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Häufig gestellte Fragen zu Produkten und Dienstleistungen

Die passende Antwort auf häufig gestellte Fragen

Finden Sie erklärende Informationen zu unseren Produkten und Dienstleistungen, indem Sie auf die folgenden Links klicken.

Sanger Sequencing

Products & Services

Wie lange sind Prepaid-Produkte gültig?

Alle im Voraus bezahlten Barcode-Etiketten, Kits und Coupon-Codes sind fünf Jahre ab dem Bestelldatum gültig und verfallen nach Ablauf dieser Frist.

Sie können wählen, eine E-Mail-Benachrichtigung zu erhalten, bevor eines Ihrer im Voraus bezahlten Sanger-Produkte abläuft, indem Sie dies in Ihren persönlichen Einstellungen festlegen.

Was sind “Tube Labels” – Wann und warum brauche ich diese?

Tube Labels sind Barcode-Etiketten die eine saubere und eindeutige Beschriftung Ihrer Proben, die Sie uns zur Sequenzierung einsenden, gewährleisten.
Sie werden primär für die Identifizierung Ihrer Auftrags- und Kundendaten benötigt, erlauben uns aber zusätzlich eine schnellere und fehlerfreie Bearbeitung Ihrer Proben.

Eine Übersicht welche Labels wann und von wem verwendet wurden erhalten Sie unter "Meine Sanger Kits & Labels".

Unsere Tube Labels können kostenlos Online bestellt werden.

Wann benutze ich Primer-Barcodes?

Falls Sie Ihre eigenen Primer zur Sequenzierung mitsenden, verwenden Sie die gelben Primer-Barcodes um diese zu Kennzeichnen. 

Eine Übersicht welche Labels wann und von wem verwendet wurden erhalten Sie unter "Meine Sanger Kits & Labels".

Primer Barcodes können kostenlos Online bestellt werden.

Wie lange werden meine Sequenzierergebnisse gespeichert?

Ihre Sequenzierergebnisse werden nach Fertigstellung 6 Monate in Ihrem persönlichem Account gespeichert. Während diesem Zeitraum können Sie Ihre Daten herunterladen und abspeichern.

Wie lange werden Proben und Primer aufgehoben?

Bei allen Services werden DNA Proben für 4 Wochen aufbewahrt.

Synthetisierte Primer werden für 4 Wochen kostenlos gelagert
Aufbewahrung von synthetisierten Primern für ein Jahr ist gegen Aufpreis möglich

Mitgesendete Primer werden für 10 Tage kostenlos gelagert
Aufbewahrung von mitgesendeten Primern für 6 Monate ist gegen Aufpreis möglich

In diesem Zeitraum haben Sie die Möglichkeit weitere Sequenzierreaktionen nachzubestellen.

Premixed Proben (DNA mit Primer vorgemischt) und Proben für den Ready2Load Service werden nach Abschluß des Auftrags verworfen.

Kann ich shRNA oder DNA mit Sekundärstrukturen einsenden?

Ja, wir akzeptieren DNA-Proben mit schwierigeren Sequenzen. 

 

Kann ich Phagen- oder genomische DNA einsenden?

Bitte kontaktieren Sie unseren Customer Support für eine detaillierte Beratung.

Wann erhalte ich meine Sequenzier-Ergebnisse?

Übersicht der Lieferzeiten für die meisten unserer Sanger-Services:

 

NightXpress Services Datenlieferung am nächsten Werktag bis Regulärer Nicht-NightXpress
Service
Datenlieferung am nächsten Werktag bis
Mix2Seq NXP 12:00 Uhr Mix2Seq 18:00 Uhr
LightRun NXP 13:00 Uhr LightRun Tube 18:00 Uhr
PlateSeq Mix NXP 13:00 Uhr PlateSeq Mix 18:00 Uhr
    LightRun 96 18:00 Uhr
    TubeSeq Supreme 18:00 Uhr
       
    PlateSeq DNA 18:00 Uhr
    PlateSeq PCR 18:00 Uhr


Wichtige Information:


Die angegebenen Lieferzeiten hängen hauptsächlich von der Ankunftszeit der Proben im Labor ab.


