Häufig gestellte Fragen zu Produkten und Dienstleistungen

Unter den unten aufgeführten Bedingungenkönnen auch nur verkürzte Prüfberichte erstellt werden.

Betrifft: Vereinfachte Prüfberichte nach DIN EN ISO 170252018, (Abschnitt 7.8)

Prüflabore (Akkreditierung):  Eurofins Genomics Europe Applied Genomics GmbH (D-PL-13372, ) Eurofins Genomics Europe Sequencing GmbH (D-PL-17038)

Für akkreditierte Prüfungen bei diesen beiden Gesellschaften  werden Prüfergebnisse ggf. nur  vereinfacht berichtet, d.h. Anforderungen der Norm DIN EN ISO 17025:2018 (Abschnitt 7.8) sind für diese Art der Ergebnisübermittlung  nicht vollumfänglich  zutreffend.

Bei diesen Prüfungen können die Ergebnisse daher auch als Kurzprüfberichte, elektronisch erzeugten Result reports, Exceltabellen oder nur als Ergebnisdateien berichtet werden.

Bei Fragen dazu wenden Sie sich bitte an das Customer Care Team.

Alle Rohdaten (FAST-Q Dateien) sowie die analysierten und assemblierten Daten können über Ihr sicheres Online-Konto heruntergeladen werden. Beispieldaten der De novo-Assemblierung von E. coli DH1 können in der Sektion "Dateien" eingesehen werden. 

Bitte senden Sie aufgereinigte DNA/RNA bzw. Amplikons in 1,5 ml SnapCap Tubes (ohne Parafilm). Und kleben Sie den kostenfreien NGS Barcode quer auf das Tube.

Ab 92 Proben können Sie diese auch gerne in Platten schicken. Bitte verwenden Sie hierfür "Full-Skirted" PCR Platten (zBsp von Eppendorf oder Twin).

Für mehr Informationen und den Probenversand für Extraktionsproben lesen Sie auch unseren Sample Submission Guide.

(Im Bild werden Prepaid Sanger Barcodes verwendet, aber der Ablauf ist für die kostenfreien NGS Barcodes (blau) derselbe)

Eurofins Genomics Europe Pharma and Diagnostics Products & Services Sanger/PCR GmbH
Jakob-Stadler-Platz 7
78467 Konstanz
Germany

Die Lizenz gewährt Ihnen einen sechsmonatigen Erstzugriff auf die Analysesoftware. Nach Ablauf dieses Zeitraums haben Sie die Möglichkeit, die Lizenz zu erneuern; die Erneuerung kann jedoch nur offline erworben werden. Bitte sprechen Sie uns an!

Alle Rohdaten (FAST-Q Dateien) sowie die analysierten Daten können über Ihr gesichertes Konto heruntergeladen werden. 

Die Häufigkeit von PCR-Duplikaten ist direkt mit Qualität und Menge des Ausgangsmaterials korreliert. Die Library-Erstellung mit weniger als der empfohlenen Menge an DNA erfordert zusätzliche PCR-Zyklen, damit genügend Material zum Beladen des Sequenziergeräts erzeugt wird. Die Häufigkeit von PCR-Duplikaten hängt daher von der Probe ab und kann von GATC Biotech nicht beeinflusst werden. 
Duplikate sind aus der Berechnung der durchschnittlichen zielgerichteten Abdeckung nicht ausgeschlossen. Gemäß unserer Erfahrung mit der Sequenzierung humaner Proben erzielen wir für qualitativ hochwertige DNA in der Regel PCR-Duplikatraten von ca. 5 %. 
 
Wenn weitere bioinformatische Analysen (z. B. SNP-Identifizierung) in Auftrag gegeben werden, dann wird nur eine Kopie des doppelten Read-Paares im Alignment behalten. Der Rest wird zur Vermeidung eines Bias aus der weiteren Analyse ausgenommen.

Für optimale Ergebnisse benötigen wir mindestens 100 ng aufgereinigte RNA-freie Doppelstrang-DNA mit hohem Molekulargewicht (Konzentration ≥ 1 ng/µl; OD 260/280 ≥ 1,8; OD 260/230 ≥ 2,0). Für DNA von FFPE-Proben benötigen wir mindestens 200 ng DNA. 

Eine Kontamination durch DNA von anderen Spezies (> 3 %, insbesondere von nah verwandten Spezies) könnte die Anreicherung der humanen DNA stören und reduziert zudem die Gesamtmenge an humaner DNA in der gesendeten Probe. Akzeptiert wird in der Regel amplifizierte Gesamtgenom (WGA)-DNA oder DNA aus archiviertem Gewebe, wie beispielsweise Formalin-fixierte, Paraffin-eingebettete (FFPE) Proben. Wenden Sie sich an uns, wenn Sie Einzelheiten wissen möchten. 

Die Fragmentierung genomischer DNA nach dem Agilent SureSelectXT-Protokoll und die darauffolgende Weiterverarbeitung ergeben eine Normalverteilung von DNA-Fragmenten mit unterschiedlichen Längen. Ein kleiner Prozentsatz der entstandenen Library-Fragmente haben eine Insert-Größe von weniger als 250 bp. Die Sequenzierung dieser Library-Fragmente mit Paired-End-Reads von 150 bp erzeugt teilweise überlappende Reads, welche die gleichen Basen abdecken; somit entsteht eine künstliche Verdoppelung der Abdeckung an diesen Stellen. Zur Gewährleistung präziser Analysen werden diese Basen aus weiteren Analysen (z. B. Erkennung von Einzelnukleotid-Varianten und Insertionen/Deletionen) ausgeschlossen. Darüber hinaus werden die Protokolle bei Eurofins Genomics fortlaufend mit dem Ziel optimiert, die Anzahl an überlappenden Basen auf ein Minimum zu reduzieren.

Bei der Sequenzierung von humanen Proben im Paired-End-Modus (150 bp) erzielt Eurofins Genomics in der Regel über 80 % Basecalls mit einem Qualitätswert von mehr als Q30 (> 99,9 % Genauigkeit). 

Für Proben, die die erste Qualitätskontrolle bei Eurofins Genomics erfolgreich bestanden haben, garantieren wir Ihnen den Ziel-Output, den Sie bestellt haben. Die durchschnittliche zielgenaue Abdeckung wird berechnet als Summe der kartierten Basen in jeder Zielposition dividiert durch die Anzahl der Basen in der Zielregion (Zielbasen / Größe der Zielregion).

Die Zielregion entspricht den Bait-Koordinaten des SureSelectHuman All Exon V6 Kits von Agilent: ca. 60 Mbp der exonischen Basen (> 93 % der Ziele werden mit > 20x, 90 % der Gene werden vollständig abgedeckt – alle Exons – 10 % der Gene werden teilweise abgedeckt).

Auf Grund der unterschiedlichen Effizienz der zur Anreicherung verwendeten Baits (z. B. GC/AT-Gehalt) werden Zielregionen unterschiedlich abgedeckt und die Reichweite und Einheitlichkeit der Abdeckung schwanken innerhalb der Zielregion. Eurofins Genomics wendet das neueste Human All Exon Kit-Design (V6) von Agilent an, das verbesserte Design-Algorithmen aufweist und somit schwierige Regionen besser erfassen und eine hervorragende Einheitlichkeit der Abdeckung bieten kann.

Qualität und Quantität jeder eingehenden Probe werden mit entsprechenden Methoden bestimmt. Weitere Qualitätskontrollen erfolgen bei verschiedenen Schritten des Prozesses.

Eurofins Genomics Europe Pharma and Diagnostics Products & Services Sanger/PCR GmbH
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Bitte senden Sie aufgereinigte DNA/RNA bzw. Amplikons in 1,5 ml SnapCap Tubes (ohne Parafilm). Und kleben Sie den kostenfreien NGS Barcode quer auf das Tube.

Ab 92 Proben können Sie diese auch gerne in Platten schicken. Bitte verwenden Sie hierfür "Full-Skirted" PCR Platten (zBsp von Eppendorf oder Twin).

Für mehr Informationen und den Probenversand für Extraktionsproben lesen Sie auch unseren Sample Submission Guide.

(Im Bild werden Prepaid Sanger Barcodes verwendet, aber der Ablauf ist für die kostenfreien NGS Barcodes (blau) derselbe)

Für das INVIEW Liquid Biopsy Oncoprofiling akzeptieren wir frisches Blut (muss in BCT-Röhrchen mit einem stabilisierenden, für die cfDNA-Isolation bestimmten Puffer zur Verfügung gestellt werden) oder alternativ frische oder aufbewahrte Plasmaproben, sowie bereits isolierte zellfreie DNA. Weiteres entnehmen Sie bitte unserem Informationsblatt zur Probenvorbereitung. Die cfDNA wird aus Blutplasma extrahiert. 
Bei Ausgangsmaterial wie DNA, die aus FFPE-Proben und frisch eingefrorenen Gewebeproben isoliert wurde, sehen Sie sich bitte unser Produkt für die Charakterisierung fester Tumorproben an: INVIEW Oncoprofiling.

Die interessierenden Gene werden unter Verwendung firmeneigener Eurofins-Protokolle mit der hochmodernen Hybridisierungstechnologie SureSelect von Agilent angereichert. Das Zielregionen-Anreicherungssystem erfasst genomische Zielregionen mit Hilfe von langen 120 nt-RNA-Baits. Mit Hilfe der auf Hybridisierung basierenden Strategie können PCR-Duplikationen im Assay leicht abgezogen werden. Das Eurofins-eigene Protokoll ermöglicht die Erstellung von hochkomplexen Bibliotheken, eine tiefgreifende Abdeckung der interessierenden Regionen sowie eine verbesserte Einheitlichkeit der Sequenz. Im Anschluss an die Anreicherung der Zielregionen wird eine Next Generation Sequenzierung der Bibliothek durchgeführt.

Das Produkt sucht die Exons von etwa 728 Genomregionen ab, die an der Entstehung von Krebs beteiligt sind. Dadurch wird eine extrem hohe Anzahl von möglichen Mutationen abgedeckt und analysiert. Zu den erkannten genomischen Aberrationen zählen SNPs, InDels, und CNVs.

Die Erkennung von SNP und InDel hat eine technische Empfindlichkeit von bis zu 1 %.

Die Qualität und Quantität jeder Probe werden bei Eingang der Probe oder nach der DNA-Extraktion bestimmt. Weitere Qualitätskontrollen erfolgen bei verschiedenen Schritten des Prozesses.

Alle drei Tests können bei Flüssigbiopsieproben (cfDNA) zum Einsatz kommen. Die drei Produkte dienen als leistungsstarkes, nichtinvasives Tool für die Krebsprofilierung.

INVIEW Liquid Biopsy Oncoexome ist der erste kommerziell erhältliche Service für die Gesamtexom-Sequenzierung (WES) von cfDNA. Mit diesem Service erhalten Sie ein umfassendes Profil aller Mutationen in den proteinkodierenden Bereichen des Exoms. Dieses Produkt eignet sich für einen eingehenden Blick auf das Exom eines Krebspatienten in Fällen, in denen nur begrenzte Informationen über klinisch relevante Mutationen zur Verfügung stehen.

