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Klonale Amplikonsequenzierung

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Lineare / Klonale Amplikon-Sequenzierung schnell & günstig.


Die Long-Read-Klonal-/Lineare-Amplikon-Sequenzierung ist ein speziell entwickelter Service für Wissenschaftler, die eine Voll-Längen-Sequenzierung und Annotation von klonalen, linearen, doppelsträngigen DNA-Molekülen mit einer Länge von 500 bp - 25 kb unter Verwendung von Oxford Nanopore Technologies durchführen möchten. Ein klonales Amplicon ist ein PCR-Produkt, das von einem einzelnen DNA- oder cDNA-Template-Molekül oder einer genetisch identischen Gruppe von Molekülen stammt. Das PCR-Amplicon sollte ein spezifisches Amplikon-Produkt sein, d.h. eine einzelne Bande auf einem Agarose-Gel oder ein ähnliches QC-Ergebnis. Für nicht-klonale Amplicons (z.B. unspezifische PCR-Reaktionen oder Mischungen) empfehlen wir stattdessen die Einreichung bei unserem Custom Long-Read Amplicon Sequencing Service.

Nutzen Sie die extrem niedrigen Preise von 15€ pro Probe und die außergewöhnlich schnelle Bearbeitungszeit von 1-3 Tagen.

 

 

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Anwendungen

 

  • Klonale Volllängen Amplikonsequenzierung
  • Amplikon-Assemblierung, Amplikon-Karte & Kontrolle auf Reinheit des klonalen Amplikons
  • Sequenzierung von GC-reichen oder Hairpin-Regionen

Spezifikationen

 

  • Amplikon-Größe: 500 bp- 25 kb
  • Kostenloser Probenversand über unsere Dropboxen möglich
  • Prepaid Option ist vorhanden
  • Bibliotheken Herstellung (Amplifikations-frei, nur minimale Fragmentierung); mittels v14 "library prep" Chemie
  • Sequenzierung mittels Oxford Nanopore GridION (flow cell R10.4.1)
  • Rohdaten zur Erstellung einer hochpräzisen linearen Konsensussequenz
  • Bioinformatische Analyse inkludiert
  • Nicht geeignet für ssDNA
 

 

>> FAQ's Klonale amplikons

>> Trouble- shooting

>> Einlösen der coupons

>> Sequenzier- Accessories

 

 

 

 

Produktspezifikationen & Bestellung

 

 

Lieferumfang

Lieferumfang

 

  • Datenanalysebericht im HTML-Format
  • Amplicon-Assembly (FASTQ- und FASTA-Format) & Amplicon-Feature-Karte
  • Klonale Reinheitsprüfung des Amplicons; Basisgenaue Qualitätsbewertung mit Vertrauensscore
  • Annotierte Amplicon-Sequenz im GENBANK-Format
  • Annotierte Feature-Tabelle, einschließlich der Nukleotidsequenz jeder Funktion
  • Qualitätskontrolle der Sequenzierdaten

Ihre Daten werden sicher über Ihr Ecom-Konto bereitgestellt.

 

Keine Auslieferung der Pod5 und FASTQ Dateien, die nicht zur Konsensus zuzuordnen sind.

Falls Sie die Pod5 oder auch FASTQ Dateien benötigen, die nicht der Konsensus-Sequenz zugeordnet werden können, dann kontaktieren Sie uns bitte bezüglich unseres Premium-Services.

 

 

Ausgangsmaterial

Ausgangsmaterial

 

  • Amplicon-Größe: 500 bp - 25 kb
  • Probentyp: gereinigte PCR-Produkte
  • Reinheit (OD260/280): 1,8-2,0
  • Volumen: 20 µL
  • Konzentration: 30 ng/µl
  • Mindestmenge: 600 ng
  • Resuspensionspuffer: Wasser, EB oder niedriges TE (<0,1 mM EDTA)
  • Format: Barcode-beschriftete 1,5 ml Safe-Lock-Tubes
  • Versandmethode: Raumtemperatur

 

Probenvorbereitung und -Versand


Bitte liefern Sie uns Ihre Proben in Konzentration und Volumen wie folgt:

Konzentration: 30 ng/µl*

Volumen: 20 µl

Amplikonlänge: 0.5 - 25 kb

 

 
Bitte senden Sie uns Ihre Proben wie unten beschrieben:

  • Verwenden Sie 1,5ml „Safe Lock“-Tubes für Ihre Plasmide
  • Als Puffer für Ihre Proben verwenden Sie bitte Nuklease-freies Wasser oder Elutionspuffer (10 mM Tris, pH 8.5)
  • Bitte verwenden Sie keine spektrophotometrische Methode für die Quantifizierung (zBsp Nanodrop). Die Werte schwanken zu stark. Bitte verwenden Sie stattdessen eine fluormetrische Methode, wie zum Beispiel Qubit. Nur so kann eine gute Datenqualität am Ende sichergestellt werden.
  • Verkleben oder umwickeln Sie Ihre Tubes nicht mit Parafilm. „Safe Lock“-Tubes sind viel besser geeignet, denn sie schließen perfekt ab und schützen vor Verdunstung
  • Etikettieren Sie Ihre Proben mit unseren kostenfreien Barcode Labels. Bringen Sie das Etikett horizontal an

 

Wie und wohin Sie Ihre Proben versenden:

  • Nutzen Sie entweder eine DropBox in Ihrer Nähe zur kostenlosen Probenabholung oder einen Kurierdienst Ihrer Wahl
  • Für den Versand Ihrer Proben können Sie bequem eine unserer Versandoptionen nutzen
  • Um Ihre Proben sicher an uns zu senden, nutzen Sie unsere "Sample Paper Boxes" oder "Tube Bags"
  • Senden Sie Ihre Proben an unser Eurofins Genomics Sequenzierungslabor in Köln, Deutschland

 

 

 

 

*Proben die von unseren Konzentrationsanforderungen abweichen können dazu führen das kein Ergebnis erstellt werden kann. Es erfolgt keine Wiederholung der Probe bei falscher Konzentrations-Einstellung.

 

 

Literatur

 

Demo report für klonale Amplikon-Sequenzierung

Sie erhalten einen Demo-PDF-Bericht, aber Ihr umfassender Analysebericht wird im interaktiven HTML-Format vorliegen.

Eurofins Zertifikat als ONT Service Provider

Probenversand-Richtlinien PDF

 

 

 

 

 

 

 

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