Häufig gestellte Fragen zu Produkten und Dienstleistungen

Kontaminationen

Um unser wettbewerbsfähiges Produkt anbieten zu können, bündeln wir verschiedene Proben in Flowcell-Läufen und verwenden Flowcells nach dem Waschen zwischen den Läufen erneut. Beide Verfahren sind Industriestandard und werden gemäß den Spezifikationen des Herstellers durchgeführt.
Durch das Barcode-Tagging und Pooling von Proben auf einer einzelnen Flowcell werden die Kosten gesenkt und die Nutzungseffizienz der Poren maximiert. Allerdings hat die Nanopore-Sequenzierung eine höhere Fehlerquote im Vergleich zur „traditionellen“ Next-Generation-Sequenzierung mit kurzen Reads, was zu Fehlinterpretationen in der Barcode-Sequenz und falscher Probenzusweisung/de-Multiplexierung mit einer Rate von bis zu 0,05% führen kann. Dieses Problem ist als Index-Hopping bekannt.
Das Flowcell-Waschverfahren ist sehr effektiv, wobei nur bis zu 0,1% einer zuvor geladenen Probe eine nachfolgende Laufkontamination verursachen (bekannt als Carry-over-Kontamination), dennoch können einzelne kontaminierende Reads in Ihren Rohdaten auftreten.
Es ist jedoch wichtig zu beachten, dass bei sowohl Index-Hopping als auch Carry-over eine Kontamination dieses Niveaus die endgültige Sequenzassemblierung wahrscheinlich nicht beeinflusst, da mehrere fein abgestimmte Reinigungs- und Filterungsschritte angewendet werden, vorausgesetzt, Ihre Probe erfüllt unsere Qualitäts- und Quantitätsstandards und liefert daher eine ausreichende Anzahl an qualitativ hochwertigen Plasmid-Reads. Es ist wichtig zu beachten, dass das Problem bei Assemblierungen mit geringer Abdeckung am auffälligsten ist (siehe ‚Was ist die Abdeckung?‘).
Falls Kundenproben nicht unseren Spezifikationen entsprechen, werden die Proben auf eigenes Risiko des Kunden sequenziert, und wir übernehmen keine Haftung für mögliche Schäden.
Wenn Sie Bedenken bezüglich Kontaminationen haben und insbesondere darüber, dass Reads Ihrer Proben in den Rohdaten anderer Kunden erscheinen, bieten wir die Möglichkeit, unsere Premium-ONT-Dienste zu nutzen, die die Verwendung einer dedizierten vollständigen Flowcell für einzelne Kunden beinhalten (mehr erfahren >>).