INVIEW Liquid Biopsy Oncoprofiling ist ein umfassendes NGS-Krebspanel zur Charakterisierung wichtiger tumorspezifischer Mutationen, die bei fast allen Krebsarten eine Rolle spielen. Mittels SureSelect von Agilent und einem optimierten GATC-Protokoll zielt dieses Panel auf 600 bekannte Krebsgene einschließlich Tumorsuppressoren, Hotspots und Resistenz-Markern. Das Panel verfügt über eine optimierte Sequenzabdeckung und Gleichförmigkeit mit einer Sensitivität von 1 %.

Das Produkt steht nur für Forschungszwecke zur Verfügung. Alle Proben werden in Erfüllung der ISO 17025:2005-Akkreditierung verarbeitet.

Auch bei Einreichung von Kontrollproben (Plasmaproben von mindestens sieben andere Patienten/Personen) kann die Methode der CNV-Analyse Einschränkungen unterliegen. Sensitivität und Spezifität des Assays hängen vom Ausmaß der vorhandenen CNV sowie vom Tumoranteil ab.

Die Heterogenität eines Tumors kann eine korrekte Identifizierung aller relevanten Kopienzahlvariationen in einer gegebenen Plasmaprobe erschweren. Darüber hinaus könnte eine übermäßige Verunreinigung mit DNA aus normalen Zellen zu Unterschieden bezüglich der Abdeckung führen, die selbst bei den hochsensitiven Methoden von Eurofins Genomics zu klein sind, um nachgewiesen zu werden.

Alle Ergebnisse (FAST-Q Dateien und analysierte Daten) können über Ihren sicheren Online-Account heruntergeladen werden.

Wie empfehlen, dass die Blutprobe innerhalb von 24 Stunden nach der Entnahme an Eurofins Genomics versandt wird. Die Probe muss in Blutentnahmeröhrchen von BCT Streck gelagert werden. Lagerung und Auslieferung von Blutproben müssen bei Raumtemperatur erfolgen. Plasmaproben müssen auf Trockeneis verschickt werden.

Eurofins Genomics Europe Pharma and Diagnostics Products & Services Sanger/PCR GmbH
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Für INVIEW Oncoprofiling (728 genes) akzeptieren wir frisch eingefrorene Proben sowie FFPE-Proben (Gewebe und Blut) und genomische DNA.
Für die Flüssigbiopsie-Analyse von aus Blutplasma isolierter zellfreier DNA (cfDNA) sehen Sie sich bitte unser Produkt INVIEW Liquid Biopsy Oncoprofiling (728 genes) an.

Die interessierenden Gene werden unter Verwendung firmeneigener Eurofins-Protokolle angereichert. Die Anreicherung der Zielregionen übertrifft die Ergebnisse, die auf der üblichen PCR-basierten Anreicherung erfolgen, dank der gleichmäßigen Abdeckung aller Exone der verschiedenen Gene. Die bewährte Methode zur Anreicherung von Zielregionen wurde von Eurofins optimiert: Mit ihr können hochkomplexe Bibliotheken aus geringsten DNA- Konzentrationen entwickelt werden und sie ergibt eine tiefgreifende und einheitliche Abdeckung. Im Anschluss an die Erfassung der Zielregionen wird eine Next Generation Sequenzierung der Bibliothek durchgeführt.

Der Service deckt die gesamten Exons von etwa 600 krebsrelevanten Genomregionen vollständig ab, einschließlich proteinkodierender Gene, ausgewählter Promotorregionen, miRNAs, und extra-exonische Varianten. Neben SNPs und InDels kann das Produkt auch CNVs erkennen.

• TMB is definiert als die Anzahl der somatischen, kodierenden, Basenaustausch- und InDel-Mutationen pro Megabase des kontrollierten Genoms.
  Alle Basenaustauschmutationen und InDels in der kodierenden Region der Zielgene, inklusive der gleichbedeutenden Mutationen, werden zu Beginn gezählt. Anschließend werden wie unten beschrieben verschiedene Filter angewendet
• Die folgenden Mutationen werden bei der TMB Berechnung in silico ausgeschlossen:
  • bekannte somatische Mutationen in COSMIC und ClinVar
  • Mutationen mit geringer statistischer Sicherheit
  • Bekannte Keimbahnvarianten aus der ExAC (gnomAD) Datenbank
  • Mutationen die mittels dem Somatisch-Keimbahn-Zgyotie Algorithmus als somatisch eingestuft werden
  • Mutationen in Tumor-Suppressor Genen aufgrund der INVIEW Oncopanel All-in-One Ausrichtung auf Krebsmutationen, die Auswirkungen haben und dem möglichen Bias des Panel-Designs
• Um den TMB pro Megabase zu berechnen wird die Gesamtzahl der gefundenen Mutationen anhand der Größe kodierenden Region in der Zielregion (in Megabasen) normalisiert (Mutationen pro Megabase, mut/Mb). Aufgrund der fehlenden Standardisierung in der TMB Quantifizierung können wir 3 Werte zur Verfügung stellen
  • Nicht-gleichbedeutende Mutationen
  • Nicht-gleichbedeutende Mutationen und zusätzlich InDels
  • Inklusive aller Mutationen

Der Goldstandard für die TMB Bestimmung ist klar die "Whole-Exome" Sequenzierung (WES). Spezialisierte Panel wie das INVIEW Oncoprofiling wurde aber in aufwändigen Studien auf die Verwendbarkeit für die TMB Bestimmung untersucht, da die Sequenzierkosten deutlich güngstiger und die Sensitivität deutlich höher ist.

Neueste Ergebnisse zeigen, dass Panels mit einer Größe von > 1.5 Mbp ausreichend geeignet sind um den TMB zu Bestimmung eine eine starken Übereinstimmung zu WES (Buchhalter et al. 2019, Int J Cancer 144:848–858).

Darüber hinaus liefert das INVIEW Oncoprofiling mit seiner Größe von 3 Mbp eine viel genauere TMB Bestimmung als kleinere Panels.

Die Erkennung von SNP und InDel hat eine technische Empfindlichkeit von bis zu 1 %.

Die Qualität und Quantität jeder Probe werden bei Eingang der Probe oder nach der DNA-Extraktion bestimmt. Weitere Qualitätskontrollen erfolgen bei verschiedenen Schritten des Prozesses.

Beide Tests bieten Variantenerkennung für Krebserkrankungen auf Basis eines validierten Onkologie-Panels. Die abgesuchten Gene und Genomveränderungen des Panels sind gleich. Ebenso basieren die verwendeten Techniken bei beiden Produkten auf Hybridisierung zur Anreicherung definierter Genabschnitte sowie auf Next Generation Sequenzierung.
Der Unterschied zwischen den beiden Produkten besteht in deren Ausgangsmaterial. INVIEW Oncoprofiling (728 genes) wird auf herkömmliches Ausgangsmaterial wie z. B. frisch eingefrorene und FFPE-Gewebeproben angewandt, während mit INVIEW Liquid Biopsy Oncoprofiling (728 genes) aus Blutplasmaproben extrahierte cfDNA analysiert wird.

Ja, die beiden Dienste eignen sich bestens für Studien, deren Ziel ein Vergleich der Leistungsfähigkeit herkömmlicher Biopsien gegenüber Flüssigbiopsien ist.

Auch bei Einreichung zusammengehöriger Proben (Tumorgewebe und Normalgewebe oder Blut vom selben Patienten) kann die gekoppelte Analysemethode Einschränkungen unterliegen. Die Varianz der Messungen an dieser einzelnen zugehörigen Referenzprobe wird höher sein als die einer Referenz, die aus mehreren Referenzproben besteht. Dies könnte zu einer geringen Anzahl von (falsch-positiven) CNV-Identifizierungen führen – auch in Fällen, in denen zwei zusammengehörige Proben tatsächlich die identische Kopienzahl haben.

Die Heterogenität eines Tumors kann eine korrekte Identifizierung aller relevanten Kopienzahlvariationen in einer gegebenen Probe erschweren. Auch wenn der Tumor selbst homogen ist, kann eine übermäßige Verunreinigung mit normalen Zellen zu Unterschieden bezüglich der Abdeckung führen, die selbst bei den hochsensitiven Methoden von Eurofins Genomics zu klein sind, um nachgewiesen zu werden.

Das Produkt steht nur für Forschungszwecke zur Verfügung. Der Service wird in einem nach ISO17025:2005 akkreditierten und nach ISO13485:2016 zertifizierten Labor durchgeführt. 

Alle Ergebnisse (FAST-Q Dateien and analysierte Daten) können über Ihr sicheres Online-Account heruntergeladen werden.

Eurofins Genomics Europe Pharma and Diagnostics Products & Services Sanger/PCR GmbH
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Für INVIEW METAGENOME ADVANCE akzeptieren wir aus der klinischen Forschung stammende Proben menschlichen Ursprungs (z. B. Abstriche, Faeces, Lavage). Auf Anfrage können für die Analyse des gesamten Metagenoms viele Arten von Ausgangsmaterialien verwendet werden, wie z. B.:

Lebensmittelproben für die Qualitätskontrolle und Nachweis von Pathogenen im industriellen Umfeld (Molkereien, Brauereien, fleischverarbeitende und landwirtschaftliche Einrichtungen)
Umweltproben
Eurofins Genomics hat besonders viel Erfahrung mit der DNA-Isolierung und Sequenzierung von Stuhlproben.

Spezifische Informationen über die für spezielle Methoden der Bibliothekerstellung benötigte Menge und Konzentration finden Sie in Ihrem Angebot – oder Sie wenden sich direkt an uns. Um optimale Ergebnisse zu erzielen, benötigen wir in der Regel > 100 ng aufgereinigte Doppelstrang-DNA (die Gesamtmenge hängt vom Anteil mikrobieller DNA in der Probe ab). Bitte beachten Sie, dass die DNA RNA-frei sein und eine OD 260/280 von > 1,8 und OD 260/230 von > 2,0 haben muss.

Eurofins Genomics liefert Tabellen (TSV, TXT) mit Auflistungen aller in Ihrer Probe vorhandenen Gattungen und den jeweiligen Read-Anzahlen. Zusätzlich erhalten Sie alle Rohdaten der Sequenzierung.

Operationale taxonomischen Einheiten (OTUs), klassifiziert vom Kraken‘schen exakten k-mer-Alignmentalgorithmus und der entsprechenden MiniKrakenDB-Datenbank, werden in Tabellenform mit taxonomischer Identifizierung dargestellt.

Die für die Metagenom-Sequenzierung erforderliche Sequenzierungstiefe richtet sich vor allem nach der Komplexität der Probe (der Anzahl und Repräsentation der einzelnen Spezies) sowie nach dem Grad der erwarteten Wirtskontamination. Mikrobengemeinschaften hoher Komplexität mit hohen Hintergrundwerten an Wirts-DNA erfordern mehr Abdeckung als Proben geringerer Komplexität und mit einem geringeren Grad an Wirts-DNA-Kontamination. Im Zweifelsfall empfehlen wir, die erforderliche Sequenzabdeckung anhand eines Pilotversuchs an einer Untergruppe von Proben zu bestimmen.

Ja, Inview Metagenome Advance beinhaltet eine Garantie für 10 Millionen Read-Paare. Weitere Read-Pakete können separat bestellt werden.

