Die passende Antwort auf häufig gestellte Fragen
Finden Sie erklärende Informationen zu unseren Produkten und Dienstleistungen, indem Sie auf die folgenden Links klicken.
Welches Ausgangsmaterial wird akzeptiert?
Eine Liste der akzeptierten Ausgangsmaterialien einschließlich der jeweiligen Mengen finden Sie in Tabelle 1 unter Produktspezifikationen.
Welche Art von Qualitätskontrolle führen Sie durch?
Alle eingegangenen Ready-to-Load-Bibliotheken werden einer Qualitäts- und Quantitätskontrolle unterzogen. So wird die passende Sequenzierungsverdünnung bestimmt und es werden optimale Cluster-Dichten erzielt.
Was soll ich tun, wenn meine Probe die Eingangs-QK nicht besteht?
Sollten die Menge, Konzentration oder Qualität der sequenzierbereiten Bibliothek die Voraussetzungen für die Weiterverarbeitung der Probe nicht erfüllen, werden wir Sie kontaktieren und mit ihnen das weitere Vorgehen für das Projekt besprechen. Sofern möglich wird Eurofins Genomics Ihnen dann Empfehlungen zur Optimierung der Probenqualität geben.
Welche Art von BioIT bieten Sie an?
Eine kostengünstige und professionelle bioinformatische Analyse steht auf Anfrage zur Verfügung. Weitere Informationen finden Sie unter „Produktspezifikationen“.
Kann ich die Ergebnisse für diagnostische Zwecke verwenden?
Ja, auf Wunsch kann der Sequenzierdienst unter diagnostischen Bedingungen mit ISO 17025-Akkreditierung durchgeführt werden.
Wo erhalte ich meine Ergebnisse und in welcher Form werden sie geliefert?
Alle Rohdaten (FAST-Q Dateien) sowie die analysierten Daten können über Ihr sicheres Online-Konto heruntergeladen werden.
Garantieren Sie eine bestimmte Anzahl an Reads?
Die tatsächliche erzielte Sequenzierungsleistung (Read-Länge, Read-Qualität und Anzahl der Reads) korreliert direkt mit der Qualität der verwendeten Sequenzierungsbibliothek. GATC Biotech kann keine Garantien für Sequenzierungsdaten aus kundenseitig erstellten Ready-to-Load-Bibliotheken geben. Sollte es aufgrund von technischen Problemen mit den Sequenzierungskits oder -geräten zu unbefriedigenden Sequenzierungsergebnissen kommen, wird die Sequenzierung ohne zusätzliche Kosten für den Kunden wiederholt.
Ist das Sortieren von gemultiplexten Sequenzen inbegriffen?
Das Sortieren von Rohdaten gemäß Illumina Index Read ist inbegriffen. Der verwendete Index-Typ (Single Index oder Dual Index) sowie die entsprechenden Index-Sequenzen müssen vor dem Projektbeginn zur Verfügung gestellt werden.
Die Sortierung der Rohdaten nach kundenspezifischen Markierungen (Tags) zu Beginn des Reads kann gegen Aufpreis angeboten werden. Wir empfehlen dringend, die „lineare“ Barcode-Strategie zu vermeiden und stattdessen das Indexsystem von Illumina zu verwenden (d. h. die Barcodes werden in einem separaten Read gelesen und die Registrierung von Clustern wird nicht beeinträchtigt). Es ist unbedingt auf eine ausgewogene Basenzusammensetzung der Indizes zu achten, damit die Bildanalyse-Software die einzelnen Signale optimal unterscheiden kann.
Welche Schritte werden unternommen, um die Sequenzierungsqualität zu erhöhen?
Die Cluster-Erkennungsalgorithmen von Illumina sind so optimiert, dass die A-, T-, G- und C-Nukleotide gleichmäßig repräsentiert sind. Jede Abweichung von einer gleichmäßigen Verteilung der Basen wirkt sich negativ auf die Menge und die Qualität der erzeugten Sequenzierungsdaten aus. Bei Proben mit geringer Vielfalt oder unausgewogener Basenzusammensetzung (z. B. Amplikons, bisulfitkonvertierte Proben) wird zur Verbesserung des Nukleotid-Gleichgewichts der Bibliothek ein PhiX-„Spike-in“ (20%) eingesetzt. Das Ausmaß, in dem die negativen Auswirkungen der unausgewogenen Basenzusammensetzung durch das „Spike-in“ der PhiX-Kontrolle reduziert werden, ist von der einzelnen Probe und den Sequenzeigenschaften abhängig. Weitere Informationen entnehmen Sie bitte der Illumina-Website.
Wie wähle ich aus den verschiedenen NGSelect-Diensten den richtigen aus?
NGSelect gliedert sich in vier Hauptkategorien, die von Ausgangsmaterial, DNA, RNA, Amplikons oder Ready-to-Load-Bibliotheken abhängig sind. Jeder dieser Dienste bietet eine Vielzahl von Optionen, mit denen individuelle und erschwingliche NGS-Projekte entworfen werden können. Weitere Informationen finden Sie in Tabelle 2 (nachstehend):
