NGSelect Amplikon

NGSelect Amplicons

"Short Read" Amplikon-Sequenzierung mittels Illumina.

Die Short-Read-Amplikon-Sequenzierung ist ein speziell entwickelter Service für Wissenschaftler, die NGS an klonalen oder komplexen PCR-Produkten unter Verwendung von Illuminas MiSeq oder NovaSeq durchführen möchten. Ein komplexes Amplikon ist ein PCR-Produkt, das durch hohe genetische Variabilität, strukturelle Variationen oder gemischte Populationen gekennzeichnet ist, wie sie in somatischen Allelen oder 16S rRNA-Studien vorkommen. Dies macht die Sequenzierung und Analyse anspruchsvoller.

Nutzen Sie die günstigen Preise, indem Sie die Sequenzierungskosten mit Inline-Tags für eine zweite Multiplexing-Ebene senken, oder wählen Sie kleinere Datenpakete für mehr Flexibilität.

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Besonderheiten

Entwickelt, um komplexe Amplicon-Mischungen aufzulösen
Qualitätskontrollbewertung
Flexible Datenpakete, beginnend bei 60k Read-Paaren bis hin zu kompletten Flow Cells
Multiplexing-Flexibilität ermöglicht kostengünstigere Analysen
Dienstleistungen werden in ISO17025-zertifizierten Laboren durchgeführt
Breites Spektrum an bioinformatischen Dienstleistungen & interaktiven Analyseberichten
Datenübertragung via sicherem FTP

Überblick

Größe	150 – 270 bp	280 – 570 bp
Datenpaket	5M Read-Paare	60k Read-Paare*
Sequenzierungstechnologie	NovaSeq, 150 PE	MiSeq, 2x300bp
Qualitätskontrolle	Ja, Mengen- und Größenkontrolle	Ja, Mengenkontrolle
TruSeq Adaptersequenz**	Nein	Ja Primer-Design- und Bestelltool verfügbar unter: NGSgrade Oligos für MiSeq (eurofinsgenomics.eu)
Inline-Tags**	Bis zu 192 Inline-Tags pro Probe: Entworfen von unserem Bestelltool NGS Adapter Ligation Oligos (eurofinsgenomics.eu)	Nein
Eingangsmaterial	25 µL gereinigte PCR-Produkte, Qubit-quantifiziert (> 4 ng/µl)	25 µL gereinigte PCR-Produkte, Qubit-quantifiziert (> 1 ng/µl)

*Sequenzierungsoptionen für vollständige MiSeq-Flow Cells sind auch im 2x250 bp- und 2x300 bp-Sequenzierungsmodus verfügbar. Bitte wenden Sie sich an unser Kundenserviceteam.

** Bitte beachten Sie die unten stehenden Spezifikationen

Anwendung & Dienstleistungen

Amplicon-Größe	150-270 bp	280-570 bp
Anwendung	CRISPR-Check-Analyse 16S-Mikrobiom-Analyse Einzigartige Sequenzanalyse Konsensus-Sequenzanalyse Variantenanalyse – Keimbahn Variantenanalyse - Somatisch	CRISPR-Check-Analyse 16S-Mikrobiom-Analyse Einzigartige Sequenzanalyse Konsensus-Sequenzanalyse Variantenanalyse - Keimbahn
Anwendung	Trimmen & Zusammenfügen Inline-Tag-Sortierung Sequenzbereinigung Wirtsentfernung	Trimmen & Zusammenfügen Sequenzbereinigung Wirtsentfernung

Spezifikationen

A. NGSelect Amplicons auf NovaSeq (150 - 270 bp)

Sequenzieren Sie Ihre 150-270 bp langen Amplikons und profitieren Sie von der Möglichkeit, bis zu 192 Amplikons in einer einzigen Probe mithilfe von Inline-Tags zu bündeln. Stellen Sie einfach Ihre Amplikons mit oder ohne Inline-Tags zur Verfügung, aber vermeiden Sie bitte jegliche TruSeq- oder Nextera-Adaptersequenzen.

Sie sind unsicher, wie Sie die Inline-Tag-Sequenzen hinzufügen können? Sie können Ihre Primer hier bestellen: NGS Adapter Ligation Oligos. Die Tags werden dort hinzugefügt. Stellen Sie sicher, dass Sie die Informationen zu den Inline-Tags im Probenübermittlungsformular angeben.

Erreichen Sie eine extrem hohe Abdeckung, ideal zur Entdeckung somatischer Mutationen in komplexen DNA-Proben. Unsere proprietären Protokolle und umfangreiche NGS-Expertise gewährleisten qualitativ hochwertige Daten mit schnellen Lieferzeiten.

Sie können zwischen mehrfach garantierten 5-Mio.-Read-Pair-Paketen für NovaSeq (2 x 150 bp) (+/-5%) wählen.

Ausgangsmaterial

Amplikon-Größe: 150 - 270 bp
Probentyp: Gereinigte PCR-Produkte
Reinheit (OD260/280): 1,8-2,0
Volumen: 25 µL
Konzentration: >4 ng/µl
Mindestmenge: 100 ng
Resuspensionspuffer: Wasser, EB oder niedriges TE (<0,1 mM EDTA)
Format: Barcode-beschriftete 1,5 ml Safe-Lock-Tubes
Versandmethode: Raumtemperatur/Eis/Trockeneis

B. Amplicons auf MiSeq (280 - 570 bp)

Sequenzieren Sie Ihre 280-570 bp langen Amplikons und nutzen Sie unsere kleinen Lese-Pakete. Stellen Sie einfach Ihre Amplikons mit TruSeq-Adaptersequenzen zur Verfügung, und wir kümmern uns um den Rest.

Die Adapter-Sequenzen sind:

Forward: 5’-ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT-3’;

Reverse: 5’-GACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCT-3’

Sie sind unsicher, wie Sie diese Sequenzen hinzufügen können? Verwenden Sie unsere Primer-Bestell-Seite: NGSgrade Oligos for MiSeq (eurofinsgenomics.eu).

Unsere Dienstleistungen umfassen das Indexieren aller Proben und die Sequenzierung auf der MiSeq-Plattform. Sie können zwischen garantiertem 60k Lese-Paar-Datenausgang (+/- 3%) sowie vollständigen MiSeq-Läufen (2 x 300 bp oder 2 x 250 bp) wählen.

Ausgangsmaterial

Amplikon-Größe (ohne die universellen Adapter): 280 - 570 bp
Probentyp: Gereinigte PCR-Produkte
Reinheit (OD260/280): 1,8-2,0
Volumen: 25 µL
Konzentration: >1 ng/µl
Mindestmenge: 25 ng
Resuspensionspuffer: Wasser, EB oder niedriges TE (<0,1 mM EDTA)
Format: Barcode-beschriftete 1,5 ml Safe-Lock-Tubes oder für >48 Proben eine Eppendorf "twin tec" PCR Platte 96 (full-skirted), bitte G2 & H12 freilassen
Versandmethode: Raumtemperatur/Eis/Trockeneis

Lieferumfang

Rohdaten als FASTQ-Dateien
Anpassbare Datenanalysepakete sind in unserem Bestellformular verfügbar, z.B. Variantenanalyse VCF-Datei

Probenvorbereitung und Versand

Eurofins akzeptiert gereinigte Amplicons. Für detaillierte Anforderungen zur Probenübermittlung besuchen Sie bitte unsere Richtlinien zur Probenübermittlung.

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