zwei Platten zusammengehören (z.B. Plate1_for; Plate1_rev)
• Verwenden Sie für beide Platten die selben Primer-Namen mit ensprechender Endung für forward und reverse: ".for" oder ".f" bzw. ".r" oder ".rev"
• Wählen Sie die benötigte Konzentration und das Volumen der Stammplatten
• Geben Sie im Auftragskommentar die gewünschte Endkonzentration und das Endvolumen des Mixes an

Spezielle Anforderungen?

Falls Sie andere Plattentypen oder Formate benötigen, spezielle Normalisierungswünsche haben oder Ihre Oligos mehrfach gemischt möchten, senden Sie uns Ihre Anfrage!