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Genotyping & Gene Expression

 

 

Der PlateSeq Service ist das Schweizer Taschenmesser für Sanger Sequenzierung in Platten

 

 

Ultimative Flexibilität für Ihre DNA Sequenzierung in Platte.

 


Was auch immer Sie im 96well Format sequenzieren wollen, unser PlateSeq Service bietet die perfekte Lösung.

 

 

 

 

 

 

Highlights unseres PlateSeq Service:

 

  • Plasmide, PCR Produkte und DNA / Primer Mischungen 
    Wählen Sie die DNA Präparation und PCR Aufreinigung mit dazu
  • Vorauszahlung oder auf Rechnung
    Bestellen Sie entweder vorab eines unserer PlateSeq Kits oder zahlen Sie erst nach Erhalt der Daten
  • Anzahl Proben pro Platte und Reaktionen pro Probe
    Definieren Sie bis zu 4 Sequenzierreaktionen pro Probe für 48 - 96 Proben pro Platte 
  • Umfangreiches Zubehör und sicherer Versand
    Bei uns erhalten Sie alle nötigen Platten-Accessoires wie Agarplatten, PCR Platten, Platten-Barcodes, Verschlüsse, Versandboxen u.v.m.

Ihre Vorteile auf einen Blick:

 

  • Bis zu 4 Reads können pro Probe definiert werden
  • Sie erhalten Leseweiten von bis zu 1.100 Basen
  • Q20-, Q30- oder Q40 Daten sind kostenfrei selektierbar
  • DNA Präparation und PCR Aufreinigung erhältlich
  • Restiliche DNA kann auf Anfrage zurückgesendet werden
  • Ergebnisse ab nächsten Tag nach Probeneingang
  • Sequenzierung über Nacht mit dem PlateSeq Kit Mix NXP
  • Dateiformate der Ergebnisse sind pro Auftrag wählbar 
  • Power Read Upgrade* für schwierigere Sequenzen
  • Eine kostenlose Wiederholung bei technischen Ursachen**
  • Ihre Platte kann unterschiedliche gereinigte DNA enthalten
  • Einfache Nachbestellung ganzer Platten oder einzelner Proben

 

 

 

 

 

 

Weiterführende Informationen

 

Probenvorbereitung & Versand


Plasmid DNA, gereinigte PCR Produkte & Premixed Proben (Mischungen aus DNA und Primer):

  • Verwenden Sie entweder unser PlateSeq Kit für aufgereinigte DNA oder unseren PlateSeq Kit Mix für Ihre Premixed Proben
  • Alternativ können Sie auch unsere 96well FrameStar® PCR-Platte* verwenden (erhältlich unter Plattenzubehör)
  • Eine Platte kann gleichzeitig Plasmid DNA und aufgereinigte PCR Produkte enthalten
  • Es muss eine Normalisierung der DNA-Konzentrationen über die gesamte Platte erfolgen
  • Bitte halten Sie eine Plattenposition für die interne Qualitätskontrolle frei
  • Schicken Sie uns Ihre DNA-Proben flüssig mit einem Gesamtvolumen von je 15 µl
  • Verschließen Sie Ihre Platten mit 8-Cap Strips, um Materialverluste zu verhindern
  • Falls Sie Ihre eigenen Platten verwenden wollen, verwenden sie bitte vollumrandete PCR Platten und bestellen Sie bitte unsere PlateSeq Labels um diese zu kennzeichnen.
  • Versenden Sie die Proben bei Raumtemperatur an unser Sequenzierlabor
Probenart
Produktlänge
Konzentration
Volumen
Plasmid DNA --- 50-100 ng/µl 15 µl
Gereinigte PCR Produkte 150-300 bp 1 ng/µl 15 µl
  300-1000 bp 5 ng/µl 15 µl
  1000-3000 bp 10 ng/µl 15 µl

 

Premixed Proben (Mischungen aus DNA und Primer):

  • Templates sollten aus 15 µl aufgereinigter DNA in einer der in der obigen Tabelle angegebenen Konzentrationen bestehen
  • Fügen Sie 2 µl Primer mit einer Konzentration von 10 pmol/µl hinzu
  • Das Gesamtvolumen Ihrer voreingestellten Probe muss 17 µl betragen

