NGS Anwendungen

ONT Lite Genomsequenzierung

Genomsequenzierung von Bakterien / Hefen mittels Oxford Nanopore.

Optimiert für die präzise Sequenzierung und Assemblierung der genomischen DNA (gDNA) aus einer klonalen Population (ein individueller Stamm), bedient sich unser Service zur Genomsequenzierung fortschrittlichster "Long-Read"-Sequenzierungstechnologie von Oxford Nanopore Technologies (ONT).

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Anwendungen

De-novo-Assemblierung unbekannter Organismen (keine Referenzsequenz erforderlich)
Sequenzierung einer klonalen Population (eines einzelnen Stammes)

Spezifikationen

Sequenzierung mittels Oxford Nanopore GridION
Im Durchschnitt 30x Genom-Abdeckung
De novo Assemblierung und QC, Spezies-Identifikation, und Annotation
Prepaid Option ist vorhanden
Ab einer Probe
Schnelle Lieferzeiten, attraktiver Preis
Für alle bakteriellen Genome bis zu 12 Mb & Hefen

>> FAQ's bakt. wgs

>> trouble- shooting

>> Einlösen der coupons

>> Sequenzier- Accessories

Produktspezifikationen & Bestellung

Produktdetails

Bibliotheksvorbereitung (ohne Amplifikation); Verwendung der v14-Chemie
Sequenzierung mit Oxford Nanopore GridION (Flow Cell R10.4.1)
Datenoutput: durchschnittlich 30-fache Genomabdeckung (abhängig vom eingesetzten Material)
Bioinformatische Analyse (siehe Details unten)

Bioinformatische Analyse und Datenauslieferung

Für jede Probe des bakteriellen Genoms werden die folgenden Dateien bereitgestellt:

Datenanalysebericht im HTML-Format
FASTQ Rohdaten die der Konsensus-Sequenz zugeordnet werden können.
Assemblierte Genomsequenz in FASTA-Format
Kreisförmiges Genomdiagramm
Annotierte Genomsequenz aller Contigs im GENBANK-Format
Annotierte Genommerkmale im GFF3-Format
Tabelle der annotierten Merkmale, einschließlich der Nukleotidsequenz jedes Merkmals
Nukleotidsequenzen aller Gensequenzen im FASTA-Format
Aminosäuresequenzen aller annotierten Proteinsequenzen im FASTA-Format

Ihre Daten werden sicher über Ihr Ecom-Konto übermittelt.

Keine Auslieferung der Pod5 und FASTQ Dateien, die nicht zur Konsensus zuzuordnen sind.

Falls Sie die Pod5 oder auch FASTQ Dateien benötigen, die nicht der Konsensus-Sequenz zugeordnet werden können, dann kontaktieren Sie uns bitte bezüglich unseres Premium-Services.

Lieferzeit

Die Bearbeitungszeit für die Sequenzierung beträgt durchschnittlich

5 bis 7 Werktage für Bakterien bis 7 Mb
10 Werktage für Bakterien bis 12 Mb und Hefen.

Sie werden per E-Mail benachrichtigt, sobald Ihre Ergebnisse in Ihrem Ecom-Konto verfügbar sind.

Probenvorbereitung - und Versand

Bitte liefern Sie uns Ihre Proben in Konzentration und Volumen wie folgt:

Probentyp	Länge	Konzentration*	Min. Volumen
Bakterien	bis zu 7 Mb	30 ng/µl	20 µl
Bakterien	7 - 12 Mb	30 ng/µl	40 µl
Hefe		30 ng/µl	50 µl

*Bitte beachten: Proben die von unseren Konzentrationsanforderungen abweichen können dazu führen das kein Ergebnis erstellt werden kann. Es erfolgt keine Wiederholung der Probe bei falscher Konzentrations-Einstellung.

Für die DNA Präparation ist es ausreichend eine qualitativ hochwertige Säulenaufreinigung zu verwenden.

Bitte senden Sie uns Ihre Proben wie unten beschrieben:

Verwenden Sie 1,5ml „Safe Lock“-Tubes für Ihre Plasmide
Als Puffer für Ihre Proben verwenden Sie bitte Nuklease-freies Wasser oder Elutionspuffer (10 mM Tris, pH 8.5)
Bitte verwenden Sie keine spektrophotometrische Methode für die Quantifizierung (zBsp Nanodrop). Die Werte schwanken zu stark. Bitte verwenden Sie stattdessen eine fluormetrische Methode, wie zum Beispiel Qubit. Nur so kann eine gute Datenqualität am Ende sichergestellt werden.
Verkleben oder umwickeln Sie Ihre Tubes nicht mit Parafilm. „Safe Lock“-Tubes sind viel besser geeignet, denn sie schließen perfekt ab und schützen vor Verdunstung
Etikettieren Sie Ihre Proben mit unseren kostenfreien Barcode Labels. Bringen Sie das Etikett horizontal an

Wie und wohin Sie Ihre Proben versenden:

Nutzen Sie entweder eine DropBox in Ihrer Nähe zur kostenlosen Probenabholung oder einen Kurierdienst Ihrer Wahl
Für den Versand Ihrer Proben können Sie bequem eine unserer Versandoptionen nutzen
Um Ihre Proben sicher an uns zu senden, nutzen Sie unsere "Sample Paper Boxes" oder "Tube Bags"
Senden Sie Ihre Proben an unser Eurofins Genomics Sequenzierungslabor in Köln, Deutschland