INVIEW Microbiome

Taxonomische Analyse von Bakterien:

• 16S V1-V3
• 16S V3-V4
• 16S V3-V5 

Taxonomische Analyse von Pilzen:

• ITS1
• ITS2

Taxonomische Analyse von Archaeen:

• 16S Region

Zusätzlich zu dieser Liste an Zielregionen, haben wir noch weitere Regionen für Sie in unserem Labor etabliert:

• 16S bacteria V4
• 16S bacteria V1-V3 (slightly other primer set then above)
• 16S bacteria V3-V4 (slightly other primer set then above)
• 16S bacteria V3-V5 (slightly other primer set then above)
  
• 16S bacteria V3-V6

• Fungi 18S
• ITS1  (slightly other primer set then above)
• ITS 2 (slightly other primer set then above)

• Plant rbcL
  
• Plant trnL
• plant ITS1

Wenn Sie an diesen Zielregionen interessiert sind, kontaktieren Sie bitte Ihren zuständigen Außendienstmitarbeiter.

Ziehen Sie andere Target Regionen vor?

Dann senden Sie uns ihre Amplikons und wir fügen die Indexe hinzu. Diese Option eröffnet Ihnen vollste Flexibilität und kosteneffizientes Outsourcing sämtlicher nachfolgender Prozesse.

DNA Extraction

Als Erweiterung des Basispaketes, kann zusätzliche die Isolierung hochmolekularer DNA aus verschiedensten Ausgangsmaterialien bestellt werden.

• Fermentierte Produkte, z.B. Käse, Joghurt
• Anreicherungs- und Starterkulturen
• Schleimhautabstriche
• Humane und tierische Stuhlproben
• Wasser- und Abwasserproben
• Erde (kein Sand, sandiger Boden oder Sedimente)
  
  

Bioinformatische Analyse

Falls benötigt, kann optional auch eine umfangreiche bioinformatische Analyse durchgeführt werden

• Prä-Prozessierung der Reads und Herausfiltern von chimären Reads
• Auswahl repräsentativer OTU Sequenzen ((operational taxonomical unit)
• Taxonomische Zuordnung und Abundanzabschätzung für alle OTUs bis hin zum Spezieslevel (wenn möglich)
• Normalisierte Abundanzschätzung bakterieller und archaeeller OTUs unter Einbezug individueller Kopienzahlen der Markergene

Hier haben wir alle wichtigen Informationen für Ihre InView Microbiome Profiling Bestellung zusammengefasst.

Generelle Informationen

• Keine der 16S oder ITS Primer Kombination ermöglicht die Amplifikation von allen Spezies. Es ist daher zu empfehlen, mehrere Primer Kombination zu verwenden um die komplette Mikrobiom Population zu analysieren (z.B. Ihrmark et al., 2012; Toju et al., 2012)
• Bitte beachten Sie, dass die 16S Primer auch die Loci von Pflanzenorganellen amplifizieren.

DNA Aufreinigung

• Bitte überprüfen Sie vor dem Einsenden von Proben, die eine DNA Aufreinigung benötigen, die Richtlinien in unserem "sample submission guide", um unnötige Wartezeiten (z.B. aufgrund zu geringer Probenmenge) zu verhindern.

Informationen bezüglich bioinformatischer Analysen

• Das Level taxonomischer Zuordnung der Reads (bis hin zur Spezies) ist von mehreren Faktoren abhängig: Proben- / Sequenzierqualität, Diversität innerhalb der Familie und die Datenbank, die für die Zuordnung verwendet wird. Deshalb kann es sein, dass nicht für alle gefunden Organismen eine Zuordnung bis hin zur Spezies, sondern eventuell nur zum Genus bzw. der Familie erfolgen kann.
• Die Sequenzierung erfolgt von beiden Seiten (paired-end), mit jeweils 300 bp. Allerdings beinhalten diese 300 Basen auch die Indices und am Ende Basen mit schlechter Qualität. Nach dem "Clipping" sind dier Reads deshalb ca. 40 bp kürzer (abhängig von der Proben- und Sequenzierqualität)
• Aufgrund des derzeitigen Primerdesign ist eine taxonomische Zuordnung von Cyanobakterien nicht möglich.

Weitere Informationen erhalten Sie auch über die FAQs.