Die DNA-Basenidentifikation beruht auf der Nomenklatur, die von der International Union of Pure and Applied Chemistry (IUPAC) ausgegeben wurde. Bei nicht eindeutiger Basenidentifikation werden folgende IUPAC-Codes verwendet:
| G/T = K |
C/T = Y |
A/C/G = V |
| A/G = R |
A/C = M |
C/T/G/ = B |
| G/C = S |
A/G/T = D |
A/C/G/T = N |
| A/T = W |
A/C/T = H |