Für viele europäische Städte bieten wir koordinierte Abhol- und Transportdienste mit Eurofins DropBoxen an, um eine pünktliche Lieferung im Labor zu gewährleisten.


Diese Logistikdienstleistungen können jedoch auch höherer Gewalt oder unvorhersehbaren Änderungen unterliegen, wie z.B. Streiks, Unfälle, Stürme, Überschwemmungen. In solchen Fällen kann Eurofins Genomics die angegebene Datenlieferzeit nicht garantieren und ist nicht verantwortlich für Verzögerungen, die durch Logistikdienste verursacht werden.


Zusätzlich gelten unsere Allgemeinen Geschäftsbedingungen (AGB).

 

 

How to order

Wie kann ich DNA Sequenzierung bei Eurofins bestellen?

Wir empfehlen als einfachste und komfortabelste Möglichkeit über unseren Online Shop zu bestellen. Im Bestell-Menü finden Sie alle Links zu den entsprechenden Bestellseiten.

Informationen zur Probenvorbereitung und Probenhandhabung für die einzelnen Services finden Sie auf der jeweiligen Produktseite unter „Probenvorbereitung”.

An welche Adresse sende ich meine Sequenzierproben?

Eurofins Genomics haben zur kostenlosen Abholung Ihrer Proben bereits hunderte von DropBoxen installiert. Den Standort Ihrer nächstgelgenen DropBox mit entsprechender Abholzeit können Sie in Ihrem Account einsehen, sofern Sie eingeloggt sind. 

Falls sich keine Dropbox in Ihrer Nähe befinden sollte, können Sie uns Ihre Proben natürlich auch per Post oder über andere Lieferunternehmen zukommen lassen. Die entsprechende Adresse wird Ihnen während des Bestellvorgangs angezeigt.

 

Kann ich mehrere Reaktionen pro Probe bestellen?

Ja, unabhängig von der Probenart, können Sie mehrere Reaktionen pro Template definieren. Folgen Sie einfach der Beschreibung auf der Bestellseite.

 

Wie viele Platten kann ich pro Auftrag einsenden?

Sie können bis zu 15 Platten auf einmal hochladen bzw. einzeln eingeben und im Warenkorb speichern. Es gibt keine Maximalmenge pro Auftrag.

 

Kann ich Sequenzierreaktionen nachbestellen?

Neue Sequenzierreaktionen mit gelagerter DNA können innerhalb der Aufbewahrungszeit von 4 Wochen bestellt werden.

Wenn Sie Ihre Proben in Tubes gesendet hatten, verwenden Sie einfach die selbe Bestellseite und geben die Anfangsbuchstaben der entsprechenden DNA ein. Das System listet Ihnen alle gelagerten Proben, die mit diesen Anfangsbuchstaben beginnen auf.

Falls Sie neue Reaktionen für vereinzelte Proben aus einer Platte nachbestellen wollen, finden Sie die Option "Aus Platte nachbestellen" auf der selben Bestellseite sowie den Namen der gelagerten Platte. Selektieren Sie aus dieser Platte die entsprechenden Proben und spezifizieren Sie dafür die neuen Reaktionen.

Das Enddatum der Aufbewahrungszeit Ihrer DNA Proben finden Sie in Ihrem Account unter "Meine Proben & Primer".

 

Kann ich Zusatzleistungen beim Verwenden von Prepaid Barcodes bestellen?

Bei Prepaid Barcodes können Sie Zusatzleistungen, wie Primersynthese oder DNA-Minipräparation bestellen. Sie erhalten dann dafür eine separate Rechnung.

Sample Preparation

Wie soll ich meine Sequenzierproben einsenden?