Die Metagenomanalyse ermöglicht die Identifizierung von Mikroorganismen unabhängig von taxonomischen Markern wie z. B. 16S rRNA. Anhand der Metagenomsequenzierung können sowohl kultivierbare als auch nicht-kultivierbare Organismen wie z. B. Bakterien, Archaeen, Pilze, Protozoen und Viren identifiziert werden. Zwar hat Eurofins Genomics am meisten Erfahrung mit der Profilierung der humanen Mikrobiota, wir charakterisieren jedoch auch mit Erfolg Elemente aus Mikrobengemeinschaften aus Lebensmittel-, Industrie und Umweltproben.

Sowohl Amplikon- als auch Metagenom-Sequenzierung weisen klare Vorteile sowie auch Nachteile auf. Ihre Methode der Wahl sollte sich nach Ihrem Forschungsziel richten. Der Erfolg eines Projekts hängt in der Regel von mehreren Faktoren ab, wie z. B. von der Zusammensetzung der Gemeinschaft, der Häufigkeit eng verwandter Arten und der Sequenzierungstiefe.

Amplikon-Sequenzierung bietet eine zweckmäßige taxonomische Profilerstellung einer großen Anzahl von Proben. Dieser Ansatz ermöglicht die Erkennung von feinen Unterschieden zwischen Mikrobengemeinschaften; daher ist die Methode für statistische Vergleiche vorteilhaft, wie z. B. für Fall-Kontroll-Studien oder für Probenahmen aus unterschiedlichen Umgebungen im Lauf der Zeit.

Metagenom-Sequenzierung ist nicht auf einen bestimmten Satz von Primern angewiesen, wodurch die Methode frei ist von taxon-spezifischem PCR-Bias. Dadurch sind präzisere Darstellungen der analysierten Mikrobiota und zuverlässigere Schätzungen von Artenhäufigkeiten möglich. Die Metagenomanalyse kann Informationen sowohl über die taxonomischen als auch die funktionellen Eigenschaften einer bestimmten Probe liefern.

Inview Metagenome Explore ist ideal geeignet für eine breit angelegte taxonomische Profilierung aller in einem bestimmten Mikrobiom vorhandenen Organismen. Die inbegriffenen 10 Millionen Read-Paare eignen sich zur Analyse von Metagenomen geringer Komplexität sowie auch für eine umfassende Übersicht über Gattungen in komplexen Metagenomen. Eine tiefere Sequenzabdeckung kann anhand von zusätzlichen Read-Paketen erreicht werden.

Inview Metagenome Advance bietet zusätzlich zur taxonomischen Charakterisierung eine detaillierte Beurteilung von Antibiotikaresistenzen und der Funktion in der Gemeinschaft. Das Produkt ist ideal für die Profilerstellung komplexer Metagenome. Für eine tiefere Sequenzabdeckung als die inbegriffenen 10 Millionen Read-Paare können zusätzliche Read-Pakete hinzugefügt werden. Der Service kann auf die Quantifizierung funktioneller Prozesse in einer speziellen Gemeinschaft oder auf die Erkennung zahlreicher Resistenzfaktoren in einer ungestörten natürlichen Umgebung angewendet werden. Bitte beachten Sie, dass die erforderliche Sequenziertiefe für eine erfolgreiche Metagenomprofilierung stark von der Komplexität und dem erwarteten Grad an Wirtskontamination des Ausgangsmaterials beeinflusst wird. Daher ist möglicherweise ein zusätzlicher Sequenzier-Aufwand erforderlich, um zufriedenstellende Ergebnisse zu erzielen.

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Generell können alle Arten von (DNA-) Proben für die Metagenom-Profilierung verwendet werden, wie z. B.:

• Proben menschlichen Ursprungs (Abstrich, Stuhl, Lavage)
• Lebensmittelproben für die Qualitätskontrolle bzgl. Mikroorganismen und den Nachweis von Pathogenen im industriellen Umfeld (Molkereien, Brauereien, fleischverarbeitende und landwirtschaftliche Einrichtungen)
• Umweltproben

Eurofins Genomics hat besonders viel Erfahrung mit der DNA-Isolierung und Sequenzierung von Stuhlproben

Informationen über die für spezielle Methoden der Bibliothekerstellung benötigte Menge und Konzentration finden Sie in Ihrem Angebot – oder Sie wenden sich an uns. Um optimale Ergebnisse zu erzielen, benötigen wir in der Regel > 100 ng aufgereinigte Doppelstrang-DNA (die Gesamtmenge hängt vom Anteil mikrobieller DNA in der Probe ab). Bitte beachten Sie, dass die DNA RNA-frei sein und eine OD 260/280 von > 1,8 und OD 260/230 von > 2,0 haben muss.

Eurofins Genomics liefert Tabellen (TSV, TXT) mit Auflistungen aller in der analysierten Probe vorhandenen Gattungen und den jeweiligen Read-Anzahlen. Zusätzlich erhalten Sie alle Rohdaten der Sequenzierung.

Operative taxonomische Einheiten (OTUs), klassifiziert durch BLAST-Analyse gegen geeignete Datenbanken, werden in tabellarischer Form einschließlich taxonomischer Identifizierung dargestellt. Für die OTU-Zuordnung werden nur die besten Treffer berücksichtigt.

Die für die Metagenom-Sequenzierung erforderliche Sequenzierungstiefe richtet sich vor allem nach der Komplexität der Probe (der Anzahl und Repräsentation der einzelnen Spezies) sowie nach dem Grad der erwarteten Wirtskontamination. Proben hoher Komplexität mit hohen Hintergrundwerten an Wirts-DNA erfordern mehr Abdeckung als Proben geringerer Komplexität und mit einem geringeren Grad an Wirts-DNA-Kontamination. Im Zweifelsfall empfehlen wir, die erforderliche Sequenzabdeckung anhand eines Pilotversuchs an einer Untergruppe von Proben zu bestimmen.

Ja, INVIEW METAGENOME EXPLORE beinhaltet eine Garantie für 10 Millionen Read-Paare. Weitere Read-Pakete können separat bestellt werden.

Die Metagenomanalyse ermöglicht die Identifizierung von Mikroorganismen unabhängig von taxonomischen genetischen Markern. Die Methode ermöglicht die Identifizierung kultivierbarer und nicht-kultivierbarer Organismen, wie z. B. Bakterien, Archaeen und Viren, sowie einfacher Eukaryoten einschließlich Pilzen und Protisten. Zwar hat Eurofins Genomics am meisten Erfahrung mit der Profilierung der humanen Mikrobiota, wir identifizieren jedoch auch mit Erfolg Elemente aus Mikrobengemeinschaften in Lebensmittel-, Industrie und Umweltproben.

Sowohl Amplikon- als auch Metagenom-Sequenzierung haben jeweils Vorteile und Nachteile.

Ihre Methode der Wahl sollte sich nach Ihrem Forschungsziel richten. Der Erfolg eines Projekts hängt ganz allgemein von mehreren Faktoren ab, wie z. B. von der Zusammensetzung der Gemeinschaft, der Häufigkeit eng verwandter Arten oder Stämme und der Tiefe der Sequenzierungsabdeckung.

Amplikon-Sequenzierung bietet eine zweckmäßige Beurteilung der taxonomischen Zusammensetzung und Vielfalt einer großen Anzahl von Proben. Da man bessere Möglichkeiten hat, feine Unterschiede zwischen Mikrobengemeinschaften zu erkennen, ist die Methode für statistische Vergleiche vorteilhaft, wie z. B. für Fall-Kontroll-Studien oder für Probenahmen aus unterschiedlichen Umgebungen im Lauf der Zeit.

Metagenom-Sequenzierung ist aufgrund der verwendeten Zusammenstellung an Primern frei von taxonspezifischem PCR-Bias. Dies ermöglicht präzisere Darstellungen der analysierten Mikrobiota und zuverlässigere Schätzungen von Artenhäufigkeiten. Darüber hinaus können anhand der Metagenomanalyse sowohl taxonomische als auch funktionelle Eigenschaften einer bestimmten Probe aufgeklärt werden.

Inview Metagenome Explore ist das ideale Produkt für die allgemeine taxonomische Profilierung aller in einem bestimmten Mikrobiom vorhandenen Organismen. Die inbegriffenen 10 Millionen Read-Paare eignen sich zur Analyse von Metagenomen geringer Komplexität sowie auch für eine umfassende Übersicht über Gattungen in komplexen Metagenomen. Eine tiefere Sequenzabdeckung kann anhand von zusätzlichen Read-Paketen erreicht werden.

Inview Metagenome Advance bietet zusätzlich zur taxonomischen Charakterisierung eine detaillierte Beurteilung von Antibiotikaresistenzen und der Funktion in der Gemeinschaft. Das Produkt ist ideal für die Profilerstellung komplexer Metagenome. Für eine tiefere Sequenzabdeckung als die inbegriffenen 10 Millionen Read-Paare können zusätzliche Read-Pakete hinzugefügt werden. Der Service unterstützt bei der Quantifizierung funktioneller Prozesse in einer speziellen Gemeinschaft oder bei der Erkennung zahlreicher Resistenzfaktoren in einer ungestörten natürlichen Umgebung.

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Dies hängt von vielen Faktoren ab, wie u. a. von der Art der Gewebes, der Probenqualität, dem Entwicklungsstadium, den vorhandenen Sequenzen usw.. Entnehmen Sie bitte der Tabelle unter „Produktspezifikationen“ Ihre optimale INVIEW Transcriptome-Lösung. Die dort angegebenen geschätzten Read-Anzahlen beziehen sich auf humane Proben. Alternativ können Sie uns kontaktieren, um Ihr Projekt mit uns zu besprechen. In bestimmten Fällen ist es möglicherweise ratsam, mit Hilfe eines Testlaufs zu ermitteln, wie viele Reads für Ihren speziellen Zweck oder Organismus benötigt werden.

Das INVIEW Transcriptome Discover verwendet eine strangspezifische RNA-Library kombiniert mit 150 bp Paired-End-Sequenzierung von Illumina. Somit empfiehlt sich das Paket für die Erkennung von differenziell exprimierten Genen, seltenen und neuen Transkripten sowie für die Entdeckung von Spleißvarianten. Darüber hinaus ermöglichen die Informationen über die Orientierung des Transkripts eine präzisere Bestimmung von Struktur und Genexpression.

Das INVIEW Transcriptome Bacteria beinhaltet 10 Millionen Reads / Read Paare und ist somit günstiger als das INVIEW Transcriptome Explore / Discover. 10 Millionen Reads / Read Paare sind aber für die meisten Untersuchungen bakterieller RNA völlig ausreichend.

Das INVIEW Transcriptome Ultra Low ist speziell für Projekte mit nur sehr sehr wenig Ausgangsmaterial entwickelt.

INVIEW Transcriptome Discover:

Nicht unbedingt. Sollten Sie jedoch eine Referenz haben, nehmen Sie bitte die folgenden Empfehlungen unten zur Kenntnis.

INVIEW Transcriptome Bacteria / Ultra Low:

Ein klar definierter Ensembl-Name (z. B. GRCh37 oder Rnor_5.0) für die annotierte genomische Referenzsequenz muss vor Projektbeginn zur Verfügung gestellt werden. Alternativ kann die Genomsequenz in Fasta bereitgestellt werden (zusammen mit der entsprechenden Annotation im Gene Transfer Format (GTF) oder im GenBank-Format, einschließlich Annotation).

