Whole Plasmid Sequencing

• Bibliothekenherstellung (Amplifikations-frei, mit minimaler Fragmentierung), unter Verwendung der "Rapid Barcoding v14 Library Prep Chemie" von Oxford Nanopore Technologies
• Sequenzierung mittels des Oxford Nanopore GridION (FlowCell R10.4.1)

Bioinformatische Analyse inkludiert

• Datenanalyse-Report im HTML Format
• Assemblierte Plasmidsequenz mit Qualitätswert für jede Nukleotidposition
• Assemblierte Plasmidsequenz im FASTA Format
• Annotierte Plasmidsequenz im GENBANK Format
• Qualitätswert für jede Base
• Rohdaten der Plasmidsequenz als FASTQ Text-Dateien
• Annotierte "Feature" Tabelle, die die Nukleotidsequenz von jedem "Feature" in Tabellenformat enthält

Keine Auslieferung der Pod5 und FASTQ Dateien, die nicht zur Konsensus zuzuordnen sind.

Falls Sie die Pod5 oder auch FASTQ Dateien benötigen, die nicht der Konsensus-Sequenz zugeordnet werden können, dann kontaktieren Sie uns bitte bezüglich unseres Premium-Services.

Bitte liefern Sie uns Ihre Proben in Konzentration und Volumen wie folgt:

Bitte beachten: Proben, die unsere Konzentrationsanforderung nicht erfüllen, könnten bei der Sequenzierung fehlschlagen oder zu ungenauen Assemblierungen führen (Link zu FAQ). Fehlgeschlagene Proben aufgrund falscher Konzentrationseinstellung werden nicht wiederholt.

Probenanforderungen

• Probentyp: Klonale, zirkuläre, doppelsträngige Plasmid-DNA mit dem angegebenen Mindestvolumen und der spezifizierten Konzentration.
• Verwenden Sie kein NanoDrop zur DNA-Quantifizierung. Spektrophotometrische Methoden sind unzuverlässig – bitte verwenden Sie eine fluorometrische Methode wie Qubit für eine genaue Konzentrationsmessung.
• Resuspensionspuffer: Nukleasefreies Wasser oder Elutionspuffer (10 mM Tris, pH 8.5).
• Reinheit (OD260/280): 1,8–2,0
• Die Reinheit kann mit NanoDrop oder anderen spektrophotometrischen Methoden analysiert werden. Vermeiden Sie Ethanolverunreinigungen – bei Verwendung des Qiagen-Miniprep-Kits empfehlen wir den optionalen PB Puffer Waschschritt zur Erhöhung der Reinheit.

Format:

• Mit Barcode beschriftete 1,5 ml Eppendorf Safe-Lock Tubes
• Vermeiden Sie das Versiegeln der Tubes mit Klebeband oder Parafilm
• Bringen Sie unsere kostenlosen Barcode-Etiketten horizontal an, um ein einfaches Scannen zu ermöglichen

Versandmethode:

• Nutzen Sie den nächstgelegenen DropBox-Standort für eine kostenlose Probenabholung oder wählen Sie einen Kurierdienst Ihrer Wahl
• Sorgen Sie für einen sicheren Transport mit unseren zugelassenen Probenbeuteln und Versandboxen
• Versenden Sie alle Proben an unser Eurofins Genomics Sequenzierungslabor in Köln, Deutschland

Was ist ein WPS Premium Service?

Ihre Proben werden auf einer frischen Flow Cell analysiert, die ausschließlich für Ihre Proben verwendet wird (kein Pooling). Nach dem Lauf wird die Flow Cell entsorgt.

Wann sollte ich diesen Service bestellen?

Wie in unserem FAQ zum Thema Index-Hopping beschrieben, kann es während eines Laufs vorkommen, dass:

• Einige Einzelreads Ihrer Proben in andere Proben überlaufen.
• Einige Einzelreads aus anderen Proben in Ihre Proben überlaufen.

Um dies vollständig zu vermeiden, sollten Sie unseren Premium Service bestellen. Bei diesem Service verwenden wir eine Flow-Zelle ausschließlich für Ihre Proben und entsorgen sie direkt nach der Verwendung.

Wie kann ich den Premium Service bestellen?

Der Premium Service ist nur für Proben verfügbar, die in Platten eingesandt werden. Während der Bestellung markieren Sie bitte das Kästchen "Premium Service" auf der Bestellseite. Bitte beachten Sie, dass für diesen Service zusätzliche Kosten anfallen.