Welche Vorteile bringt Ihnen GENEius beim Gen-Design?

GENEius ist eine Optimierungssoftware mit vielen Funktionen:

• Hocheffiziente Codon Usage Anapssung und Sequenzoptimierung
• Sichere Datenübertragung
• Schnelle und einfache Bestellung
• Bequeme Angebotsanfrage, schnelle Angebote
• Auftragsnachverfolgung
• Individuelle Projektanfragen

Die GENEius-Software ist Teil unseres Ecom-Bestellsystems für synthetische Gene. Um alle Vorteile von GENEius nutzen zu können, geben Sie einfach nur Ihre Sequenz in unserem Ecom-System ein. Hier können Sie Ihr Gen dann gleich auch bestellen.

Die Schönheitskur für Gene

Nichts ist perfekt? Ihre synthetischen Gene schon: durch GENEius.

Natürliche Gene enthalten oft unerwünschte Motive wie Hairpins, die die Verwendung des Gens unter Umständen einschränken. Durch die Entfernung solcher unerwünschten Motive können Sie sich viele Probleme, wie z.B. schlechte PCR-Ergebnisse, ersparen.

Die GENEius-Optimierungssoftware verbessert die Eigenschaften Ihrer Gene für eine höhere Expressionsrate und zur besseren Nutzbarkeit. Sie ermöglicht Ihnen die Eliminierung problematischer Strukturen und die Integration erwünschter Motive im Gen, z.B. neue Restriktionsstellen. Eine exemplarische Liste erwünschter bzw. unerwünschter Motive finden Sie unten:

Erwünschte Motive

• Eine gleichmäßige GC-Verteilung
• Nützliche Restriktionsstellen
• Integration von Motiven für spätere Anwendungen

Unerwünschte Motive

• Unerwünschte Restriktionsstellen
• Artifizielle Splice-Stellen
• Potenzielle Transkriptionsfaktor-Bindungsstellen
• Polyadenylierungsstellen
• Inverted Repeats oder Hairpins

 
Testen Sie unsere Optimierungssoftware GENEius direkt bei Ihrer Gen-Bestellung. Denn GENEius ist Teil unseres Online-Bestellsystems, Ecom.

Mehr Möglichkeiten als Atome im Universum

Wenn Sie ein Protein mit 881 Aminosäuren herstellen möchten, dann gibt es dafür 10⁴⁴² Möglichkeiten. Die Zahl aller Atome im Universum wird auf ca. 10⁸⁰ geschätzt. Warum also hat die Natur ausgerechnet die mRNA zur Kodierung von Aminosäuren ausgewählt?

Leider können wir diese Frage heute noch nicht beantworten. Aber wir wissen, dass es Codon Bias gibt. Das bedeutet, dass bestimmte Codons in unterschiedlichen Organismen verschieden stark genutzt werden, da einzelne mRNA’s unterschiedlich stark in unterschiedlichen Organismen hergestellt werden.

Dieser Codon Bias führt oft zu niedrigen Expressionsraten, wenn ein bestimmtes Gen in einen anderen Organismus transfiziert wird. Hier finden sie ein Beispiel dazu.

Wie funktioniert die GENEius Codon Usage-Anpassung?

1. GENEius assembliert die DNA-Sequenz in Abstimmung mit der Codon Usage-Tabelle für diesen Organismus
2. GENEius harmonisiert die verwendeten Codons – häufig genutzte Codons werden in der entwickelten Gensequenz öfter eingesetzt als weniger häufig genutzte Codons
3. GENEius vermeidet sehr seltene Codons
4. GENEius sucht parallel unerwünschte Motive (weitere Informationen)
5. GENEius verwendet einen speziellen Algorithmus zur Bestimmung der optimalen Sequenz. Jeder Optimierungsschritt führt dabei dann zu einer anderen DNA Sequenz.

Testen Sie unsere Optimierungssoftware GENEius direkt bei Ihrer Gen-Bestellung. Denn GENEius ist Teil unseres Online-Bestellsystems, Ecom.

Beispiel für eine Codon Usage-Anpassung

Achten Sie auf diese beiden Codon Usage-Tabellen:

In einem menschlichen Gen wird die Aminosäure Arginin hauptsächlich von cgc und cgt kodiert (linke Spalte, zum Vergrößern anklicken). Wird E.coli als Expressionssystem für ein menschliches Gen verwendet, werden voraussichtlich nur geringe Proteinmengen hergestellt, wenn die Sequenz nicht zuvor optimiert bzw. angepasst wurde. Der Grund hierfür ist, dass nur eine sehr geringe Menge an tRNA für cgt für die Translation der Codons in die jeweilige Aminosäurensequenz zur Verfügung steht.

Dies kann durch eine Codon Usage-Anpassung ausgeglichen werden. Dazu wird die kodierende Sequenz des ursprünglichen Organismus an den Gastorganismus angepasst – im obigen Beispiel werden dann für die Aminosäure Arginin vor allem die Codons cgg-, aga- und agg verwendet. Hier ist die Menge an tRNA dann deutlich höher und somit kann eine höhere Proteinausbeute erzielt werden (rechte Spalte, zum Vergrößern anklicken).

Eine kleine Veränderung kann also einen großen Unterschied bewirken. Eine gute Codon Usage-Anpassung zwischen dem ursprünglichem Organismus und dem Wirtsorganismus ist demnach entscheidend für die optimale Proteintranslation in heterologen Expressionssystemen.

Online ist einfach effizienter

Um zu sehen, wie bequem Online-Portale unser Leben gemacht haben, muss man sich nur daran erinnern, wie kompliziert früher die Ferienplanung war. Online ist die Buchung des perfekten Traumurlaubs heute ein Kinderspiel.

Genauso einfach ist auch die Bestellung Ihrer synthetischen Gene. Sie geben lediglich Ihre Gensequenz in unserem Online-Bestellsystem, Ecom, ein, und GENEius errechnet daraus die bestmögliche Sequenz für Ihren Expressionsvektor. Mit GENEius steht Ihnen in unserem Online-Shop ein hocheffizientes Tool zur Verfügung, das Ihnen den direkten Vergleich zwischen ursprünglicher und optimierter Sequenz bereits während des Bestellvorgangs ermöglicht.

Die einzigartige Kombination von GENEius und Ecom bietet Ihnen eine Reihe entscheidender Vorteile:

• Hocheffiziente Codon Usage Anapssung und Sequenzoptimierung
• Sichere Datenübertragung
• Schnelle und einfache Bestellung
• Bequeme Angebotsanfrage, schnelle Angebote
• Auftragsnachverfolgung
• Auftrags- und Angebotsdokumentation
• Individuelle Projektanfragen