Zur Erstellung von Libraries für die Sequenzierung kann Gesamt-RNA aus Gewebe, Zellen oder Körperflüssigkeiten von eukaryotischen oder prokaryotischen Organismen verwendet werden. Zusätzlich zu aus frischem Gewebe isolierter RNA kann auch RNA aus FFPE-Proben analysiert werden. RNA-Isolation kann als Zusatzleistung angeboten werden. Bei Fragen zu Ausgangsmaterial aus anderen Quellen sprechen Sie uns bitte an.

Für das INVIEW Transcriptome Ultra Low können wir keine Zellen in Zellkultur annehmen. Desweiteren können wir hier nicht garantieren, das genug RNA extrahiert werden kann.

Informationen über die für spezielle Methoden der Library-Erstellung benötigte RNA-Menge und -Konzentration finden Sie in Ihrem Angebot – oder Sie wenden sich an uns. In der Regel benötigen wir für optimale Ergebnisse 150 ng hochwertige RNA (bis zu 15 μl / optimale Konzentration 6 - 50 ng / μl (maximale Konzentration 200 ng / μl) mit einer OD 260/280 von 1,8 – 2,0 und einer OD 260/230 von 2,0 – 2,2. Möglicherweise kann mit weniger Material begonnen werden, doch dies hängt in hohem Maß von der Qualität des Materials und der gewünschten Library ab.
Die Qualität und Quantität des bereitgestellten Ausgangsmaterials sind für den Erfolg der Probenvorbereitung entscheidend. Bei Verwendung von zu wenig oder degradiertem, kontaminiertem oder anderweitig geschädigtem Ausgangsmaterial kann die Folge ein sehr niedriger Ertrag, eine fehlgeschlagene Probenvorbereitung sowie eine beeinträchtigte Qualität und Quantität der Sequenzierungsergebnisse sein.

Für das INVIEW Transcriptome Ultra Low:

Mindestens 0.15 ng/µl (in min. 10 µl). RIN > 6.5

Eurofins Genomics bietet RNA-Isolation als Zusatzleistung an. Wir haben die Protokolle zur Extraktion von qualitativ hochwertiger RNA aus mehreren Probenarten und Ausgangsmaterialien erfolgreich optimiert. Weitere Informationen zur RNA-Isolation finden Sie in den Produktspezifikationen – oder lassen Sie sich von uns direkt beraten: Wir besprechen mit Ihnen mögliche Methoden der Probenvorbereitung für Ihre individuellen Anforderungen.

a) Für Eukaryoten: Eine rRNA-Abreicherung empfiehlt sich für teilweise degradierte RNA oder bei Sequenzierung der RNA ohne Poly-A-Schwanz.

b) Für Prokaryoten empfehlen wir generell eine rRNA-Abreicherung, da eine poly-(A)-Anreicherung von prokaryotischen Transkripten nicht durchführbar ist.

Eine rRNA-Abreicherung kann bei Eurofins Genomics angefordert werden. Alternativ können Sie uns eine bereits rRNA-abgereicherte/mRNA-angereicherte RNA als Ausgangsmaterial zur Verfügung stellen (20 ng pro Probe (bis zu 15 µl / Konzentration >1,4 ng/µl)). Weitere Informationen finden Sie in den Produktspezifikationen

Die Effizienz der RNA-Entfernung richtet sich nach dem Organismus, der Zusammensetzung und der Qualität Ihrer Proben-RNA. Bei stark degradierter RNA kann eine Ribo-Abreicherung weniger effizient sein.

RNA muss auf Trockeneis versandt werden, sofern sie nicht mit Ethanol ausgefällt wurde. Gewebe/Zellkulturen müssen in flüssigem Stickstoff oder Trockeneis schockgefroren und auf Trockeneis versandt werden. Alternativ kann frisches Material in „RNAlater“ (z. B. von Ambion, SIGMA oder QIAGEN) stabilisiert und bei Raumtemperatur versandt werden. Bitte prüfen Sie im Voraus, ob der von Ihnen beauftragte Kurier Trockeneisversand anbietet.

Sollten die Menge, Konzentration oder Qualität des Ausgangsmaterials die Voraussetzungen für die Weiterverarbeitung nicht erfüllen, werden wir Sie kontaktieren und mit ihnen das weitere Vorgehen besprechen. Sofern möglich, wird Eurofins Genomics dann zusätzliche Vorverarbeitungsschritte zur Optimierung der Probenqualität empfehlen.

Alle Rohdaten (FAST-Q Dateien) sowie die analysierten Daten können über Ihr sicheres Online-Konto heruntergeladen werden.

Eine kostengünstige, hochwertige bioinformatische Analyse einschließlich Datenfilterung und QK ist optional für jedes Paket erhältlich.

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Bitte senden Sie aufgereinigte DNA/RNA bzw. Amplikons in 1,5 ml SnapCap Tubes (ohne Parafilm). Und kleben Sie den kostenfreien NGS Barcode quer auf das Tube.

Ab 92 Proben können Sie diese auch gerne in Platten schicken. Bitte verwenden Sie hierfür "Full-Skirted" PCR Platten (zBsp von Eppendorf oder Twin).

Für mehr Informationen und den Probenversand für Extraktionsproben lesen Sie auch unseren Sample Submission Guide.

(Im Bild werden Prepaid Sanger Barcodes verwendet, aber der Ablauf ist für die kostenfreien NGS Barcodes (blau) derselbe)

Eine Liste der akzeptierten Ausgangsmaterialien einschließlich der jeweiligen Mengen finden Sie in Tabelle 1 unter Produktspezifikationen.

NGSelect Amplicon auf dem NovaSeq:

Vor der Sequenzierung werden Qualität und Quantität jeder Probe anhand von etablierten Methoden bestimmt (z. B. Agarosegel-Analyse / Qubit® Fluorometer / NanoDrop / Agilent 2100 Bioanalyzer). Weitere Qualitätskontrollen erfolgen bei verschiedenen Schritten des Sequenzierungsablaufs.

NGSelect Amplicon auf dem MiSeq:

Neben der Evaluation des Gelbildes, das Sie senden, dient der Erfolg der PCR-Reaktion als Qualitätskontrolle. Im Anschluss an die Bibliothekenherstellung, und an weiteren Schritten des Sequenzierungsablaufs werden weitere Qualitätskontrollen durchgeführt.

Eine kostengünstige, hochwertige bioinformatische Analyse ist für jedes Paket erhältlich (weitere Informationen siehe „Produktspezifikationen“).

Ja. Auf Wunsch kann der Service unter diagnostischen Bedingungen mit ISO 17025-zertifizierten Prozessen durchgeführt werden.

Wir stellen Ihnen die Ergebnisse über Ihren Ecom Account zu Verfügung.

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Normalerweise würden Sie pro Probe 1 Amplikon senden, das mit 1 Primerpaar erzeugt wurde.

In einigen Fällen können jedoch weniger Reads pro Amplikon erforderlich sein, wie in der Projektspezifikation angegeben. In solchen Fällen können die einzelnen Amplikonproben, die Sie senden, auch aus mehreren Amplikons bestehen, die mit verschiedenen Primerpaaren generiert wurden. In diesem Fall werden wir jedoch keine Primersequenzen clippen.

Bitte senden Sie aufgereinigte DNA/RNA bzw. Amplikons in 1,5 ml SnapCap Tubes (ohne Parafilm). Und kleben Sie den kostenfreien NGS Barcode quer auf das Tube.

Ab 92 Proben können Sie diese auch gerne in Platten schicken. Bitte verwenden Sie hierfür "Full-Skirted" PCR Platten (zBsp von Eppendorf oder Twin).

Für mehr Informationen und den Probenversand für Extraktionsproben lesen Sie auch unseren Sample Submission Guide.

(Im Bild werden Prepaid Sanger Barcodes verwendet, aber der Ablauf ist für die kostenfreien NGS Barcodes (blau) derselbe)

Eine Liste der akzeptierten Ausgangsmaterialien einschließlich der jeweiligen Mengen finden Sie in Tabelle 1 unter Produktspezifikationen.

Qualität und Quantität jeder eingehenden Probe werden mit entsprechenden Methoden bestimmt (z. B. Agarosegel-Analyse / Qubit® Fluorometer / NanoDrop / Agilent 2100 Bioanalyzer). Weitere Qualitätskontrollen erfolgen bei verschiedenen Schritten des Prozesses.

Sollten die Menge, Konzentration und/oder Qualität des Ausgangsmaterials die Voraussetzungen für die Weiterverarbeitung nicht erfüllen, werden wir Sie kontaktieren und mit ihnen das weitere Vorgehen besprechen. Sofern möglich, wird Eurofins Genomics dann zusätzliche Vorverarbeitungsschritte zur Optimierung der Probenqualität empfehlen.

Eine kostengünstige, hochwertige bioinformatische Analyse einschließlich Datenfilterung und QK ist für jedes Paket erhältlich.

Ja, auf Wunsch kann der Service unter diagnostischen Bedingungen mit ISO 17025-zertifizierten Arbeitsabläufen durchgeführt werden.

Alle Rohdaten (FAST-Q Dateien) sowie die analysierten Daten können über Ihr sicheres Online-Konto heruntergeladen werden.

Eurofins Genomics Europe Pharma and Diagnostics Products & Services Sanger/PCR GmbH
Jakob-Stadler-Platz 7
78467 Konstanz
Germany

Bitte senden Sie aufgereinigte DNA/RNA bzw. Amplikons in 1,5 ml SnapCap Tubes (ohne Parafilm). Und kleben Sie den kostenfreien NGS Barcode quer auf das Tube.

Ab 92 Proben können Sie diese auch gerne in Platten schicken. Bitte verwenden Sie hierfür "Full-Skirted" PCR Platten (zBsp von Eppendorf oder Twin).

Für mehr Informationen und den Probenversand für Extraktionsproben lesen Sie auch unseren Sample Submission Guide.

(Im Bild werden Prepaid Sanger Barcodes verwendet, aber der Ablauf ist für die kostenfreien NGS Barcodes (blau) derselbe)

Eine Liste der akzeptierten Ausgangsmaterialien einschließlich der jeweiligen Mengen finden Sie in Tabelle 1 unter Produktspezifikationen.

In der Regel muss vor Projektbeginn ein klar definierter Ensembl-Name für die annotierte genomische Referenzsequenz zur Verfügung gestellt werden. Alternativ kann die Genomsequenz im Fasta-Format (zusammen mit der entsprechenden Annotation im Gene Transfer Format (GTF)) oder im GenBank-Format (einschließlich Annotation) bereitgestellt werden.

Qualität und Quantität jeder Probe werden mit entsprechenden Methoden bestimmt (z. B. Agarosegel-Analyse / Qubit® Fluorometer / NanoDrop / Agilent 2100 Bioanalyzer). Weitere Qualitätskontrollen erfolgen bei nahezu allen Schritten des Prozesses.

Sollten die Menge, Konzentration oder Qualität des Ausgangsmaterials die Voraussetzungen für die Weiterverarbeitung der Probe nicht erfüllen, werden wir Sie kontaktieren und mit ihnen das weitere Vorgehen für das Projekt besprechen. Sofern möglich wird Eurofins Genomics Ihnen dann Empfehlungen zur Optimierung der Probenqualität geben.