Sie finden alle Informationen bezüglich Probenaufbereitung, DNA- und Primerkonzentration sowie Transportempfehlungen auf den jeweiligen Produktseiten unter "Probenversand”.

Wie ermittle ich die Konzentration meiner Probe(n)?

Ermitteln Sie die optische Dichte (OD) mit einem Spektrophotometer bei 260nm und 280nm.

Um reproduzierbare und zuverlässige Ergebnisse zu erzielen, sollte der OD260-Wert zwischen 0,05 und 0,8 liegen. Das OD 260/280-Verhältnis sollte 1,8 sein. Werte unter 1,6 bzw. höher als 2,0 sind ein Hinweis auf Kontaminationen in der Probe, die die Konzentrationsbestimmung negativ beeinflussen und höchstwahrscheinlich zu schlechten Sequenzierergebnissen führen.

Wir empfehlen zusätzlich eine OD-Messung bei 230nm und 320nm. Ein hoher OD320-Wert deutet eine eventuelle Kontamination an. Der Wert sollte idealerweise bei 0,0 liegen. Das OD 230/260-Verhältnis sollte kleiner als 0,6 sein.

Um sich der Qualität Ihrer DNA ganz sicher zu sein, empfehlen wir eine zusätzliche Kontrolle mittels Agarosegel.

Welche Aufreinigungsmethode(n) soll ich verwenden?

Für Plasmide empfehlen wir kommerziell erhältliche Mini Scale Präparations-Kits. Erfahrungsgemäß wird die DNA-Qualität und somit das Sequenzierergebnis verbessert, wenn der Waschschritt wiederholt wird.
Bitte senden Sie keine DNA, die mit Hilfe alkalischer Lyse oder Boiling-Methode nach Holmes und Quigley, 1981 ohne anschließende Säulchenreinigung isoliert wurde.

Für PCR-Produkte sollten kommerziell erhältliche PCR-Aufreinigung „Spin Column Kits“ verwendet werden.

Kann ich meine DNA in Tris-EDTA (TE) einsenden?

Nein, bitte nicht.

EDTA bindet bivalente Kationen wie Magnesium (Mg++), die essentiell für die Taq-Polymerase sind. DNA ist über mehrere Tage in bi-destilliertem Wasser oder Tris-HCl bei Raumtemperatur stabil. In getrocknetem Zustand ist DNA sogar noch länger haltbar. Falls Sie Ihre DNA trotzdem in Tris-EDTA lagern möchten, entnehmen Sie vorab ein Aliquot des Eluats und senden dieses an unsere Sequenzierabteilung.

Sollte ich meine DNA auf Trockeneis versenden?

Das ist nicht notwendig; DNA ist über mehrere Tage in bi-destilliertem Wasser oder Tris-HCl bei Raumtemperatur stabil. Bitte lösen Sie Ihre DNA keinesfalls in Tris-EDTA, da dies negative Auswirkung auf die Taq-Polymerase hat.

Kann ich ungereinigte PCR-Produkte oder Klone einsenden?

Ja.

Wir bieten bei den meisten Sanger Sequenzier-Services DNA-Präparationen und PCR-Produktaufreinigungen als zusätzliche Dienstleistung an. 

Welche E.coli Stämme soll ich verwenden?

Obwohl der verwendete Stamm signifikanten Einfluss auf die DNA-Qualität haben kann, sind die meisten E.coli Stämme zur DNA-Isolierung geeignet.

Bakterienstämme wie DH10b, DH5 alpha, XL10 Gold und TOP10 liefern in Kombination mit vielen der kommerziell erhältlichen DNA-Präparations-Kits in der Regel eine hohe DNA-Qualität und gelten daher für die Plasmid-Sequenzierung als sehr geeignet.

