Virus Sequenzierung

Ganz gleich, ob Sie mit RNA- oder DNA-Viren arbeiten – wir bieten die ideale NGS-Lösung, die auf Ihre Anforderungen zugeschnitten ist.

Virus-Sequenzierung ist Ihr zuverlässiges Produkt für:

Präzise Identifikation von Virusvarianten
Zuverlässige Sequenzierung bekannter und unbekannter Viren
Metagenomische Analyse zur Erkennung von Virusmischungen oder unerwarteten Erregern

Erhalten Sie hochauflösende Einblicke in Ihre Virusproben – mit Genauigkeit, Sensitivität und Vertrauen.

Anwendungen & Services

Identifikation genetischer Variationen wie Einzelbasenmutationen, Insertionen und Deletionen
Profiling viraler Gemeinschaften und Monitoring von Ausbrüchen
Unser Standard-Service zur Variantenanalyse umfasst die Detektion und Annotation von Keimbahn-SNPs, InDels und weiteren Mutationen
Optionale rRNA-Depletion zur gezielten Anreicherung von RNA-Viren
Für die optionale DNA- oder RNA-Isolation nutzen Sie bitte unseren Leitfaden zur Probenvorbereitung
Proben mit Biosicherheitslevel höher als S2 werden nicht akzeptiert. GVOs nur mit Level S1
Durchführung in ISO17025-zertifizierten Laboren in Europa Sichere
Datenübertragung via FTP

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Qualitätskontrolle der DNA-Menge wird durchgeführt; bei RNA erfolgt zusätzlich eine Prüfung der RNA-Integrität
Illumina-kompatible Bibliotheksvorbereitung für DNA oder RNA unter Verwendung der Unique Dual Indexing
Technology (Illumina NovaSeq)
Sequenziermodus: Paired-End
Lese-Länge: 2 × 150 bp Flexible
Lese-Pakete: in Vielfachen von 5 Millionen Read-Pairs verfügbar

DNA Viren:

Probentyp: Gereinigte DNA (RNA-frei) 
Minidestmenge: 200 ng, FFPE 400 ng 
Volumen: bis zu 200 µL 
Konzentration: >2.5 ng/µl 
Reinheit (OD260/280): 1.8-2.0 
Resuspensionspuffer: Wasser, EB, oder low TE
Format:
- Röhrchen: Barcodierte 1.5 ml safe-lock tubes Eppendorf safe-lock tubes;
- Platten ab > 48 Proben in Eppendorf twin.tec PCR Plate 96, full-skirted, bitte Position G12 & H12 frei lassen
Versandmethode: Raumtemperatur

RNA Viren:

Probentyp: Gesamt-RNA (DNA-frei)  
Reinheit (OD260/280): 1.8-2.2  
Empfohlener RIN: ≥8.0  
Resuspensionspuffer: Nuklease-freies Wasser oder Tris-HCL Puffer (pH 7.5 bis pH 8.0) 
Format:
- Röhrchen: Barcodierte 1.5 ml safe-lock tubes Eppendorf safe-lock tubes;
- Platten ab > 48 Proben in Eppendorf twin.tec PCR Plate 96, full-skirted, bitte Position G12 & H12 frei lassen
Versandmethose: Trockeneis. Kontaktieren Sie uns, falls Sie RNA Stabilisierungs-Röhrchen für den Versand bei Raumtemperatur verwenden möchten.

RNA Anreicherung	Ziel-RNA	Minidestmenge	Volumen	Konzentration
keine	Gesamt RNA	20 ng	10 – 20 µl	2 – 20 ng/µl
rRNA Depletion	mRNA + lncRNA	375 ng	10 – 20 µl	37.5 – 200 ng/µl
globin + rRNA Depletion	mRNA + lncRNA (blood)	500 ng	10 – 20 µl	50 – 400 ng/µl

Datenbereitstellung & bioinformatische Analyse

Rohdaten als FASTQ Dateien (.fastq.gz) 
Zusätzliche Daten für die optionale Bioinformatik, wie zBsp Variantenanalyse: 
- Alignment Datei (.bam) 
- SNP und InDel Tabellen inklusive der annotierten Varianten und Effekte (.vcf, .tsv, .bed) 
- Umfangreicher Analysebericht