Eine kostengünstige, hochwertige bioinformatische Analyse einschließlich Datenfilterung und QK ist für jedes Paket erhältlich.

Ja, auf Wunsch kann der Service unter diagnostischen Bedingungen mit ISO 17025-zertifizierten Arbeitsabläufen durchgeführt werden.

Alle Rohdaten (FAST-Q Dateien) sowie die analysierten Daten können über Ihr sicheres Online-Konto heruntergeladen werden.

Eurofins Genomics Europe Pharma and Diagnostics Products & Services Sanger/PCR GmbH
Jakob-Stadler-Platz 7
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Bitte senden Sie aufgereinigte DNA/RNA bzw. Amplikons in 1,5 ml SnapCap Tubes (ohne Parafilm). Und kleben Sie den kostenfreien NGS Barcode quer auf das Tube.

Ab 92 Proben können Sie diese auch gerne in Platten schicken. Bitte verwenden Sie hierfür "Full-Skirted" PCR Platten (zBsp von Eppendorf oder Twin).

Für mehr Informationen und den Probenversand für Extraktionsproben lesen Sie auch unseren Sample Submission Guide.

(Im Bild werden Prepaid Sanger Barcodes verwendet, aber der Ablauf ist für die kostenfreien NGS Barcodes (blau) derselbe)

Eine Liste der akzeptierten Ausgangsmaterialien einschließlich der jeweiligen Mengen finden Sie in Tabelle 1 unter Produktspezifikationen.

Alle eingegangenen Ready-to-Load-Bibliotheken werden einer Qualitäts- und Quantitätskontrolle unterzogen. So wird die passende Sequenzierungsverdünnung bestimmt und es werden optimale Cluster-Dichten erzielt.

Sollten die Menge, Konzentration oder Qualität der sequenzierbereiten Bibliothek die Voraussetzungen für die Weiterverarbeitung der Probe nicht erfüllen, werden wir Sie kontaktieren und mit ihnen das weitere Vorgehen für das Projekt besprechen. Sofern möglich wird Eurofins Genomics Ihnen dann Empfehlungen zur Optimierung der Probenqualität geben. 

Eine kostengünstige und professionelle bioinformatische Analyse steht auf Anfrage zur Verfügung. Weitere Informationen finden Sie unter „Produktspezifikationen“.

Ja, auf Wunsch kann der Sequenzierdienst unter diagnostischen Bedingungen mit ISO 17025-Akkreditierung durchgeführt werden.

Alle Rohdaten (FAST-Q Dateien) sowie die analysierten Daten können über Ihr sicheres Online-Konto heruntergeladen werden.

Die tatsächliche erzielte Sequenzierungsleistung (Read-Länge, Read-Qualität und Anzahl der Reads) korreliert direkt mit der Qualität der verwendeten Sequenzierungsbibliothek. GATC Biotech kann keine Garantien für Sequenzierungsdaten aus kundenseitig erstellten Ready-to-Load-Bibliotheken geben. Sollte es aufgrund von technischen Problemen mit den Sequenzierungskits oder -geräten zu unbefriedigenden Sequenzierungsergebnissen kommen, wird die Sequenzierung ohne zusätzliche Kosten für den Kunden wiederholt.

Das Sortieren von Rohdaten gemäß Illumina Index Read ist inbegriffen. Der verwendete Index-Typ (Single Index oder Dual Index) sowie die entsprechenden Index-Sequenzen müssen vor dem Projektbeginn zur Verfügung gestellt werden.
Die Sortierung der Rohdaten nach kundenspezifischen Markierungen (Tags) zu Beginn des Reads kann gegen Aufpreis angeboten werden. Wir empfehlen dringend, die „lineare“ Barcode-Strategie zu vermeiden und stattdessen das Indexsystem von Illumina zu verwenden (d. h. die Barcodes werden in einem separaten Read gelesen und die Registrierung von Clustern wird nicht beeinträchtigt). Es ist unbedingt auf eine ausgewogene Basenzusammensetzung der Indizes zu achten, damit die Bildanalyse-Software die einzelnen Signale optimal unterscheiden kann.

Die Cluster-Erkennungsalgorithmen von Illumina sind so optimiert, dass die A-, T-, G- und C-Nukleotide gleichmäßig repräsentiert sind. Jede Abweichung von einer gleichmäßigen Verteilung der Basen wirkt sich negativ auf die Menge und die Qualität der erzeugten Sequenzierungsdaten aus. Bei Proben mit geringer Vielfalt oder unausgewogener Basenzusammensetzung (z. B. Amplikons, bisulfitkonvertierte Proben) wird zur Verbesserung des Nukleotid-Gleichgewichts der Bibliothek ein PhiX-„Spike-in“ (20%) eingesetzt. Das Ausmaß, in dem die negativen Auswirkungen der unausgewogenen Basenzusammensetzung durch das „Spike-in“ der PhiX-Kontrolle reduziert werden, ist von der einzelnen Probe und den Sequenzeigenschaften abhängig. Weitere Informationen entnehmen Sie bitte der Illumina-Website.

NGSelect gliedert sich in vier Hauptkategorien, die von Ausgangsmaterial, DNA, RNA, Amplikons oder Ready-to-Load-Bibliotheken abhängig sind. Jeder dieser Dienste bietet eine Vielzahl von Optionen, mit denen individuelle und erschwingliche NGS-Projekte entworfen werden können. Weitere Informationen finden Sie in Tabelle 2 (nachstehend):

Für das INVIEW Liquid Biopsy Oncoexome akzeptieren wir frische oder aufbewahrte Plasmaproben, sowie bereits isolierte zellfreie DNA. Weiteres entnehmen Sie bitte unserem Informationsblatt zur Probenvorbereitung für Liquid Biopsy Produkte (siehe "Dateien"). Die ctDNA wird aus Blutplasma extrahiert.
Für Ausgangsmaterial wie z. B. aus FFPE und Gewebeproben isolierte DNA sehen Sie sich bitte unser Produkt INVIEW Human Exome Advance an.

In der Regel benötigen wir entweder 4 ml Plasma oder 15 ng bereits isolierte zellfreie DNA(bis zu 30 µl /Konzentration > 0,5 ng/µl). 

Das Produkt INVIEW Liquid Biopsy Oncoexome umfasst mehrere Leistungen im Vorfeld der Sequenzierung, z. B. ctDNA-Extraktion aus Plasma und Bibliothekerstellung mit hoher Komplexität und niedriger Duplikatrate. Die gezielte Suche von Exons erfolgt mit SureSelect von Agilent, das eine überdurchschnittliche Exon-Anreicherung und gleichförmige Abdeckung bietet.

Die erforderliche Abdeckung ist von der erforderlichen Empfindlichkeit der Variantenerkennung abhängig. Sie können die Sequenzabdeckung wählen, die Sie für Ihr individuelles Projekt und Studienziel benötigen.
Basierend auf Erfahrungen aus der Analyse zellfreier DNA von mehr als 40.000 Proben bis zum heutigen Tag empfehlen wir generell eine Abdeckung von 100x.

Qualität und Quantität jeder Probe werden nach Eingang der Probe bestimmt. Weitere Qualitätskontrollen erfolgen bei verschiedenen Schritten des Prozesses.

Alle drei Tests beruhen auf Flüssigbiopsie. Bei allen drei Produkten handelt es sich um leistungsstarke, nichtinvasive Hilfsmittel zur Charakterisierung von Tumoren in Echtzeit. Mit ihrer Hilfe kann die gesamte Heterogenität der Erkrankung erfasst werden.

INVIEW Liquid Biopsy Oncoexome ist der erste kommerziell erhältliche Service für die Gesamtexom-Sequenzierung (WES) von ctDNA. Mit diesem Service erhalten Sie ein umfassendes Profil aller Mutationen in den proteinkodierenden Bereichen des Genoms. Dieses Produkt eignet sich für einen ersten Blick auf das Genom eines mutmaßlichen Krebspatienten in Fällen, in denen nur begrenzte Informationen über klinisch relevante Mutationen zur Verfügung stehen.

INVIEW Liquid Biopsy Oncoprofiling (591 genes) ist ein umfassendes NGS-Panel zur Charakterisierung wichtiger Krebsmutationen. Mittels Einzelmolekül-PCR zielt dieses Panel auf 50 bekannte Krebsgene einschließlich Tumorsuppressoren, Hotspots und Resistenz-Markern. Hinsichtlich der Sequenzabdeckung und Gleichförmigkeit mit einer Sensitivität von ca. 1 % setzt das Panel einen neuen Standard in der Branche.

INVIEW Liquid Biopsy Oncotarget ermöglicht den ultrasensitiven Nachweis von klinisch relevanten krebsspezifischen Punktmutationen, Insertionen, Deletionen und Genfusionen in zirkulierender Tumor-DNA bis zu einer Allelfrequenz von 0,1 %. Diese Methode eignet sich für die Therapieüberwachung, da sie empfindlich genug ist, um ein Rezidiv in sehr frühem Stadium zu erkennen.

Alle Ergebnisse (FAST-Q Dateien) können über Ihr sicheres Online-Account heruntergeladen werden.

Blutproben müssen innerhalb von 24 Stunden nach der Blutentnahme an Eurofins Genomics versandt werden. Die Probe muss in Blutentnahmeröhrchen von BCT Streck gelagert werden. Die Proben können bei Raumtemperatur gelagert und geliefert werden. Plasmaproben müssen auf Trockeneis verschickt werden.

Eurofins Genomics nimmt eine beliebige Anzahl von Proben in Vielfachen von vier an.

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Es können alle Bakterien, Archaeen und Pilze identifiziert werden, zu denen eine Sequenz in der NCBI Nukleotid Datenbank publiziert ist. Es gibt momentan zum Beispiel tausende bakterielle Spezies mit Sequenz-Einträgen in der Nukleotid Datenbank. Nah verwandte Arten mit fast identischen DNA-Sequenzen können nicht unterschieden werden. In diesen Fällen wird nur der Genus (oder die Familie) bestimmt.

Mikrobiom-Profiling durch Next-Generation-Sequencing (NGS) ermöglicht die Detektion einer Vielzahl von Spezies, darunter:

• Bakterien: Alle bakteriellen Spezies mit veröffentlichten Sequenzen in der NCBI-Nukleotiddatenbank können identifiziert werden.
• Archaeen: Archaeenspezies, die in der NCBI-Datenbank vertreten sind, können ebenfalls detektiert werden.
• Pilze: Pilzarten können durch die Analyse der Internal Transcribed Spacer (ITS)-Regionen oder der 18S-Region identifiziert werden, sofern ihre Sequenzen in der NCBI-Datenbank verfügbar sind.
• Cyanobakterien: Derzeit ist die Identifizierung von Cyanobakterien aufgrund der Einschränkungen des bestehenden Primer-Setups nicht möglich. Falls Cyanobakterien ein zentraler Fokus Ihrer Studie sind, empfehlen wir die Verwendung alternativer Primer-Sets oder spezifisch entwickelter Methoden zur Amplifikation und Detektion.

Wichtige Hinweise:

• Auflösungsgrenzen: Nah verwandte Spezies mit nahezu identischen DNA-Sequenzen können möglicherweise nicht unterschieden werden. Die Ergebnisse beziehen sich typischerweise nur auf die Gattung- oder Familienebene.
• Probenqualität: Die Qualität der DNA und die spezifischen Zielregionen können die Detektionsmöglichkeiten beeinflussen.
• Datenbankabdeckung: Die Identifizierung von Spezies hängt von der Vollständigkeit und Genauigkeit der Referenzsequenzen in der NCBI-Datenbank ab.

