Häufig gestellte Fragen zu Produkten und Dienstleistungen

Leider nicht. Dieser Barcode wird für unsere internen Laborprozesse benötigt und ist wesentlich, um sicherzustellen, dass wir Ihre Proben so effizient wie möglich bearbeiten können. Vielen Dank für Ihre Mitarbeit!

Tolle Neuigkeiten! Wir arbeiten aktiv daran, Ihnen eine Prepaid-Lösung zu bringen, die in Kürze verfügbar sein wird!

Im Durchschnitt beträgt die Lieferzeit 5 - 7 Arbeitstage für alle Bakterien-Genome bis zu 7 Mb.

Es gibt mehrere Gründe, warum Ihre Ergebnisse von Ihren Erwartungen abweichen.

Um Ihre Ergebnisse zu interpretieren, werfen Sie einen Blick auf unser Problembehandlungshandbuch. Klicken Sie hier >>

Für jede Durchführung führen wir mehrere Qualitätskontrollmessungen durch, um den Erfolg der Bibliotheksvorbereitung und Sequenzierung zu bewerten. Wenn alle Messungen zufriedenstellende Ergebnisse anzeigen, werden wir Proben, die fehlgeschlagen sind, nicht erneut verarbeiten.

Mit der v14-Bibliotheksvorbereitung von Oxford Nanopore und den R10.4.1-FlowCells liegt die Rohdaten-Genauigkeit typischerweise über 99 %. Während der Sequenzierung setzen wir einen minimalen Q-Wert von 10 voraus (entspricht ca. 90 % Genauigkeit), wobei die meisten Reads einen Q-Wert von 20 oder höher erreichen (etwa 99 % Genauigkeit). Zusätzlich verwenden wir ein Basecalling-Modell mit höherer Genauigkeit, um die Datenqualität weiter zu verbessern.

Im Assemblierungsprozess werden die Reads gefiltert, um kurze und qualitativ minderwertige Sequenzen zu entfernen. Bei hochwertigen DNA-Proben erreichen die resultierenden assemblierten Contigs in der Regel eine Genauigkeit von etwa Q40, was 99,99 % entspricht.

Unser Hybrid-Sequenzierungsservice, der ein Polishing mit Illumina-Daten beinhaltet, ermöglicht eine noch höhere Genauigkeit – insbesondere in anspruchsvollen Regionen wie fehleranfälligen Homopolymeren und methylierten Motiven.

Dieser Service ist für eine klonale Population (eine einziger Stamm) von Bakterien konzipiert. Obwohl Sie Mischungen verschiedener bakterieller Stämme zur Sequenzierung einreichen können, geht dies mit einem gewissen Maß an Unsicherheit hinsichtlich des Assemblierungsergebnisses einher und erfolgt daher auf eigenes Risiko.

Wenn Sie an gemischten Proben interessiert sind, empfehlen wir die Nutzung eines unserer anderen Services:

- Mikrobiom-Profiling
- 16S-Volllängen-Sequenzierung
- INVIEW Resequencing von Bakterien
- Whole-Genome-Sequenzierung auf dem GridION (Illumina-Daten-Polishing möglich)

Wenn Ihre genomische DNA (gDNA)-Extraktion auch native Plasmid-DNA enthält, ist es wahrscheinlich, dass Sie Sequenzierungsreads für diese Plasmide erhalten. Im Allgemeinen werden DNA-Fragmente mit einer Größe von <1 kb während der Sequenzierung ausgeschlossen. Kleine, plasmidgroße Reads werden jedoch während der Assemblierung nicht herausgefiltert, daher besteht die Wahrscheinlichkeit, dass sie zu eigenen Plasmidassemblierungen beitragen, zusätzlich zur gDNA-Assemblierung.

Letztendlich hängt die Art der in Ihrer Probe enthaltenen DNA, die zu einer Assemblierung beiträgt, von der Gesamtqualität der Probe, der Abdeckung und dem relativen Vorkommen oder der Degradation jedes DNA-Typs ab.