Eine schlechtere DNA-Qualität liefern Stämme, die hohe Mengen an Kohlehydraten produzieren, welche dann während der Lyse freigesetzt werden und Enzymaktivitäten blockieren. Beispiele sind HB101 und dessen Derivate wie beispielsweise TG1 und die JM100 Serie.
Auch Stämme mit mittleren oder hohen Endonukleaseaktivitäten wie beispielsweise der HB101, JM101 oder BL21 produzieren DNA mit geringerer Qualität. In diesem Fall sollte eine Proteinase-K-Behandlung in Betracht gezogen werden.

Ist es notwendig mein PCR-Produkt aufzureinigen, wenn nur eine Bande zu sehen ist?

Das Produkt muss von Primer- und dNTP Rückständen befreit sein. Vorhandene Primerrückstände führen zu Mischsequenzen – bereits ein fünfprozentiger Anteil an Primer führt bereits zu unleserlichen Mischsequenzen. Die dNTPs würden die dNTP/ddNTP-Konzentration in der Sequenzierreaktion beeinflussen. Wir empfehlen daher die Aufreinigung mit kommerziell erhältlichen PCR-Aufreinigungs- „Spin Column“ Kits“.

Ich sehe unspezifische Banden in meiner PCR-Reaktion. Sollte ich mein Produkt über ein Gel aufreinigen?

Falls Sie Ihren PCR-Primer in der Sequenzierreaktion verwenden wollen, ist es notwendig Ihr PCR-Produkt über ein Agarose-Gel aufzureinigen. Andernfalls erhalten Sie eine Mischsequenz, da sich Ihr Primer höchstwahrscheinlich an beide Produkte, d.h. sowohl dem spezifischen als auch dem unspezifischen, binden wird.
Wenn Sie einen spezifischen Nested Primer für die Sequenzierung einsetzen wollen, könnte das auch ohne vorherige Aufreinigung funktionieren.
Die beste Garantie für ein gutes Sequenzierergebnis ist allerdings nach wie vor, dass sich nur ein Produkt in der PCR-Reaktion befindet. Um unspezifische PCR-Produkte zu vermeiden, hilft es bereits in den meisten Fällen die PCR-Konditionen anzupassen (z.B. Primer-Design, höhere Annealing-Temperatur und/oder geringere Primer Konzentration).

Primers & More

Welche Standard Primer stehen zur Verfügung?

80 verschiedene Standard Primer stehen Ihnen jeweils für Ihre DNA Sequenzierungen zur Verfügung. Unter "Meine Proben & Primer" finden Sie die komplette Liste unserer Standard Primer, verwendbar für alle Services.

Kann ich meine eigenen Sequenzierprimer senden?

Ja. Geben Sie einfach den Namen und die Sequenz des Primers den Sie uns senden wollen auf der Bestellseite mit ein.

Bitte verwenden Sie unser Primer Barcodes um diese zu kennzeichnen! Die nötigen Volumen und Konzentrationsangaben finden Sie unter “Probenvorbereitung” auf unserer Website.

Kann Eurofins Genomics Primer für mich synthetisieren? Wie bestelle ich diesen Service?

Ja. Geben Sie den Namen und die Sequenz des Primers, den Sie bei uns synthetisieren lassen wollen, unter "Order a Primer" bei Ihrer Sequenzierbestellung mit an.

Wie und in welcher Konzentration kann ich meine Primer senden?

Die entsprechenden Angaben zu Primer Konzentrationen und Lösungsvolumina finden Sie auf den jeweiligen Produktseiten unter "Probenvorbereitung".

Kann ich eine Primersynthese mit Barcodes bezahlen?

Die Synthese eines Primers für Eurofins Services kann mittels Prepaid-Barcodes bezahlt werden. 

Technical Questions

Was ist der IUPAC Code? Welche Ergebnisse erhalte ich?

Die DNA-Basenidentifikation beruht auf der Nomenklatur, die von der International Union of Pure and Applied Chemistry (IUPAC) ausgegeben wurde. Bei nicht eindeutiger Basenidentifikation werden folgende IUPAC-Codes verwendet:

G/T = K C/T = Y A/C/G = V
A/G = R A/C = M C/T/G/ = B
G/C = S A/G/T = D A/C/G/T = N
A/T = W A/C/T = H

Was sind Q20 (Q30 / Q40) Basen?