Falsch-Negative Ergebnisse:

• Degradierte DNA: Proben mit stark degradierter DNA können dazu führen, dass keine Spezies identifiziert wird, was zu falsch-negativen Ergebnissen führt.
• Geringe Abundanz: Spezies, die in sehr niedrigen Konzentrationen vorhanden sind (typischerweise unter 0,5 % aller zugeordneten Reads), können möglicherweise nicht erkannt oder gemeldet werden, selbst wenn sie in der Probe vorhanden sind.

Falsch-Positive Ergebnisse:

• Hohe Sensitivität: NGS detektiert alle erfolgreich amplifizierten DNA-Amplicons. Sequenzen mit niedriger Abundanz oder unerwarteter Länge können aufgrund von PCR- oder Sequenzierungsfehlern fälschlicherweise identifiziert werden.
• Filterungsprozess: Um falsch-positive Ergebnisse zu minimieren, werden während der Datenanalyse strenge bioinformatische Filter angewendet.

Negative Kontrollen:

Um falsch-positive Ergebnisse weiter zu reduzieren, wird eine negative Kontrolle (steriles Wasser) parallel zu den Proben analysiert.

Ja, 16S-Primer können manchmal pflanzliche Organellen amplifizieren, insbesondere das 16S-rRNA-Gen, das in den Chloroplasten von Pflanzen vorkommt. Chloroplasten enthalten eigene ribosomale RNA-Gene, die aufgrund ihres evolutionären Ursprungs Bakterien ähneln.

Der Grad der Amplifikation hängt jedoch von mehreren Faktoren ab:

Primerspezifität:
Einige 16S-Primer sind speziell für bakterielle Ziele entwickelt und amplifizieren möglicherweise Chloroplasten-DNA nicht effizient. Andere könnten breiter anwendbar sein und auch Chloroplasten-DNA einschließen.

Probenzusammensetzung:
In Proben mit einer komplexen Mischung von Organismen, wie z. B. Umweltproben, kann das Vorhandensein von Pflanzen-DNA zur Amplifikation von Chloroplasten-Sequenzen führen.

Zielregion:
Verschiedene Regionen des 16S-Gens weisen unterschiedliche Konservierungsgrade zwischen bakterieller und Chloroplasten-DNA auf, was die Wahrscheinlichkeit einer erfolgreichen Amplifikation beeinflussen kann.

Empfehlung:
Wenn Sie ausschließlich bakterielle Gemeinschaften analysieren möchten und die Amplifikation pflanzlicher Organellen vermeiden wollen, sollten Sie Primer auswählen, die speziell für bakterielle 16S-rRNA-Gene entwickelt wurden.

Richtlinien zur Auswahl von Zielregionen und Anzahl der Targets für 16S-Mikrobiomanalysen:

Auswahl der Zielregionen:
Für eine umfassende mikrobielle Profilierung wählen Sie mindestens eine Zielregion des 16S-rRNA-Gens. Häufig analysierte Regionen sind V1-V3, V3-V4 oder V3-V5. Die Wahl hängt von Ihren Forschungszielen und den spezifischen interessierenden Taxa ab.

Berücksichtigung mehrerer Zielregionen:
Um die Abdeckung zu maximieren und die Vielfalt Ihrer mikrobiellen Gemeinschaft besser zu erfassen, ist es vorteilhaft, mehrere 16S-Zielregionen zu analysieren. Dies kann helfen, die Einschränkungen einzelner Primer-Sets zu kompensieren, da manche Arten möglicherweise nicht effizient amplifiziert werden.

Literaturrecherche:
Prüfen Sie vorhandene Studien und Literatur zu den von Ihnen gewählten Zielregionen. Dies gibt Einblicke in potenzielle Verzerrungen oder Einschränkungen der verschiedenen Primer-Sets und unterstützt Ihre Auswahl.

Probentyp:
Berücksichtigen Sie die Art Ihrer Proben (z. B. Umwelt-, klinische Proben) und deren erwartete Diversität. Komplexere Proben erfordern möglicherweise eine breitere Auswahl an Zielregionen, um die Gemeinschaftsstruktur präzise widerzuspiegeln.

Experimentelles Design:
Wenn Ihre Analyse darauf abzielt, verschiedene Proben oder Bedingungen zu vergleichen, stellen Sie sicher, dass in allen Proben dieselben Zielregionen verwendet werden. Dies gewährleistet Konsistenz bei der Dateninterpretation.

Qualitätskontrolle bei der Amplicon-Generierung und Sequenzierung

• Amplicon-Generierung als primäre Eingangskontrolle: Obwohl unsere PCR-Bedingungen optimiert sind, hängt der Erfolg der Amplicon-Generierung stark von der Menge an bakterieller, archaeeller oder pilzlicher DNA in der Probe ab.
• Qualität der DNA-Extraktion: Wenn wir die DNA extrahieren, wird die Menge der extrahierten DNA mittels Spektrophotometrie bewertet.

Erste Bewertung: Falls kein Amplicon generiert werden kann oder das generierte Amplicon sehr schwach ist, deutet dies stark darauf hin, dass der DNA-Gehalt möglicherweise unzureichend ist.

Negative Kontrollen:

Jede Charge enthält negative Kontrollen (steriles Wasser), um potenzielle Kontaminationen während der Probenvorbereitung zu erkennen.

Qualitätsbewertung der Sequenzierung:

• Überwachung der Lesequalität: Nach der Sequenzierung wird die Qualität der Reads anhand von Metriken wie Q-Scores bewertet, um potenzielle Probleme mit der Sequenziergenauigkeit zu identifizieren.
• Filterung von niedrigqualitativen Reads: Niedrigqualitative Reads und Adapter-Sequenzen werden während der bioinformatischen Analyse entfernt, um die Datenqualität zu verbessern.

Keine Amplicon-Generierung:

Wenn kein Amplicon generiert werden kann, informieren wir Sie und stoppen die Verarbeitung dieser Proben. Für den nicht durchgeführten Sequenzierungsteil wird Ihnen eine Erstattung gewährt.

Schwache Amplicon-Generierung:

Falls nur ein schwaches Amplicon generiert wird, informieren wir Sie ebenfalls. Auf Kundenwunsch kann Eurofins Genomics diese Amplicons dennoch in den Sequenzierungspool aufnehmen. Erfahrungsgemäß resultieren schwache Amplicons jedoch typischerweise in einer sehr geringen Anzahl von Reads. Die Interpretation dieser Reads sollte daher mit Vorsicht erfolgen.

Genetische Variation:
Verschiedene Spezies weisen unterschiedliche Längen der Zielregionen in ihren Genomen auf. Beispielsweise kann das 16S-rRNA-Gen zwischen bakteriellen Spezies erheblich variieren, was zu Unterschieden in den Amplicon-Längen während der Amplifikation führt.

Intraspezifische Diversität:
Selbst innerhalb einer einzigen Spezies können genetische Variationen, wie Polymorphismen oder Mutationen, Unterschiede in den Amplicon-Längen verursachen.

Ja, insbesondere bei menschlichen Proben. Stellen Sie sicher, dass die relevanten ethischen Richtlinien eingehalten werden, und holen Sie die erforderlichen Genehmigungen für Forschungen ein, die menschliche Probanden betreffen.

Häufige Probentypen umfassen Stuhl, Speichel, Hautabstriche, Umweltproben (Boden, Wasser) und mehr. Jeder Probentyp kann spezifische Handhabungsprotokolle erfordern. Bitte konsultieren Sie unseren Leitfaden zur Probeneinreichung für weitere Details.

The starting material is amplicons prepared in your lab that span the mutation site. The amplicon generation protocol to apply depends on the product type (adaptor ligation or 2nd PCR workflow), instructions can be found in the tab "How to prepare your Amplicons" on the respective product webpage. Amplicon length requirements can be found in the tab "Specifications".

Als Startmaterial benötigen wir von Ihnen Amplikons, welche die Mutationsstelle überspannen. Das Vorgehen zur Amplikongenerierung hängt von dem Produkttyp ab (Adaptor Ligation oder 2nd PCR Workflow). Instruktionen können Sie auf der Webseite auf dem Tab "Probenvorbereitung" finden. Anforderungen zur Amplikonlänge finden Sie auf dem Tab "Spezifikationen". 

Die Amplikonlänge (Wildtyp) muss an die Länge der InDels angepasst werden, die Sie detektieren möchten. Zudem muss die Amplikonlänge ein Merging überlappender Reads zulassen. Üblicherweise sind die Mutationen die Sie mit CRISPR (NHEJ Pathway) einführen im Bereich von 1-20 bp). Um auch größere InDels nicht von der Analyse auszuschließen muss die Wildtyp Amplikongrößer in einem bestimmten Größenbereich liegen.

Sie finden in unserem Sample Preparation Guide die Längenanforderungen für alle Produkttypen und für zwei Beispiel Anwendungsfälle. 

Ja, Sie können. In diesem Fall benötigen wir für die Analyse das Schnittstellen Offset (Distanz in Nukleotiden upstream der PAM Sequenz, bei der der Doppelstrangbruch erwartet wird).

1. Bitte fügen Sie immer mindestens eine Wildtyp Kontrollprobe in Ihr Experiment ein.
2. Wenn Sie eine sehr akkurate Bestimmung der Editing Efficiency benötigen, dann empfehlen wir Ihnen Replikate in die Analyse aufzunehmen. Replikate erhöhen die Genauigkeit der Effizienzbestimmung, sind aber nicht zwingend notwendig.

Beide Produkte sind exzelleente Lösungen um Mutationen zu untersuchen die mit dem CRISPR/Cas System (NHEJ pathway) eingeführt wurden.

The Produkte unterscheiden sich vor allem in der Library Generierung (2-Step Protokoll versus Adaptor Ligations Protokoll) and damit in der Amplikon-Probenvorbereitung. 

Ein Selection Guide ist auf der CRISPR Webseite verfügbar (Tab Overview) um Ihnen zu helfen die beste Lösung für Ihre individuellen Präferenzen und Gegebenheiten zu finden.

• Umfassender Bericht mit Abschnitten zu Ergebnissen und Methoden
• Rohdaten als FASTQ Dateien
• FASTQ Sequenzen nach Qualitäts-Clipping und Merging
• Gemappte Reads im BAM Format
• Sequenz des Wildtypallels und alternativer Allele inklusive deren Quantität 
• Metriken zu Rohdaten, Präprozessierungs-Daten, Mappingergebnisse und Coverage im CSV-Format
• Berechnete Editing Effizienz pro Probe

Für das Produkt INVIEW CRISPR Check 2nd PCR können Sie die Ergebnisse von unserem sicheren FTP Server herunterladen (passwort wird Ihnen mitgeteilt). Für das Produkt INVIEW CRISPR Check Adaptor Ligation stellen wir Ihnen die Ergebnisse über Ihren Ecom Account zu Verfügung.

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Bitte senden Sie aufgereinigte DNA/RNA bzw. Amplikons in 1,5 ml SnapCap Tubes (ohne Parafilm). Und kleben Sie den kostenfreien NGS Barcode quer auf das Tube.

