Whole Plasmid Sequencing

• Bibliotheksvorbereitung (amplifikationsfrei, mit minimaler Fragmentierung) unter Verwendung der Rapid Barcoding v14 Library Prep Chemistry von Oxford Nanopore Technologies
• Sequenzierung auf dem Oxford Nanopore GridION System (Flow Cell R10.4.1)
• Inklusive Bioinformatik-Auswertung:
  • Umfassender Analysebericht mit Plasmidkarte, Read-Histogramm, Coverage-Plot, Assemblierungsstatistiken und Qualitätskontrolle (.HTML)
  • Konsensus-Plasmidsequenz (.FASTA) inklusive Qualitätswerten (.FASTQ)
  • Annotierte Plasmidsequenz aller Contigs im GENBANK-Format (.GBK) zur direkten Weiterverarbeitung in gängigen Softwarelösungen wie Artemis, SnapGene, Geneious Prime, Benchling, SeqBuilder Pro und weiteren
  • Plasmidkarte (.PNG, .HTML)
  • Daten zur klonalen Reinheit auf Basenebene mit Konfidenzwert (.CSV)
  • Rohdaten der Plasmid-Sequenzreads, die dem assemblierten Plasmid zugeordnet werden konnten (.FASTQ)
  • Annotierte Feature-Tabelle inklusive der Nukleotidsequenz jedes Features (.CSV)
  • Sie benötigen Pod5-Dateien? Nutzen Sie unseren Premium-Service (siehe unten). Ihre Daten werden sicher über Ihr Ecom-Konto bereitgestellt.

   

Verwenden Sie für Ihre Proben die folgende Konzentration und das folgende Volumen:

Bitte beachten Sie: Proben, die unsere Konzentrationsanforderungen nicht erfüllen, können bei der Sequenzierung fehlschlagen oder zu ungenauen Assemblierungen führen (Linkt ausreichenden oder falsch eingestellten Konzentration werden nicht erneut bearbeitet.

*TAT = Bearbeitungszeit

Probenanforderungen

• Probentyp: Klonale, zirkuläre, doppelsträngige Plasmid-DNA im angegebenen Mindestvolumen und in der spezifizierten Konzentration.
• Verwenden Sie kein NanoDrop zur DNA-Quantifizierung. Spektrophotometrische Methoden sind für die Konzentrationsbestimmung nicht ausreichend zuverlässig. Bitte verwenden Sie eine fluorometrische Methode wie Qubit für eine genaue Konzentrationsmessung.
• Resuspensionspuffer: Nukleasefreies Wasser oder Elutionspuffer (10 mM Tris, pH 8.5).
• Reinheit (OD260/280): 1.8–2.0
• Die Reinheit kann mit NanoDrop oder anderen spektrophotometrischen Methoden bestimmt werden. Vermeiden Sie Ethanol-Kontaminationen. Bei Verwendung eines Qiagen Miniprep Kits empfehlen wir den optionalen Waschschritt mit PB-Puffer zur Erhöhung der Reinheit.

Format:

• Mit Barcode gekennzeichnete 1,5-ml-Eppendorf Safe-Lock-Gefäße
• Vermeiden Sie das Versiegeln der Gefäße mit Klebeband oder Parafilm
• Kennzeichnen Sie die Gefäße mit unseren kostenlosen Barcode-Etiketten und bringen Sie diese horizontal an, um ein einfaches Scannen zu ermöglichen
  
  
• 96-Well-PCR-Platten, gekennzeichnet mit unseren Whole-Plasmid-Sequencing-Plattenbarcodes (WPP-Barcode) auf der schmalen Seite bei Spalte 12
• Versiegeln Sie Ihre Platten mit 8er-Kappenleisten, um Materialverluste zu vermeiden

Versand:

• Nutzen Sie die nächstgelegene DropBox für die kostenlose Probenabholung oder wählen Sie einen Kurierdienst Ihrer Wahl
• Verwenden Sie unsere freigegebenen Versandbeutel und Versandkartons, um einen sicheren Transport zu gewährleisten
• Versenden Sie Ihre Proben bei Raumtemperatur an unser Eurofins Genomics Sequenzierlabor in Köln

Anleitung für Plasmidklone als Stichkultur in Weichagar:

• Verwenden Sie Ihre eigenen 96-Well-Agarplatten mit geeignetem Antibiotikum und kennzeichnen Sie die Platten mit unseren Whole-Plasmid-Sequencing-Plattenbarcodes (WPP-Barcode) auf der schmalen Seite bei Spalte 12
• Verwenden Sie sterile Zahnstocher, um einzelne Kolonien von Ihrer Petrischale aufzunehmen, und inokulieren Sie pro Well jeweils eine Kolonie
• Decken Sie die Platte mit einer gaspermeable Folie ab, und inkubieren Sie die Platte für 8–12 Stunden (über Nacht) bei 37 °C
• Versiegeln Sie die Platte mit einer selbstklebenden Kunststofffolie und versenden Sie Ihre Stichkulturen bei Raumtemperatur an unser Eurofins Genomics Sequenzierlabor in Köln

Was ist ein WPS Premium Service?

Ihre Proben werden auf einer frischen Flow Cell analysiert, die ausschließlich für Ihre Proben verwendet wird (kein Pooling). Nach dem Lauf wird die Flow Cell entsorgt.

Wann sollte ich diesen Service bestellen?

Wie in unserem FAQ zum Thema Index-Hopping beschrieben, kann es während eines Laufs vorkommen, dass:

• Einige Einzelreads Ihrer Proben in andere Proben überlaufen.
• Einige Einzelreads aus anderen Proben in Ihre Proben überlaufen.

Um dies vollständig zu vermeiden, sollten Sie unseren Premium Service bestellen. Bei diesem Service verwenden wir eine Flow-Zelle ausschließlich für Ihre Proben und entsorgen sie direkt nach der Verwendung.

Wie kann ich den Premium Service bestellen?

Der Premium Service ist nur für Proben verfügbar, die in Platten eingesandt werden. Während der Bestellung markieren Sie bitte das Kästchen "Premium Service" auf der Bestellseite. Bitte beachten Sie, dass für diesen Service zusätzliche Kosten anfallen.