Eurofins Genomics verwendet ein Basecalling-Programm, dass jeden Peak jeder Base einzeln untersucht und anhand dessen an jede Base einen Qualitätswert (Q) vergibt. Qualitätswerte variieren im Bereich von 4 bis ca. 60, je höher der Wert, desto höher die Qualität.

Die Qualitätswerte haben einen logarithmischen Bezug zu Fehlerwahrscheinlichkeiten in der Sequenz. Eine Aufstellung sehen Sie in folgender Tabelle:

QualitätswertWahrscheinlichkeit einer falsch gelesenen BaseSequenzgenauigkeit
Q 10 1 in 10 90 %
Q 20 1 in 100 99 %
Q 30 1 in 1.000 99.9 %
Q 40 1 in 10.000 99.99 %
Q 50 1 in 100.000 99.999 %

Welche Sequenziermethode setzt Eurofins Genomics ein?

Für alle Sanger Sequenzier-Services setzen wir die Cycle Sequencing Technologie (dideoxy chain termination / cycle sequencing) auf ABI 3730XL-Sequenzern ein.

Was ist die „Cycle Sequencing“ Technik?

Cycle-Sequencing, ist eine Modifikation der traditionellen Sanger-Sequenziermethode. Die Komponenten sind DNA, Primer, hitzebeständige DNA-Polymerase, 4 dNTP´s, 4 ddNTP´s (dideoxy terminator nucleotides) fluoreszenzmarkiert mit vier verschiedenen Farbstoffen sowie Puffer mit MG++ und K+-Ionen. Der einzelne Primer bindet an den komplementären DNA-Strang und wird in linearer Form verlängert. Diese Verlängerung wird so lange fortgeführt, bis zufälligerweise und abhängig von der komplementären Base ein bestimmtes ddNTP gekoppelt wird. Bedingt durch die Dideoxy-Beschaffenheit kann die Polymerase keine weitere Base mehr an diesem Fragment anfügen und die Verlängerung bricht ab.

Auf diese Weise erhält man am Ende einer definierten Anzahl an Zyklen eine Vielzahl an Fragmenten mit verschiedenen Längen und farbstoffmarkierten Enden.

Die stöchiometrische Beeinflussung der einzelnen Reaktionskomponenten stellt sicher, dass Fragmente jeder möglichen Länge generiert werden. Angenommen es werden 2.000 Basen generiert, dann erhalten wir alle Fragmente angefangen von n+1 bis 2.000, wenn n die Anzahl der Basen im Primer ist.

Der Hauptunterschied zwischen der traditionellen Sanger-Methode und der Cycle-Sequencing-Methode ist die Einführung der thermostabilen DNA-Polymerase. Der Vorteil dieser Polymerase ist, dass die Sequenzierreaktion immer wieder in demselben Tube wiederholt werden kann. Dabei wird das Reaktionsgemisch im Wechsel erhitzt und abgekühlt, einerseits um die DNA zu denaturieren und anderseits zum Annealen des Primers, um neue Sequenzketten zu bilden.

Aus diesem Grund wird weniger Template-DNA benötigt als bei konventionellen Sequenzierreaktionen.

Nach der Aufreinigung der Sequenzierreaktionen werden die Proben elektrokinetisch in die Kapillaren des 96-Kapillarsequenzierers injiziert.

Die negativ geladenen Fragmente wandern der Größe nach geordnet die Anode entlang, wobei die kleinsten Fragmente am schnellsten sind. Durch ihre angehängten ddNTP-Terminatoren kann die Basensequenz des Fragments gelesen werden.