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Ungereinigte PCR Produkte

  • Verwenden Sie entweder unser PlateSeq Kit für ungereinigte PCR Produkte oder eine 96well FrameStar® PCR-Platte* (erhältlich unter Plattenzubehör)
  • Es muss eine Normalisierung der DNA-Konzentrationen über die gesamte Platte erfolgen
  • Die Fragmentgröße ungereinigter PCR Produkte sollte sich nicht um mehr als den Faktor Drei voneinander unterscheiden
  • Bitte halten Sie eine Plattenposition für die interne Qualitätskontrolle frei
  • Schicken Sie uns Ihre DNA-Proben flüssig mit einem Gesamtvolumen von je 15 µl
  • Verschließen Sie Ihre Platten mit 8-Cap Strips, um Materialverlust zu verhindern
  • Falls Sie eigene Platten verwenden, bestellen Sie bitte unsere PlateSeq Labels um diese zu kennzeichnen.
  • Versenden Sie die Proben bei Raumtemperatur an unser Sequenzierlabor
Probenart
Produktlänge
Konzentration
Volumen
Ungereinigte PCR Produkte 150-300 bp 4 ng/µl 15 µl
  300-1000 bp 10 ng/µl 15 µl
  1000-3000 bp 20 ng/µl 15 µl

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Plasmidklone - Stichkulturen in Agar:

  • Verwenden Sie entweder unser PlateSeq Kit für Plasmidklone oder unsere Agarplatten inkl. entsprechendem Antibiotikum
  • Picken Sie jede einzelne Kolonie mit einem sterilen Zahnstocher aus der Agarschale und beimpfen Sie jeweils einen Well mit einer Kolonie
  • Bedecken Sie die Platte mit einem Deckel und umwickeln Sie sie lose mit Folie
  • Inkubieren Sie die Platte 8 – 12 Stunden (über Nacht) bei 37°C
  • Falls Sie eigene Platten verwenden, bestellen Sie bitte unsere PlateSeq Labels um diese zu kennzeichnen.
  • Versiegeln Sie die Platte mit einer selbstklebenden Plastikfolie und schicken Sie uns Ihre Stichkulturen bei Raumtemperatur



Plasmidklone – Glyzerinkulturen:

  • Verwenden Sie ausschließlich transparente 96well Mikrotiterplatten mit einem Fassungsvolumen von 350µl/Well
  • Füllen Sie jedes Well mit 200µl flüssigem Medium (z.B. LB-Medium) inkl. entsprechendem Antibiotikum und fügen Sie 40 µl Glyzerin hinzu (erforderliche Glyzerinkonzentration: 10-20%)
  • Schicken Sie uns flüssige Kulturen ausschließlich in Glyzerin!
  • Picken Sie jede einzelne Kolonie mit einem sterilen Zahnstocher aus der Agarschale und beimpfen Sie jeweils einen Well mit einer Kolonie. Oder transferieren Sie Klone aus bereits eingelagerten Glycerinkulturen mittels Multi-Kanal-Pipette in eine frisch hergestellte 96 well Glycerinplatte
  • Bedecken Sie die Platte lose mit einem Deckel und inkubieren Sie sie 8 – 12 Stunden bei 37°C
  • Achten Sie darauf, dass die Plattenoberfläche trocken ist, bevor Sie die Platte sehr dicht mit Klebefolie versiegeln, um Materialverluste zu verhindern
  • Kennzeichnen Sie die Platte mit Ihrer Auftragsnummer und dem Plattennamen auf dem Plattenrahmen
  • Frieren Sie die Platte bei - 80°C ein
  • Versenden Sie die Glyzerinkulturen auf ausreichend Trockeneis zur Konservierung Ihrer Proben

 

FrameStar® ist durch eines oder mehrere der folgenden US-Patente oder deren ausländischen Partner im Besitz der Eppendorf AG geschützt: US-Patente Nr. 7.347, 977 und 6.340.589. FrameStar® ist eine eingetragene Marke der 4titude® Ltd.

 

 

Sequenzier-Primer

Profitieren Sie von größtmöglicher Flexibilität für Ihre Sequenzier-Primer

Dank unserer hauseigenen DNA-Synthese, unserer umfassenden Bioinformatik-und IT-Expertise haben Sie die freie Wahl, wie Sie uns Ihre Sequenzier-Primer zukommen lassen:

  • Mehr als 80 Standard Primer stehen Ihnen zur Verfügung
    Wählen und verwalten Sie Ihre bevorzugten Standard Primer aus einer Liste von 80 validierten Primern.
  • Designen Sie Ihre eigenen Sequenzier-Primer
    Verwenden Sie unser Sequenzier Primer Design Tool für Ihre forward und reverse Primer die Sie anschließen einfach bestellen können.
  • Bestellen Sie Ihre eigenen Sequenzier-Primer
    Bestellen Sie die Synthese benötigter Primer direkt zu Ihrer Sequenzierung. Wir bewahren diese Primer 4 Wochen für Sie auf. In diesem Zeitraum können Sie sie jederzeit bequem wiederverwenden.
  • Schicken Sie uns Ihre eigenen Sequenzier-Primer
    Sie können uns Ihre Sequenzier-Primer in separaten Tubes gemeinsam mit Ihrer Proben schicken. Verwenden Sie dafür unsere kostenlosen Primer Barcodes.*
  • Voreingestellte Primer mit DNA-Template
    Sie können Primer auch direkt zu Ihrem DNA-Template dazugeben und uns als DNA / Primer - Gemisch für den TubeSeq Service, Mix2Seq, LightRun Tube, LightRun Plate und den PlateSeq Service senden.

