Ja, 16S-Primer können manchmal pflanzliche Organellen amplifizieren, insbesondere das 16S-rRNA-Gen, das in den Chloroplasten von Pflanzen vorkommt. Chloroplasten enthalten eigene ribosomale RNA-Gene, die aufgrund ihres evolutionären Ursprungs Bakterien ähneln.
Der Grad der Amplifikation hängt jedoch von mehreren Faktoren ab:
Primerspezifität:
Einige 16S-Primer sind speziell für bakterielle Ziele entwickelt und amplifizieren möglicherweise Chloroplasten-DNA nicht effizient. Andere könnten breiter anwendbar sein und auch Chloroplasten-DNA einschließen.
Probenzusammensetzung:
In Proben mit einer komplexen Mischung von Organismen, wie z. B. Umweltproben, kann das Vorhandensein von Pflanzen-DNA zur Amplifikation von Chloroplasten-Sequenzen führen.
Zielregion:
Verschiedene Regionen des 16S-Gens weisen unterschiedliche Konservierungsgrade zwischen bakterieller und Chloroplasten-DNA auf, was die Wahrscheinlichkeit einer erfolgreichen Amplifikation beeinflussen kann.
Empfehlung:
Wenn Sie ausschließlich bakterielle Gemeinschaften analysieren möchten und die Amplifikation pflanzlicher Organellen vermeiden wollen, sollten Sie Primer auswählen, die speziell für bakterielle 16S-rRNA-Gene entwickelt wurden.