Ein Laserstrahl regt in dem Moment, in dem die Fragmente das Detektionsfenster erreichen diese Farbstoffmoleküle an und produziert somit Fluoreszenzsignale. Diese Signale werden von allen 96 Kapillaren gleichzeitig gesammelt, spektral voneinander getrennt und auf eine CCD (charge-coupled device) Kamera fokussiert.

Äußerst hochentwickelte optische und elektronische Apparate produzieren ein farbiges Schema, das mit Hilfe einer Sequenzanalysesoftware in eine lesbare Sequenz übersetzt wird.

Was ist der Qualitätsreport?

In dem Qualitätsreport (*.pdf Format) bestehend aus den ABI-Trace-Dateien werden die Qualitätswerte jeder einzelnen Base farbig unterhalb jedes Peaks dargestellt. Jede der vier verschiedenen Farben repräsentiert jeweils einen spezifizierten Qualitätsbereich.

Gibt es Besonderheiten bezüglich der Norm DIN EN ISO 17025?

Unter den unten aufgeführten Bedingungenkönnen auch nur verkürzte Prüfberichte erstellt werden.

Betrifft: Vereinfachte Prüfberichte nach DIN EN ISO 170252018, (Abschnitt 7.8)

Prüflabore (Akkreditierung):  Eurofins Genomics Europe Applied Genomics GmbH (D-PL-13372, ) Eurofins Genomics Europe Sequencing GmbH (D-PL-17038)

Für akkreditierte Prüfungen bei diesen beiden Gesellschaften  werden Prüfergebnisse ggf. nur  vereinfacht berichtet, d.h. Anforderungen der Norm DIN EN ISO 17025:2018 (Abschnitt 7.8) sind für diese Art der Ergebnisübermittlung  nicht vollumfänglich  zutreffend.

Bei diesen Prüfungen können die Ergebnisse daher auch als Kurzprüfberichte, elektronisch erzeugten Result reports, Exceltabellen oder nur als Ergebnisdateien berichtet werden.

 

Bei Fragen dazu wenden Sie sich bitte an das Customer Care Team.

Mit welcher Software kann ich die .ab1 Files ansehen

Es gibt verschiedene Software-Angebote auf dem Markt die man verwenden könnte.

Wir können Ihnen unseren GATCViewer anbieten, den Sie sich kostenlos herunterladen und installieren können.

 

Was bedeuted "DONE_QV_NOT_MET"?

Um sicherzustellen, dass die Sequenzierqualität nicht durch einen technischen Ausfall beeinträchtigt wird, wird bei jedem Sequenzierlauf eine interne Qualitätskontrolle durchgeführt. Darüber hinaus analysiert eine ausgeklügelte Software jede Sequenzier-reaktion unter Berücksichtigung von Parametern wie Qualitätswerten (QV) und Leselängen.

Wenn Sie als Ergebnis Ihrer Sequenzierungsreaktion "DONE_QV_NOT_MET" sehen, bedeutet dies, dass die interne Qualitätskontrolle bestanden wurde, aber einige Probenqualitätswerte nicht erreicht wurden. (z. B. Proben- oder Primerkonzentration oder -volumen, Sequenzdesign oder -struktur usw.)

Whole Plasmid Sequencing

Wie unterscheidet sich Whole Plasmid Sequencing von der Sanger-Sequenzierung?

Jede Sequenzierungsmethode hat Vor- und Nachteile. Die Sanger-Sequenzierung und die Oxford Nanopore-Sequenzierung (ONT) sind beide Methoden zur Bestimmung der Nukleotidsequenz in einem DNA-Stück. Typischerweise gilt Sanger als die genaueste Methode für die Short-Read-Sequenzierung und NGS ist besser für die Long-Read-Sequenzierung.

Insgesamt hängt die Wahl zwischen Sanger-Sequenzierung und ONT von den spezifischen Anforderungen der Anwendung ab. Beide Methoden haben ihre Stärken und Grenzen, und die geeignete Methode hängt von Faktoren wie der Länge und Qualität der DNA-Probe, dem gewünschten Genauigkeitsgrad sowie den Kosten und der Verfügbarkeit der erforderlichen Ausrüstung ab.