 


Bitte beachten Sie die optimalen Primerbedingungen, Konzentration und Volumen wie unten beschrieben.

Optimale Primer-Bedingungen:

  • Primer dürfen weder Phosphorylierung noch Fluoreszenzfarbstoffe enthalten
  • Die optimale Primerlänge liegt zwischen 16 und 25 Basen
  • Die Schmelztemperatur des Primers sollte 50 - 62°C betragen
  • Der GC-Gehalt des Primers sollte bei 35-60% liegen
  • Idealerweise sollte ein G oder C am 3’-Ende liegen
  • Die Anzahl der 3' Gs oder Cs sollte nicht größer als 2 Gs oder Cs sein
  • Wenn möglich, vermeiden Sie >3 identische Basen hintereinander in der Sequenz


Primer-Konzentration und -Volumen:

  • Pro Sequenzierreaktion werden exakt 10 pmol/µl Primer-Konzentration benötigt
  • Jeder Primer muss ein Gesamtvolumen von 15 µl (in bi-destilliertem Wasser oder 5mM Tris-HCl) haben; für jede weitere Sequenzierreaktion sind 5 µl Primer-Volumen erforderlich
  • Die Konzentration von Primern mit Wobbles muss nach folgender Formel berechnet werden: nX x ConcPrimer

    n = Anzahl Basen im Wobble gem. IUPC-Code, X = Anzahl Wobbles in der Primer-Sequenz. [z.B. 1 V (AGC) = 31 x 10 pmol/µl; 2 V (AGC) (AGC) = 32 x10 pmol/µl]

*: Bereits vorhandene Tube Labels können weiterhin für mitgesendete Primer verwendet werden

 

 

Aufbewahrungszeiten

 

Aufbewahrung von Proben und Primer:

  • Lagerung der DNA für 4 Wochen
  • Kostenlose Lagerung der synthetisierten Primer für 4 Wochen
  • Aufbewahrung von synthetisierten Primern für ein Jahr gegen Aufpreis

 

Datenspeicherung:

  • Sichere Online-Archivierung aller ausgewählten Sequenzdaten für 6 Monate
    (Bei Bestellungen die in Ebersberg bearbeitet werden, werden die Daten 3 Monate gespeichert)

 

Power Read Upgrade

Wann Sie den Power Read wählen sollten

Falls die Sequenz Ihrer Proben >30 kbp groß ist, oder Abschnitte hat die sich eventuell schwer sequenzieren lassen, wählen Sie unseren Power Read Upgrade. Wir führen spezielle Sequenzierkonditionen oder nutzen spezielle Chemie um die bestmöglichen Ergebnisse zu erzielen. Eine kostenlose Wiederholung ist mit inbegriffen. Dieser Service erfordert eine längere Bearbeitungszeit.

 

Wiederholung bei technischen Ursachen

Definition technische Ursachen

Ein technischer Fehler ist als ein chemischer oder technischer Defekt (IT, Maschinen) in unserem Labor definiert. Um zu gewährleisten, dass die Qualität der Sequenzierung einer Platte nicht von einem technischen Fehler betroffen ist, wird bei jeder Platte eine interne Qualitätskontrolle durchgeführt (Well H12 sollte zu diesem Zweck leer gehalten werden, ansonsten kann eine Qualitätskontrolle erfolgen). Darüber hinaus analysiert eine hochentwickelte Software jede einzelne Platte unter Berücksichtigung verschiedener Parameter wie Qualitätswerte (QV) und Leselängen. Falls diese Parameter einen bestimmten Wert pro Platte unterschreiten wird eine zusätzliche manuelle Überprüfung durchgeführt. Wenn durch diese manuelle Prüfung ein technischer Fehler bestätigt wird, wird die Platte neu sequenziert.

 

 

 

Literatur

 

 

 

 

 

 

 

 

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Qualität ist uns sehr wichtig

Unsere Produkte und Services werden unter strengen Qualitätsrichtlinien produziert und durchgeführt.

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