Ab 92 Proben können Sie diese auch gerne in Platten schicken. Bitte verwenden Sie hierfür "Full-Skirted" PCR Platten (zBsp von Eppendorf oder Twin).

Für mehr Informationen und den Probenversand für Extraktionsproben lesen Sie auch unseren Sample Submission Guide.

(Im Bild werden Prepaid Sanger Barcodes verwendet, aber der Ablauf ist für die kostenfreien NGS Barcodes (blau) derselbe)

Falls Sie Ihr Projekt mit "Varianten-Analyse" bestellen möchten, dann benötigen wir eine Referenz-Sequenz.

In der Regel muss vor Projektbeginn ein klar definierter Ensembl-Name für die annotierte genomische Referenzsequenz zur Verfügung gestellt werden. Alternativ kann die Genomsequenz im Fasta-Format (zusammen mit der entsprechenden Annotation im Gene Transfer Format (GTF)) oder im GenBank-Format (einschließlich Annotation) bereitgestellt werden.

Qualität und Quantität jeder Probe werden mit entsprechenden Methoden bestimmt (z. B. Agarosegel-Analyse / Qubit® Fluorometer / NanoDrop / Agilent 2100 Bioanalyzer). Weitere Qualitätskontrollen erfolgen bei nahezu allen Schritten des Prozesses.

Sollten die Menge, Konzentration oder Qualität des Ausgangsmaterials die Voraussetzungen für die Weiterverarbeitung der Probe nicht erfüllen, werden wir Sie kontaktieren und mit ihnen das weitere Vorgehen für das Projekt besprechen. Sofern möglich wird Eurofins Genomics Ihnen dann Empfehlungen zur Optimierung der Probenqualität geben.

Ja, auf Wunsch kann der Service unter diagnostischen Bedingungen mit ISO 17025-zertifizierten Arbeitsabläufen durchgeführt werden.

Alle Rohdaten (FAST-Q Dateien) sowie die analysierten Daten können über Ihr sicheres Online-Konto heruntergeladen werden.

Eurofins Genomics Europe Pharma and Diagnostics Products & Services Sanger/PCR GmbH
Jakob-Stadler-Platz 7
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Bitte senden Sie aufgereinigte DNA/RNA bzw. Amplikons in 1,5 ml SnapCap Tubes (ohne Parafilm). Und kleben Sie den kostenfreien NGS Barcode quer auf das Tube.

Ab 92 Proben können Sie diese auch gerne in Platten schicken. Bitte verwenden Sie hierfür "Full-Skirted" PCR Platten (zBsp von Eppendorf oder Twin).

Für mehr Informationen und den Probenversand für Extraktionsproben lesen Sie auch unseren Sample Submission Guide.

(Im Bild werden Prepaid Sanger Barcodes verwendet, aber der Ablauf ist für die kostenfreien NGS Barcodes (blau) derselbe)

Eine Liste der akzeptierten Ausgangsmaterialien einschließlich der jeweiligen Mengen finden Sie in Tabelle 1 unter Produktspezifikationen.

Die Referenzsequenz kann im Fragebogen zu den Probeninformationen hochgeladen werden. Die Datei sollte .doc, .docx, .xls, oder .xlsx sein. Und die Datei sollte nicht größer als 2MB sein.

Alle Rohdaten (FAST-Q Dateien) sowie die analysierten Daten können über Ihr sicheres Online-Konto heruntergeladen werden.

Eurofins Genomics Europe Pharma and Diagnostics Products & Services Sanger/PCR GmbH
Jakob-Stadler-Platz 7
78467 Konstanz
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Bitte senden Sie aufgereinigte DNA/RNA bzw. Amplikons in 1,5 ml SnapCap Tubes (ohne Parafilm). Und kleben Sie den kostenfreien NGS Barcode quer auf das Tube.

Ab 92 Proben können Sie diese auch gerne in Platten schicken. Bitte verwenden Sie hierfür "Full-Skirted" PCR Platten (zBsp von Eppendorf oder Twin).

Für mehr Informationen und den Probenversand für Extraktionsproben lesen Sie auch unseren Sample Submission Guide.

(Im Bild werden Prepaid Sanger Barcodes verwendet, aber der Ablauf ist für die kostenfreien NGS Barcodes (blau) derselbe)

Leider nicht. Dieser Barcode wird für unsere internen Laborprozesse benötigt und ist wesentlich, um sicherzustellen, dass wir Ihre Proben so effizient wie möglich bearbeiten können. Vielen Dank für Ihre Mitarbeit!

Tolle Neuigkeiten! Wir arbeiten aktiv daran, Ihnen eine Prepaid-Lösung zu bringen, die in Kürze verfügbar sein wird!

Im Durchschnitt beträgt die Lieferzeit 5 - 7 Arbeitstage für alle Bakterien-Genome bis zu 7 Mb.

Es gibt mehrere Gründe, warum Ihre Ergebnisse von Ihren Erwartungen abweichen.

Um Ihre Ergebnisse zu interpretieren, werfen Sie einen Blick auf unser Problembehandlungshandbuch. Klicken Sie hier >>

Für jede Durchführung führen wir mehrere Qualitätskontrollmessungen durch, um den Erfolg der Bibliotheksvorbereitung und Sequenzierung zu bewerten. Wenn alle Messungen zufriedenstellende Ergebnisse anzeigen, werden wir Proben, die fehlgeschlagen sind, nicht erneut verarbeiten.

Gemäß den Spezifikationen von Oxford Nanopore für die v14 Library-Prep-Chemie und die derzeit in der bakteriellen Genomsequenzierung verwendeten R10.4.1-Flowcells übersteigt die Rohlesen-Genauigkeit 99%. Die Genauigkeit der endgültigen Assemblierung variiert je nach Abdeckung und Datenqualität. Im Allgemeinen führt eine höhere Abdeckung, die mehr Reads für den Konsensbau bedeutet, zu einer verbesserten Ergebnisgenauigkeit.

Dieser Service ist für eine klonale Population (eine einziger Stamm) von Bakterien konzipiert. Obwohl Sie Mischungen verschiedener bakterieller Stämme zur Sequenzierung einreichen können, geht dies mit einem gewissen Maß an Unsicherheit hinsichtlich des Assemblierungsergebnisses einher und erfolgt daher auf eigenes Risiko.

Wenn Sie an gemischten Proben interessiert sind, empfehlen wir die Nutzung eines unserer anderen Services:

- Mikrobiom-Profiling
- 16S-Volllängen-Sequenzierung
- INVIEW Resequencing von Bakterien
- Whole-Genome-Sequenzierung auf dem GridION (Illumina-Daten-Polishing möglich)

Wenn Ihre genomische DNA (gDNA)-Extraktion auch native Plasmid-DNA enthält, ist es wahrscheinlich, dass Sie Sequenzierungsreads für diese Plasmide erhalten. Im Allgemeinen werden DNA-Fragmente mit einer Größe von <1 kb während der Sequenzierung ausgeschlossen. Kleine, plasmidgroße Reads werden jedoch während der Assemblierung nicht herausgefiltert, daher besteht die Wahrscheinlichkeit, dass sie zu eigenen Plasmidassemblierungen beitragen, zusätzlich zur gDNA-Assemblierung.

Letztendlich hängt die Art der in Ihrer Probe enthaltenen DNA, die zu einer Assemblierung beiträgt, von der Gesamtqualität der Probe, der Abdeckung und dem relativen Vorkommen oder der Degradation jedes DNA-Typs ab.

Natürlich. Details zu unserem gesamten NGS ONT Portfolio finden sie hier>>

Die vorherrschenden Fehlermodi beim Oxford Nanopore-Sequenzieren umfassen Deletionen innerhalb von Homopolymer-Bereichen, Fehler, die an der zentralen Position der Dcm-Methylierungsstelle CCTGG oder CCAGG auftreten, sowie Fehler an der Dam-Methylierungsstelle GATC.

Bitte behandeln Sie diese Regionen daher besonders sorgfältig.

Für die DNA Präparation ist es ausreichend eine qualitativ hochwertige Säulenaufreinigung zu verwenden. Es wird keine "high molecular weight" DNA benötigt. 

• Um unser wettbewerbsfähiges Produkt anbieten zu können, bündeln wir verschiedene Proben in Flowcell-Läufen und verwenden Flowcells nach dem Waschen zwischen den Läufen erneut. Beide Verfahren sind Industriestandard und werden gemäß den Spezifikationen des Herstellers durchgeführt. 
• Durch das Barcode-Tagging und Pooling von Proben auf einer einzelnen Flowcell werden die Kosten gesenkt und die Nutzungseffizienz der Poren maximiert. Allerdings hat die Nanopore-Sequenzierung eine höhere Fehlerquote im Vergleich zur „traditionellen“ Next-Generation-Sequenzierung mit kurzen Reads, was zu Fehlinterpretationen in der Barcode-Sequenz und falscher Probenzusweisung/de-Multiplexierung mit einer Rate von bis zu 0,05% führen kann. Dieses Problem ist als Index-Hopping bekannt.
• Das Flowcell-Waschverfahren ist sehr effektiv, wobei nur bis zu 0,1% einer zuvor geladenen Probe eine nachfolgende Laufkontamination verursachen (bekannt als Carry-over-Kontamination), dennoch können einzelne kontaminierende Reads in Ihren Rohdaten auftreten.
• Es ist jedoch wichtig zu beachten, dass bei sowohl Index-Hopping als auch Carry-over eine Kontamination dieses Niveaus die endgültige Sequenzassemblierung wahrscheinlich nicht beeinflusst, da mehrere fein abgestimmte Reinigungs- und Filterungsschritte angewendet werden, vorausgesetzt, Ihre Probe erfüllt unsere Qualitäts- und Quantitätsstandards und liefert daher eine ausreichende Anzahl an qualitativ hochwertigen Amplikon-Reads. Es ist wichtig zu beachten, dass das Problem bei Assemblierungen mit geringer Abdeckung am auffälligsten ist (siehe ‚Was ist die Abdeckung?‘).
• Falls Kundenproben nicht unseren Spezifikationen entsprechen, werden die Proben auf eigenes Risiko des Kunden sequenziert, und wir übernehmen keine Haftung für mögliche Schäden.
• Wenn Sie Bedenken bezüglich Kontaminationen haben und insbesondere darüber, dass Reads Ihrer Proben in den Rohdaten anderer Kunden erscheinen, bieten wir die Möglichkeit, unsere Premium-ONT-Dienste zu nutzen, die die Verwendung einer dedizierten vollständigen Flowcell für einzelne Kunden beinhalten (mehr erfahren >>).

Leider nicht. Dieser Barcode wird für unsere internen Laborprozesse benötigt und ist wesentlich, um sicherzustellen, dass wir Ihre Proben so effizient wie möglich bearbeiten können. Vielen Dank für Ihre Mitarbeit!

Die vorherrschenden Fehlermodi beim Oxford Nanopore-Sequenzieren umfassen Deletionen innerhalb von Homopolymer-Bereichen, Fehler, die an der zentralen Position der Dcm-Methylierungsstelle CCTGG oder CCAGG auftreten, sowie Fehler an der Dam-Methylierungsstelle GATC.

Bitte behandeln Sie diese Regionen daher besonders sorgfältig.

