Warum eine geringe Kreuzkontamination wichtig ist
In Multiplex-Sequenzierungs-Workflows kann eine Kontamination durch gemeinsam synthetisierte Index-Primer zu falsch zugeordneten Reads und einem geringeren Vertrauen in die nachgelagerte Datenanalyse führen.
NGSgrade Oligos 2.0 wurden speziell entwickelt, um diese Risiken zu minimieren und eine maximale Sequenzierungsgenauigkeit zu unterstützen.
Die Kreuzkontaminationsrate von 0,01 bis 0,05 % wurde durch die Sequenzierung repräsentativer Sets von Unique Dual Index (UDI)-Primerpaaren auf Illumina-Systemen im europäischen NGS-Sequenzierzentrum von Eurofins Genomics bestimmt. Der angegebene Wert entspricht dem typischen Gesamtanteil der Read-Paare, die bei einem Set von 96 UDI-Primerpaaren nicht den erwarteten UDI-Kombinationen zugeordnet werden konnten. Die entsprechende Application Note zeigt eine Kreuzkontaminationsrate von 0,0014 % für ein Set von 14 UDI-Primerpaaren.
Bitte beachten Sie, dass die gesamte Kreuzkontaminationsrate (Anteil falsch zugeordneter Read-Paare) von der Gesamtzahl der gleichzeitig analysierten UDI-Primerpaare beeinflusst wird. Je mehr UDI-Primer analysiert werden, desto höher kann die gesamte Kreuzkontaminationsrate ausfallen, da mehr unerwartete Indexkombinationen auftreten können.
In allen Fällen liegt die tatsächliche Primer-Kreuzkontamination sogar unter den oben angegebenen Werten. Das liegt daran, dass die Zuordnung von Reads zu unerwarteten UDI-Primerpaaren sowohl durch Primer-Kreuzkontamination als auch durch Index-Hopping während der Sequenzierung verursacht werden kann. Eine Unterscheidung zwischen diesen Ursachen ist in diesem Analyseaufbau nicht möglich.
Bitte beachten Sie außerdem, dass Eurofins Genomics die Kreuzkontaminationsrate nicht für jedes einzelne produzierte und ausgelieferte Set von NGS-Oligonukleotiden bestimmt.
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Gesamte Kreuzkontaminationsrate
pro UDI-Set (% aller Read-Paare, die nicht den erwarteten UDI-Kombinationen entsprechen) |
Niedrigste gemessene Kreuzkontamination pro UDI-Kombination |
Referenz |
| Eurofins Genomics NGSgrade Oligos 2.0 |
Typischerweise 0,01 - 0,05 % |
0,00446 % |
Set aus 96 UDI-Primerpaaren |
| Eurofins Genomics NGSgrade Oligos 2.0 |
0,0014 %
(siehe Application Note) |
0,00045 % |
Set aus 14 UDI-Primerpaaren |
| Anderer Anbieter |
0,0208 %
(siehe Application Note) |
0,00767 % |
Set aus 14 UDI-Primerpaaren |