Was ist die Sequenz-Abdeckung?

Es hängt wirklich von der Probenqualität ab. Wir können den Deckungsgrad derzeit nicht garantieren. Eine ordnungsgemäß eingereichte gute Probe ergibt normalerweise Hunderte oder sogar Tausende von Sequenzierungs-Reads. Die Konsensabdeckung hängt davon ab, wie viele Reads Volllängen-Plasmide sind und wie viele, falls vorhanden, abgebaut sind.

 

Eine Abdeckung unter 20x kann ungenau zusammengesetzte Plasmidsequenzen enthalten. Die häufigsten Gründe für Abdeckungen mit niedriger Qualität sind im Abschnitt "Fehlerbehebung bei fehlgeschlagenen Proben" aufgeführt.

Gibt es eine Mindestanzahl an Proben, die ich einreichen muss?

Jede Anzahl von Proben ist willkommen. Es gibt kein Minimum und kein Limit.

Können Sie Plasmidmischungen sequenzieren?

Sie können es senden und wir können es sequenzieren, aber wir können das Analyseergebnis nicht vorhersagen oder versprechen. Der Kunde würde das Risiko dieser Aufträge übernehmen.

Bietet Eurofins Genomics eine Prepaid Lösung für die Whole Plasmid Sequenzierung an?

Tolle Neuigkeiten! Wir arbeiten aktiv daran, Ihnen eine Prepaid-Lösung zu bringen, die in Kürze verfügbar sein wird!

Kann ich lineare DNA und Amplikons einsenden?

Leider nicht. Momentan können wir nur Plasmide annehmen. Für Amplikons und große DNA-Inserts haben wir jedoch einen speziellen Service, der Ihnen gerne zur Verfügung steht. Mehr erfahren >>

Kann ich meine Proben auch ohne den kostenlosen Barcode schicken?

Leider nicht. Dieser Barcode wird für unsere internen Laborprozesse benötigt und ist wesentlich, um sicherzustellen, dass wir Ihre Proben so effizient wie möglich bearbeiten können. Vielen Dank für Ihre Mitarbeit!

In welchem Puffer soll ich die Plasmide schicken?

Bitte verwenden Sie entweder Nuklease-freies Wasser oder Elutionspuffer (10 mM Tris, pH 8.5).

 

Bitte verwenden Sie keinen Puffer mit EDTA.

Liefern Sie auch die FASTQ-Daten?

Ja, die FASTQ Dateien werden für jedes Projekt mitgeliefert.

Werden Plasmide nochmals sequenziert, wenn kein Ergebnis erzielt wird?

Für jeden Lauf führen wir mehrere Qualitätskontrollmessungen durch, um den Erfolg der Bibliotheksvorbereitung und Sequenzierung zu bewerten. Wenn alle Messungen zufriedenstellende Ergebnisse zeigen, werden wir Proben, die fehlgeschlagen sind, nicht erneut bearbeiten.

Was ist die Lieferzeit für "Whole Plasmid Sequencing"?

Wir sequenzieren die Plasmide typischerweise innerhalb eines Arbeitstages.

 

Für Plasmide > 25 kb kann die Lieferzeit bis zu 5 Arbeitstage betragen.

Wie sollen die Fehler bewertet werden, die ich einer Homopolymeregion oder an einer Dam- oder Dcm-Methylierungsstelle entdeckt habe?

Die vorherrschenden Fehlermodi beim Oxford Nanopore-Sequenzieren umfassen Deletionen innerhalb von Homopolymer-Bereichen, Fehler, die an der zentralen Position der Dcm-Methylierungsstelle CCTGG oder CCAGG auftreten, sowie Fehler an der Dam-Methylierungsstelle GATC.

Bitte behandeln Sie diese Regionen daher besonders sorgfältig.

