Whole-Genome-Sequenzierung mit Long-Read-Sequenzierung. Geeignet für große DNA-Fragmentproben. Die neuartige Nanopore-Technologie wird verwendet, um sehr lange Sequenzen von mehreren Kilobasen zu erhalten.
Anwendungen:
- Resequenzierung von ganzen Genomen
- Assemblierung von Genomen
- Identifikation von taxonomischem Hintergrund
- Metagenomische Analyse von Long-Reads
Besonderheiten:
- Wiederherstellung von Long-Reads von mehreren Kilobasen
- Verfügbar von einer Probe
Produktbeschreibung:
- Bibliotheksvorbereitung:
- Multiplexing möglich durch native ONT Barcodes
- Sequenzierung:
- Technologie: Oxford Nanopore
- Output-Read-Länge: Entsprechend der Fragmentlänge (kann bis zu mehreren kbp betragen)
- Durchsatz hängt von der Qualität der eingesendeten Probe ab
- Ca. Ausgabe: 7 Gb pro Flow-Cell (abhängig von DNA-Qualität und -Länge)
- Keine Datenmengen-Garantie pro Probe oder Flow Cell
- Lieferumfang:
- Rohdaten Nanopore-Sequenzierungs (FastQ)
- De-novo assemblierte Kontigs (FASTA)
- Zusätzliche bioinformatische Analyse verfügbar
| Anzahl Proben / Flow Cell |
Einzelprobe |
2 - 4 |
> 4 |
| Mindestmenge / Probe |
2000 ng |
1000 ng |
400 ng |
| Empfohlene Menge* / Probe |
4000 ng |
2000 ng |
800 ng |
| Min. Konzentration |
40 ng/µl (Fluorometer, zB. Qubit)
100 ng/µl (Spektrophotometer, zB. Nanodrop)
|
| Min. Volumen / Probe |
50 µl |
25 µl |
15 µl |
*Bitte seien Sie sich bewusst, dass das Laden der optimalen Menge an Bibliothek den Ertrag an generierten Sequenzdaten für ihre Proben maximieren wird. Das Laden von weniger oder von DNA niedriger Qualität wird einen nachteiligen Effekt auf die Gesundheit der Flow Cell und somit die Ausbeute haben.
Um den Versand von Proben mit potenziellen Verunreinigungen zu vermeiden, überprüfen Sie bitte die Absorptionsverhältnisse der Probe mit einem Spektrophotometer, z. B. Nanodrop:
OD 260/280: ~1,8
OD 260/230: 2,0-2,2
Die Längenverteilung der Reads ist stark abhängig von der Fragmentgröße der bereitgestellten genomischen DNA. Stellen Sie bitte sicher, dass die genomische DNA lange Fragmente mit einer begrenzten Anzahl von kurzen Fragmenten aufweist. Wir empfehlen, die Größe Ihrer DNA-Fragmente auf einem Gel oder einem Tapestation/Fragmentanalysator zu überprüfen.
Microbiome- oder Community-Analyse mit 16S-rRNA-Vollständigsequenzierung unter Verwendung der Oxford Nanopore-Sequenzierungstechnologie. Höhere taxonomische Auflösung durch Verfügbarkeit des gesamten 16S-rRNA-Gens.
Anwendungen
- Charakterisierung von Stämmen oder Gemeinschaften
- Identifizierung taxonomischer Hintergründe
- Metagenomische Analyse von langen Reads
Besonderheiten
- Höhere taxonomische Auflösung durch lange Fragmente, die bei kurzen Reads nicht verfügbar sind
- Verfügbar für 2-48 Proben
Details zu diesem Produkt finden sie hier >>
Sequenzierung großer und/oder repetitiver Amplicons.
Produktbeschreibung
Bibliotheksherstellung
- ONT-Adapterligation (Multiplexing hängt von der Amplicon-Größe und der bevorzugten Abdeckung ab, max. 96 Proben pro Flow Cell)
Sequenzierung
- Technologie: Oxford Nanopore
- Ausgabeleselänge: Gleich der Fragmentlänge (kann bis zu mehreren kbp betragen)
- Die Durchsatzleistung hängt von der Qualität der eingereichten Probe ab
- Ca. 7 Gb pro Flow Cell (abhängig von der DNA-Qualität und -Länge)
Lieferumfang
- Rohdaten der Nanopore-Amplicons (FastQ)
- Rohdaten der Nanopore-Sequenzierung (pod5) auf Anfrage erhältlich (zusätzliche Kosten)
- Bioinformatik auf Anfrage (z. B. Variantenanalyse VCF-Datei)
Erforderliche Eingabe (abhängig vom Multiplexing)
- OD 260/280: 1,8; OD 260/230: 2,0-2,2
- Max. Amplicon-Größe: 20 kb
- Für 1 Probe:
- Optimal: >25ng/μl in 60 μl
- Für 2-48 Proben:
- Der Größenbereich verschiedener Amplicons sollte ähnlich sein (+/-10 %)
- Optimal: >25ng/μl in 30 μl
Bestätigen Sie Ihre vollständigen Plasmide schneller, genauer und kostengünstiger als je zuvor. Die NGS der 3. Generation hat es möglich gemacht, ganze Plasmide in einem Bruchteil der Zeit und ohne den Aufwand des Entwurfs und der Synthese von Primern schnell zu sequenzieren.
Anwendungen
Die Sequenzierung des gesamten Plasmids mithilfe der NGS der 3. Generation ist eine leistungsstarke und genaue Methode zur Charakterisierung und Analyse von Plasmiden, die für eine Vielzahl von Anwendungen gut geeignet ist.
- Plasmid-Verifikation
- Resequenzierung des gesamten Genoms
- Genom-Assembly
- Identifizierung der taxonomischen Hintergründe
- Metagenom-Analyse langer Reads
- Und vieles mehr
Sie können diese Produkt hier bestellen >>
Spezifikationen
- Amplikongröße: 1 kb - 25 kb
- Kurze Lieferzeit
- Ab einer Probe
- Probenversand mittels Dropbox möglich
- Prepaid Option verfügbar
- Bioinformatische Analyse inkludiert
- Großartiger Preis
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Spezifikationen
- Sequenzierung auf Oxford Nanopore GridION
- Durchschnittlich 30-fache Genomabdeckung
- De-novo-Assemblierung und QC, Speziesidentifikation und Annotation im Paket enthalten
- Vorauszahlungsoption verfügbar
- Ab einer Probe
- Günstiger Preis, schnelle Bearbeitungszeit
- Für alle bakteriellen Genome bis zu 7 Mb
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