Natürlich. Details zu unserem gesamten NGS ONT Portfolio finden sie hier>>

Die vorherrschenden Fehlermodi beim Oxford Nanopore-Sequenzieren umfassen Deletionen innerhalb von Homopolymer-Bereichen, Fehler, die an der zentralen Position der Dcm-Methylierungsstelle CCTGG oder CCAGG auftreten, sowie Fehler an der Dam-Methylierungsstelle GATC.

Bitte behandeln Sie diese Regionen daher besonders sorgfältig.

Für die DNA Präparation ist es ausreichend eine qualitativ hochwertige Säulenaufreinigung zu verwenden. Je besser die DNA Qualität, desto besser sind auch die Sequenzierungsergebnisse.

• Um unser wettbewerbsfähiges Produkt anbieten zu können, bündeln wir verschiedene Proben in Flowcell-Läufen und verwenden Flowcells nach dem Waschen zwischen den Läufen erneut. Beide Verfahren sind Industriestandard und werden gemäß den Spezifikationen des Herstellers durchgeführt. 
• Durch das Barcode-Tagging und Pooling von Proben auf einer einzelnen Flowcell werden die Kosten gesenkt und die Nutzungseffizienz der Poren maximiert. Allerdings hat die Nanopore-Sequenzierung eine höhere Fehlerquote im Vergleich zur „traditionellen“ Next-Generation-Sequenzierung mit kurzen Reads, was zu Fehlinterpretationen in der Barcode-Sequenz und falscher Probenzusweisung/de-Multiplexierung mit einer Rate von bis zu 0,05% führen kann. Dieses Problem ist als Index-Hopping bekannt.
• Das Flowcell-Waschverfahren ist sehr effektiv, wobei nur bis zu 0,1% einer zuvor geladenen Probe eine nachfolgende Laufkontamination verursachen (bekannt als Carry-over-Kontamination), dennoch können einzelne kontaminierende Reads in Ihren Rohdaten auftreten.
• Es ist jedoch wichtig zu beachten, dass bei sowohl Index-Hopping als auch Carry-over eine Kontamination dieses Niveaus die endgültige Sequenzassemblierung wahrscheinlich nicht beeinflusst, da mehrere fein abgestimmte Reinigungs- und Filterungsschritte angewendet werden, vorausgesetzt, Ihre Probe erfüllt unsere Qualitäts- und Quantitätsstandards und liefert daher eine ausreichende Anzahl an qualitativ hochwertigen Amplikon-Reads. Es ist wichtig zu beachten, dass das Problem bei Assemblierungen mit geringer Abdeckung am auffälligsten ist (siehe ‚Was ist die Abdeckung?‘).
• Falls Kundenproben nicht unseren Spezifikationen entsprechen, werden die Proben auf eigenes Risiko des Kunden sequenziert, und wir übernehmen keine Haftung für mögliche Schäden.
• Wenn Sie Bedenken bezüglich Kontaminationen haben und insbesondere darüber, dass Reads Ihrer Proben in den Rohdaten anderer Kunden erscheinen, bieten wir die Möglichkeit, unsere Premium-ONT-Dienste zu nutzen, die die Verwendung einer dedizierten vollständigen Flowcell für einzelne Kunden beinhalten (mehr erfahren >>).

Ja, unsere Pipeline beinhaltet die Artenidentifikation mittels Mash v2.3  (gegen RefSeq-Genome und Plasmide) sowie Sourmash v4.6.1 (gegen GenBank). Bitte beachten Sie, dass diese Analysen gelegentlich durch eingefügte Elemente wie Phagen verfälscht werden können. Für eine genauere Identifikation empfehlen wir daher, die assemblierte Contigs per BLAST zu analysieren.

Ja. Die assemblierten Contigs zeigen das Vorhandensein, die Orientierung und die Kopienzahl aller Gene, sodass genetische Veränderungen einfach bestätigt werden können.

Unser Hybrid-Sequenzierungsservice, der ein Polishing mit Illumina-Daten beinhaltet, ermöglicht eine noch höhere Genauigkeit – insbesondere in anspruchsvollen Regionen wie fehleranfälligen Homopolymeren und methylierten Motiven.

