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Genbibliotheken sind ein Pool von DNA Sequenzen, die auf einer einzelnen Sequenz basieren, aber an definierten Positionen spezifische Mutationen enthalten.

 

 

 

 

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Anwendungen

 

Combinatorial Libraries (kombinatorische Genbibliotheken) sind besonders beim Hochdurchsatz-Screening nützlich und ermöglichen

  • Optimierung der Bindungseigenschaften von Antikörpern
  • Optimierung von Proteineigenschaften (z.B. Stabilität / Aktivität)
  • Verbesserte Expression Ihres Proteins
  • Die beste DNA Sequenz für die Proteinbindung zu finden
  • Verbesserte Ribozym-Aktivität

 

Eurofins Genomis bietet zwei verschiedene Combinatorial Libraries an:

  • Lineare Gebibliotheken
  • Klonierte Genbibliotheken
  • Zusätzlich zu den Combinatorial Libraries bietet Eurofins noch weitere Genbibliotheken an

 

Weitere Details über die verschiedenen Typen der Genbibliotheken finden Sie unten.

Komplexität einer Genbibliothek

 

Üblicherweise werden die klonierten Genbibliotheken mit einer maximalen Diversität von 108 ausgeliefert. Befinden sich zu viele wobble Positionen in einer Genbibliothek ist die Gesamt-Komplexität so hoch, das es nicht mal statistisch möglich ist, alle Klone in einer Genbibliothek zu erhalten. Hier ein paar Beispiele:

 

...GCT NNN AGC T...

  • 64 mögliche Varianten (4x4x4 = 43)
  • Alle Aminosäuren an einer Position

 

...GCT NNK AGC T...

  • 32 mögliche Varianten (21x42)
  • NNK = alle Aminosäuren, außer 2 Stop Codons
  • Reduziert die Komplexität (im Vergleich zu NNN)

 

...GCT NNN NNN NNN NNN NNN AGC T...

  • 15 N = 415 = 109 mögliche Varianten
  • Alle Aminosäuren an 5 aufeinander folgende Positionen - die Variation ist sehr hoch (109). Reduzieren Sie die Komplexität Ihrer Genbibliothek.
  • Die Verwendung von 5 mal NNK würde die Komplexität auf 3*107 reduzieren.

 

 

 

 

>> FAQ's GeneSynthese

>> Geneius

 

 

 

Produkt Übersicht & Ausgewählte Publikationen 

 

 

Lineare Genbibliotheken

GeneStrands Genbibliotheken

 

Lineare Genbibliotheken sind PCR Produkte, die an bestimmten Positionen spezifische Mutationen enthalten. Diese Degenerationen werden während der Oligosynthese eingefügt. 

 

Spezifikationen

  • Standard-Sequenzen bis 1000 bp
    moderater GC Gehalt (35-75%), keine langen Repeats und Homopolymerabschnitte (> 18 bp) oder kritische Hairpin-Strukturen (> 25 bp)
  • Ausbeute bis zu 500 ng
  • Versand als lyophilisiertes PCR Produkt

 

Qualitätskontrolle

  • Einzelstrang-Sequenzierung der Genbibliothek

 

Fügen Sie wobble Basen in GeneStrands ein - und erhalten sie eine lineare DNA Genbibliothek zum attraktiven Preis

 

Bei Eurofins Genomics zahlen Sie einen Fixpreis pro degeneriertem Abschnitt und nicht für jede einzelne Position. Aber beachten Sie, dass die Komplexität ihrer Genbibliothek und somit die Anzahl möglicher Varianten sehr schnell in astronomische Höhen gehen kann. Deshalb sollten Sie versuchen die Komplexität so klein wie möglich zu halten.

 

Bitte beachten Sie:

Es kann vorkommen, das nach der Klonierung manche Klone noch weitere Mutationen in der Gensequenz enthalten. Das liegt an dem Gensyntheseprozess selbst: wir verwenden Oligonukleotide von bester Qualität für diesen Prozess, aber selbst hier können Mutationen auftreten (ungefähr 1 in 2000 bp). 

 

Falls es für Ihr Projekt unabdingbar ist, dass sie 100% richtige Sequenzen haben, kontaktierne Sie uns bitte. Wir können dann eine maßgeschneiderte Lösung für Ihr Projekt definieren.

Klonierte Genbibliotheken

 

Gebrauchsfertig

 

 

Nach der Klonierung einer linearen Genbibliothek in einen Vektor spricht man von einer klonierten Genbibliothek.

 

Die Klonierung Ihrer Genbibliothek kann entweder in unseren Standardvektor pEX-A2 (map) oder in einen Vektor Ihrer Wahl erfolgen. Üblicherweise erhalten Sie eine Genbibliothek mit einer Komplexität von bis zu 108.

 

Spezifikationen

  • Standard-Sequenzen bis 1000 bp
    moderater GC Gehalt (35-75%), keine langen Repeats und Homopolymerabschnitte (> 18 bp) oder kritische Hairpin-Strukturen (> 25 bp)
  • Bis zu 108 Varianten pro Genbibliothek
  • Ausbeute bis zu 500 µg
  • Versand der gesamten Genbibliothek in einem tube

 

Qualitätskontrollen

  • Doppelstrang-Sequenzierung der klonierten Genbibliothek
  • Einzelstrang-Sequenzierung von 10 Klonen

 

QC Kriterien

100% Sequenzhomologie der klonierten Genbibliothek zur erwarteten Sequenz, Mischpeaks an den degenerierten Positionen. Bitte beachten Sie, dass für manche Genbibliotheken das Hintergrundrauschen bei der Sequenzierung durch die degenerierten Positionen höher als "normal" ist.

 

Zusätzliche Optionen

  • Sequenzierung von 96 individuellen Plasmiden
  • Statistische Datenanalyse (Chi2 Wert) von 96 Klonen, siehe Graphik oben rechts
  • Glycerol-Kultur der klonierten Genbibliothek

 

Wichtige Informationen

Es kann vorkommen, das nach der Klonierung manche Klone noch weitere Mutationen in der Gensequenz enthalten. Das liegt an dem Gensyntheseprozess selbst: wir verwenden Oligonukleotide von bester Qualität für diesen Prozess, aber selbst hier können Mutationen auftreten (ungefähr 1 in 2000 bp). 

 

Falls es für Ihr Projekt unabdingbar ist, dass sie 100% richtige Sequenzen haben, kontaktierne Sie uns bitte. Wir können dann eine maßgeschneiderte Lösung für Ihr Projekt definieren.

 

Tipp

Durch das Hinzufügen einer Promotors und eines Terminators in die Sequenz der Genbibliothek, machen Sie aus jedem beliebigen Vektor einen Expressionsvektor, der sofort für das Hochdurchsatz-Screening eingesetzt werden kann.

Weitere Genbibliotheken

Und es gibt noch mehr...

 

Zusätzlich zu den Combinatorial Libraries bieten wir folgende Genbibliotheken an:

 

  • (Ala) Scanning Libraries
    Identifizieren sie Positionen von essentielle Aminosäuren innerhalb einer kodierenden Sequenz (ORF)
  • Site Saturation (Mutagenesis) Libraries
    Testen Sie alle möglichen Aminosäuren an einer Position (Triplet / Codon)
  • Truncation Libraries
    Gekürzte Versionen Ihres Gens

 

Für weitere Informationen und einem Angebot für Ihr Projekt kontaktieren Sie uns bitte.

 

 

Literatur

 

Application Note: GENEius and competitor algorithms

Gene Synthesis Brochure

 

 

 

 

 

 

 

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