Abhängig von der Sequenz Ihres Probenmaterials kann der Assembler gelegentlich Schwierigkeiten bei der Rekonstruktion der terminalen Enden von linearer DNA haben, was dazu führen kann, dass bis zu 10 Nukleotiden an den 3'- und/oder 5'-Enden Ihres Inserts fehlen.

Wenn Sie dieses Problem bei Ihren Proben feststellen, können Sie die Rohdaten von Ihrem Dashboard herunterladen und die Enden mit Ihrer bevorzugten Methode rekonstruieren.

Für jeden Lauf führen wir mehrere Qualitätskontrollmessungen durch, um den Erfolg der Bibliotheksvorbereitung und Sequenzierung zu bewerten. Wenn alle Messungen zufriedenstellende Ergebnisse zeigen, werden wir Proben, die fehlgeschlagen sind, nicht erneut bearbeiten.

Wir bieten keine spezifische Abdeckungsgarantie an. Die Anzahl der generierten Rohdaten kann erheblich je nach Probenqualität variieren. Erfolgreiche Proben, die in der erforderlichen Konzentration eingesendet werden, ergeben in der Regel eine Anzahl von Rohsequenzierungsdaten im Bereich von Dutzenden bis zu Hunderten (oder sogar Tausenden).

Die durchschnittliche Abdeckung Ihrer Probe ist im Ergebnisbericht HTML enthalten, wobei eine Abdeckung von über ~20x auf einen sehr genauen Konsens hinweist.

Unser Amplicon-Service ist auf eine Population von Molekülen ausgelegt, die klonal ist.

Was passiert, wenn Sie Mischungen einsenden?

Wenn Ihre Arten ausreichend unterschiedlich sind (zum Beispiel in Größe oder Sequenz stark unterschiedlich), wird der Ablauf zunächst versuchen, eine .fasta-Konsensdatei aus der am häufigsten vorkommenden Art zu erstellen. Es wird auch versucht, einen Konsens für andere Arten zu erstellen, deren Lesanzahlen mehr als 20% derjenigen der am häufigsten vorkommenden Art entsprechen. Letztendlich hängt es von der Gesamtqualität der Probe, der Abdeckung und der relativen Häufigkeit/Abbau jeder Art ab, welche Arten einen Konsens erzeugen.

Wie kann ich meine Amplicon-Mischung sequenzieren lassen?

Eurofins Genomics bietet ein umfangreiches Portfolio für die Sequenzierung von Amplicons. Sie werden definitiv den passenden Service für Ihre Bedürfnisse finden: Amplicon-Portfolio >>

• Um unser wettbewerbsfähiges Produkt anbieten zu können, bündeln wir verschiedene Proben in Flowcell-Läufen und verwenden Flowcells nach dem Waschen zwischen den Läufen erneut. Beide Verfahren sind Industriestandard und werden gemäß den Spezifikationen des Herstellers durchgeführt. 
• Durch das Barcode-Tagging und Pooling von Proben auf einer einzelnen Flowcell werden die Kosten gesenkt und die Nutzungseffizienz der Poren maximiert. Allerdings hat die Nanopore-Sequenzierung eine höhere Fehlerquote im Vergleich zur „traditionellen“ Next-Generation-Sequenzierung mit kurzen Reads, was zu Fehlinterpretationen in der Barcode-Sequenz und falscher Probenzusweisung/de-Multiplexierung mit einer Rate von bis zu 0,05% führen kann. Dieses Problem ist als Index-Hopping bekannt.
• Das Flowcell-Waschverfahren ist sehr effektiv, wobei nur bis zu 0,1% einer zuvor geladenen Probe eine nachfolgende Laufkontamination verursachen (bekannt als Carry-over-Kontamination), dennoch können einzelne kontaminierende Reads in Ihren Rohdaten auftreten.
• Es ist jedoch wichtig zu beachten, dass bei sowohl Index-Hopping als auch Carry-over eine Kontamination dieses Niveaus die endgültige Sequenzassemblierung wahrscheinlich nicht beeinflusst, da mehrere fein abgestimmte Reinigungs- und Filterungsschritte angewendet werden, vorausgesetzt, Ihre Probe erfüllt unsere Qualitäts- und Quantitätsstandards und liefert daher eine ausreichende Anzahl an qualitativ hochwertigen Amplikon-Reads. Es ist wichtig zu beachten, dass das Problem bei Assemblierungen mit geringer Abdeckung am auffälligsten ist (siehe ‚Was ist die Abdeckung?‘).
• Falls Kundenproben nicht unseren Spezifikationen entsprechen, werden die Proben auf eigenes Risiko des Kunden sequenziert, und wir übernehmen keine Haftung für mögliche Schäden.
• Wenn Sie Bedenken bezüglich Kontaminationen haben und insbesondere darüber, dass Reads Ihrer Proben in den Rohdaten anderer Kunden erscheinen, bieten wir die Möglichkeit, unsere Premium-ONT-Dienste zu nutzen, die die Verwendung einer dedizierten vollständigen Flowcell für einzelne Kunden beinhalten (mehr erfahren >>).

Nein leider nicht. Unser Protokoll für den Hochdurchsatz von Amplikons ist nur für doppelsträngige DNA ausgelegt.

Aber natürlich haben wir ein weiteres Produkt das jegliche kundenspezifische Anpassung zulässt. Hier erfahren sie mehr >>

Es hängt wirklich von der Probenqualität ab. Wir können den Deckungsgrad derzeit nicht garantieren. Eine ordnungsgemäß eingereichte gute Probe ergibt normalerweise Hunderte oder sogar Tausende von Sequenzierungs-Reads. Die Konsensabdeckung hängt davon ab, wie viele Reads Volllängen-Amplikons sind und wie viele, falls vorhanden, abgebaut sind.

Eine Abdeckung unter 20x kann ungenau zusammengesetzte Amplikonsequenzen enthalten. Die häufigsten Gründe für Abdeckungen mit niedriger Qualität sind im Abschnitt "Fehlerbehebung bei fehlgeschlagenen Proben" aufgeführt.

Eurofins Genomics Europe Pharma and Diagnostics Products & Services Sanger/PCR GmbH
Jakob-Stadler-Platz 7
78467 Konstanz
Germany

Bitte senden Sie aufgereinigte DNA/RNA bzw. Amplikons in 1,5 ml SnapCap Tubes (ohne Parafilm). Und kleben Sie den kostenfreien NGS Barcode quer auf das Tube.

Ab 92 Proben können Sie diese auch gerne in Platten schicken. Bitte verwenden Sie hierfür "Full-Skirted" PCR Platten (zBsp von Eppendorf oder Twin).

Für mehr Informationen und den Probenversand für Extraktionsproben lesen Sie auch unseren Sample Submission Guide.

(Im Bild werden Prepaid Sanger Barcodes verwendet, aber der Ablauf ist für die kostenfreien NGS Barcodes (blau) derselbe)

• Whole Genome Sequenzierung (WGS)
• Vollängen 16S Sequenzierung
• Amplikon Sequenzierung
• Whole plasmid Sequenzierung

Nein, dies wird nicht empfohlen. Optimale Ergebnisse können erzielt werden, wenn die Fragmentierung direkt vor der Bibliotheksvorbereitung durchgeführt wird. Wir empfehlen, unfragmentierte HMW-DNA zu senden, möglichst groß.

Diese Anweisungen zur Probenversendung gelten für ONT-Produkte (nicht ONT Lite) mit vollständigen "Flow Cells":

• Ganzgenomsequenzierung Premium
• Amplikonsequenzierung (auch komplexe Amplikone)
• 16S-Vollständige Mikrobiomsequenzierung

Bitte senden Sie aufgereinigte DNA/RNA bzw. Amplikons in 1,5 ml SnapCap Tubes (ohne Parafilm). Und kleben Sie den kostenfreien NGS Barcode quer auf das Tube.

Ab 92 Proben können Sie diese auch gerne in Platten schicken. Bitte verwenden Sie hierfür "Full-Skirted" PCR Platten (zBsp von Eppendorf oder Twin).

Für mehr Informationen und den Probenversand für Extraktionsproben lesen Sie auch unseren Sample Submission Guide.

(Im Bild werden Prepaid Sanger Barcodes verwendet, aber der Ablauf ist für die kostenfreien NGS Barcodes (blau) derselbe)

Wenn Sie ein ONT Lite-Produkt bestellen möchten (Gesamtplasmidsequenzierung, klonale Amplikonsequenzierung, bakterielles Genomsequenzieren bis zu 7 MB), sehen Sie bitte hier für ausführliche Richtlinien zur Probenabgabe ein: ONT Portfolio Probenversand >>

Eurofins Genomics Europe Pharma and Diagnostics Products & Services Sanger/PCR GmbH
Jakob-Stadler-Platz 7
78467 Konstanz
Germany

Bitte beachten: diese Addresse oben ist nicht korrect für ONT Lite Produkte!

Für ONT Lite können Sie entweder unsere Dropboxen verwenden oder Ihre Proben per Post an diese Adresse verschicken:

Eurofins Genomics
Sequencing Lab
Gottfried-Hagen-Straße 20
51105 Köln

Unser ONT Lite-Portfolio ist ein hochautomatisierter Hochdurchsatzprozess. Dies ermöglicht schnelle Durchlaufzeiten und günstige Preise.

Unser vollständiges ONT Lite-Portfolio finden Sie hier >>

Neben dem ONT Lite-Portfolio bieten wir äußerst flexible und anpassbare Dienstleistungen auf den GridION- und PromethION-Maschinen von Oxford Nanopore an. Dies reicht von Premium-Ganzgenomsequenzierung (z. B. große bakterielle Genome oder eukaryotische Genome) bis hin zur vollständigen 16S-Mikrobiomprofilierung oder nicht-klonalen / komplexen Amplikon-Sequenzierungsprojekten.

Um mehr über unsere Fähigkeiten zu erfahren, klicken Sie bitte hier >>

Das Custom Long-Read Amplicon Sequencing widmet Ihren Amplicons eine ganze Flow-Zelle. Dadurch ist diese Methode zeitaufwendiger und kostspieliger im Vergleich zum ONT Lite Clonal Amplicon Sequencing Service, aber sie ist in den folgenden Fällen besonders geeignet:

- Wenn Sie zusätzliche Dienste wie 16S Mikrobiom-Analyse, Unique Sequence Analysis, Variant Analysis, Sequence Cleaning, Host Removal oder die Lieferung von Pod5-Rohdaten benötigen.
- Wenn Ihre lineare DNA-Probe nicht klonal ist, sondern eine Mischung verschiedener Moleküle enthält.
- Wenn vollständige, end-to-end Reads ohne Fragmentierung erforderlich sind.
- Wenn eine höhere Anzahl an Sequenzier-Reads benötigt wird, die über das typische Output des ONT Lite Clonal Amplicon Sequencing Service hinausgeht.
- Wenn Sie alle Roh-Reads erhalten möchten, die aus Ihrer Probe generiert wurden.

Wir empfehlen, Ihre Amplicons mit kommerziell erhältlichen Kits auf Basis von DNA-bindenden Beads oder Säulen oder durch enzymatische Reinigung zu reinigen. Bitte schicken Sie keine Primer mit Ihren Proben oder vermischt in Ihren Proben.

Ja, wir führen eine Qualitätskontrolle der Menge der Amplicons durch