Auch wenn keine hochwertige Assemblierung erzeugt werden kann, liefern wir dennoch die Rohdaten der Sequenzierung sowie den Analysebericht. In vielen Fällen erhalten Sie zusätzlich weitere während des Prozesses erzeugte Dateien.

Bitte beachten Sie, dass wir keine probenbezogene Fehlerdiagnostik anbieten. Die häufigsten Ursachen für Sequenzierungsfehler oder geringe Abdeckung sind:

1. Falsche DNA-Konzentration

• Proben werden nicht mit der erforderlichen Konzentration eingereicht.
• Das häufigste Problem ist eine ungenaue Quantifizierung mit einem Nanodrop.
• Wir empfehlen dringend die Verwendung eines Qubit oder eines anderen fluorometrischen Assays zur genauen DNA-Messung.

2. Vorhandensein von Inhibitoren in der Probe

Kontaminanten können die Bibliotheksvorbereitung und Sequenzierung beeinträchtigen. Häufige Inhibitoren sind:

• RNA-Denaturierungsmittel (z. B. Guanidiniumsalze, Phenol)
• Detergenzien (z. B. SDS, Triton X-100)
• Restmaterialien biologischen Ursprungs (z. B. Häm, Huminsäuren, Polyphenole, Polysaccharide, Lipide)
• Unlösliche, gefärbte oder trübe Substanzen
• Chelatbildner (z. B. EDTA)

3. Degradierte oder fragmentierte genomische DNA

Hochwertige Assemblierungen erfordern DNA mit hoher Molekularmasse. Mindestens 50 % der DNA-Fragmente sollten länger als 15 kb sein. Zur Erhaltung der DNA-Integrität beachten Sie bitte folgende Empfehlungen:

• Verwenden Sie Pipettenspitzen mit weitem Durchmesser
• Minimieren Sie Gefrier-/Auftauzyklen
• Vermeiden Sie Vortexen
• Vermeiden Sie extreme Temperaturen oder pH-Werte
• Verwenden Sie keine interkalierenden Farbstoffe und setzen Sie DNA nicht UV-Licht aus
• DNA nicht übermäßig trocknen

4. Gemischte bakterielle Populationen

Dieser Service ist für klonale (einzelne Spezies) bakterielle Isolate vorgesehen. Wenn Ihre Probe eine Mischung verschiedener Spezies enthält, kann die Assemblierung fehlschlagen. Weitere Informationen finden Sie in unseren [FAQ zur Sequenzierung gemischter bakterieller Proben].

5. (Bei Extraktionsservice) Unzureichendes oder gemischtes Zellmaterial

Wenn Sie unseren DNA-Extraktionsservice nutzen:

• Sie müssen die erforderliche Anzahl bakterieller Zellen einsenden
• Die Zellen müssen von einem Einzel-Isolat stammen

Wir empfehlen dringend, vor dem Versand eine Zellzählung durchzuführen, um die Einhaltung unserer Anforderungen sicherzustellen.

Um die Erfolgsrate Ihrer Sequenzierung beim ersten Versuch zu maximieren, folgen Sie bitte sorgfältig unseren Richtlinien zur Probenvorbereitung.

Für die DNA Probenvorbereitung ist es ausreichend ein qualitativ hochwertiges "säulen-basiertes" DNA Präparationskit zu verwenden. Je besser die DNA Qualität desto besser die Ergebnisse.

• Any extraction method that yields high quality, high purity, high molecular weight (HMW), double-stranded gDNA that is free of nicks, gaps, breaks, and contaminants is suitable for this sequencing service.
• Our in-house preferred methods for extraction are the Zymo® Quick-DNA Miniprep Plus Kit (with a lysozyme pre-treatment for gram positive samples) and Zymo® Quick-DNA Fungal/Bacteria Miniprep Kit. 
• Other extraction methods that we and others have had success include: Wizard® Genomic DNA Purification kit, Qiagen® MagAttract HMW kit and Qiagen® DNeasy kit