Kann ich auch ssDNA Moleküle für den Whole Plasmid Sequencing Service schicken?

Nein leider nicht. Unser Protokoll für den Hochdurchsatz von Plasmiden ist nur für doppelsträngige DNA ausgelegt.

 

Aber natürlich haben wir ein weiteres Produkt das jegliche kundenspezifische Anpassung zulässt. Hier erfahren sie mehr >>

Sind Kontaminationen zwischen Proben möglich (Index-Hopping oder Carry-over-Kontamination)?

  • Um unser wettbewerbsfähiges Produkt anbieten zu können, bündeln wir verschiedene Proben in Flowcell-Läufen und verwenden Flowcells nach dem Waschen zwischen den Läufen erneut. Beide Verfahren sind Industriestandard und werden gemäß den Spezifikationen des Herstellers durchgeführt. 
  • Durch das Barcode-Tagging und Pooling von Proben auf einer einzelnen Flowcell werden die Kosten gesenkt und die Nutzungseffizienz der Poren maximiert. Allerdings hat die Nanopore-Sequenzierung eine höhere Fehlerquote im Vergleich zur „traditionellen“ Next-Generation-Sequenzierung mit kurzen Reads, was zu Fehlinterpretationen in der Barcode-Sequenz und falscher Probenzusweisung/de-Multiplexierung mit einer Rate von bis zu 0,05% führen kann. Dieses Problem ist als Index-Hopping bekannt.
  • Das Flowcell-Waschverfahren ist sehr effektiv, wobei nur bis zu 0,1% einer zuvor geladenen Probe eine nachfolgende Laufkontamination verursachen (bekannt als Carry-over-Kontamination), dennoch können einzelne kontaminierende Reads in Ihren Rohdaten auftreten.
  • Es ist jedoch wichtig zu beachten, dass bei sowohl Index-Hopping als auch Carry-over eine Kontamination dieses Niveaus die endgültige Sequenzassemblierung wahrscheinlich nicht beeinflusst, da mehrere fein abgestimmte Reinigungs- und Filterungsschritte angewendet werden, vorausgesetzt, Ihre Probe erfüllt unsere Qualitäts- und Quantitätsstandards und liefert daher eine ausreichende Anzahl an qualitativ hochwertigen Plasmid-Reads. Es ist wichtig zu beachten, dass das Problem bei Assemblierungen mit geringer Abdeckung am auffälligsten ist (siehe ‚Was ist die Abdeckung?‘).
  • Falls Kundenproben nicht unseren Spezifikationen entsprechen, werden die Proben auf eigenes Risiko des Kunden sequenziert, und wir übernehmen keine Haftung für mögliche Schäden.
  • Wenn Sie Bedenken bezüglich Kontaminationen haben und insbesondere darüber, dass Reads Ihrer Proben in den Rohdaten anderer Kunden erscheinen, bieten wir die Möglichkeit, unsere Premium-ONT-Dienste zu nutzen, die die Verwendung einer dedizierten vollständigen Flowcell für einzelne Kunden beinhalten (mehr erfahren >>).

 

 

Wie soll ich mein Plasmid aufreinigen?

Wir empfehlen für die Aufreiniung Ihrere Plasmide kommerziell erhältliche Kits zu verwenden. Hier sind sowohl Kits die auf DNA-bindenden Beads, Säulen oder enzymatische Aufreinigung beruhren möglich.

Bitte schicken sie KEINE Primer mit Ihren Proben und es dürfen auch keine Primer in der Probe selbst enthalten sein.

 

Hier ein paar Beispiel Kits: 

VWR Plasmid Miniprep Kit II

QIAGEN Plasmid Plus Midi Kit 

peqGOLD Plasmid Miniprep Kit II 

ZymoPURE II Pure Midiprep Kit 

 

Für sehr große Plasmide müssen andere Kits verwendet werden. Zum Beispiel ZymoPUREII oder NucleoBond.

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