Sichern Sie sich Ihr Budget für später
Großartige Preise, schnelle Lieferzeiten und flexible Nutzung mit unseren neuen NGS Coupons
Next Generation Sequencing wird mehr und mehr eine Sanger-ähnliche Technologie, die regelmäßig im Laboralltag verwendet wird. Gerade auch für wenige Proben.
Als Marktführer im Bereich Sanger Sequenzierung wenden wir diese Strategie nun auch für NGS an - ein Vorausbezahl-System, das flexible eingesetzt werden kann.
Vorteile der NGS coupons
- Eine Rechnung für viele (kleine) NGS Projekte
- Flexible Einlösung – keine Barcode pro Anwendung, sondern pro Technologie
- Einfache Preisstruktur
- Reduzierte Preise für bestimmte Produkte
Verfügbare Coupons
Um alle Produkte abzudecken, die von Ihnen regelmäßig benötigt werden haben wir 6 verschiedene Coupons eingeführt, die sie ganz einfach als Bezahlmethode für Ihre nächste Bestellung einsetzen können.
Coupon Typ
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Inhalt |
Produkte |
| NovaSeq Sample Pack Coupon |
- Eine Bibliothek
- 5M Read Paare (2x150 bp) auf dem NovaSeq
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- INVIEW Transriptome Discover / Bacteria
- INVIEW Resequencing
- INVIEW Metagenome
- INVIEW CRISPR Check Adapter ligation
- NGSelect Amplicon Adatper ligation
- INVIEW Virus
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| NovaSeq Coverage Pack Coupon |
- 5M Read Paare (2x150 bp) auf dem NovaSeq
- Nur in Verbindung mit dem NovaSeq Sample Pack Coupon
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| Bioinformatics Analysis |
- Bioinformatische Analyse für das bestellte Produkt (siehe nächstes Tab)
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Alles außer Mikrobiom |
| MiSeq Sample Pack |
- Eine Amplikonbibliothek
- 60k Read Paare (2x300 bp) auf dem MiSeq
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- INVIEW CRISPR Check 2nd PCR
- NGSelect Amplicon 2nd PCR
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| Microbiome Coupon |
- Eine Amplikonbibliothek
- 60k Read Paare (2x300 bp) auf dem MiSeq
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- Microbiome Profiling 1 - 4 targets
- Microbiome 2nd PCR Projects
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| Microbiome BioIT Coupon |
- Mikrobiomanalyse (siehe nächstes Tab)
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Bitte beachten
Die Zusatzcoupons können nur in Verbindung mit den Basis Coupons verwendet werden:
Wichtige Informationen!
Ein Coupon - viele Möglichkeiten
NGS Bio-IT Coupon
Unser "NGS Bio-IT coupon" ist nicht nur für eine Datenanalyse verwendbar - sondern für mehrere - abhängig von dem Projekt das Sie dazu bestellt haben.
- Varianzanalyse: Erkennung und Annotation von Einzelnukleotid-Polymorphismen (SNPs) sowie Insertionen und Deletionen (InDels)
- De novo-Genomassemblierung
Analyse 1:
- Qualitätsbewertung der Sequenz
- Entfernen von qualitativ minderwertigen Basen, Adaptern, Primern u. a.
- Erstellung des taxonomischen Profils anhand der NCBI-Datenbank für Bakterien-, Archaeen-, Pilz-, Protozoen- und Virengenome
- Entfernen von Wirtssequenzen (gilt nur für Proben von Mensch, Maus oder Ratte)
Lieferumfang
- FastQ-Dateien (Sequenzen und Qualitätswerte)
- OTU-Tabellen (tsv) und Graphik (png) der OTU-Verteilung auf Phylum-, Genus- und Spezies-Ebene
- Interaktive Graphiken der OTU-Verteilung auf Spezies-Ebene (html)
- Tabellen (tsv) und Graphiken (png) der Diversitätsindizes der Spezien
Analyse 2:
- Eingehende Beurteilung der Sequenzqualität vor Durchführung der Metagenom-Annotation
- Entfernen von qualitativ minderwertigen Basen, Adaptern und Primern
- Entfernen von Wirtssequenzen
- Erstellung des taxonomischen Profils mithilfe der etablierten vorgefertigten MiniKraken-Datenbank, die aus vollständigen Bakterien-, Archaeen-, Pilz-, Protozoen- und Virengenomen in der RefSeq-Datenbank konstruiert wurde
- Screenen auf Virulenzfaktoren und Antibiotikaresistenzgene mit der Mvir-Datenbank
- KEGG – funktionelle Profilerstellung von Mikrobengemeinschaften mit Hilfe des integrierten Gen-Katalogs des menschlichen Darm-Mikrobioms (IGC)
Lieferumfang
Taxonomische Profilerstellung
- FastQ-Dateien (Sequenzen und Qualitätskennzahlen)
- OTU-Abundanztabellen (TSV) und -grafiken (PNG) für Phylum, Genus und Spezies
- Interaktive Graphiken der OTU-Verteilung auf Spezies-Ebene (html)
- Artendiversitätsindizes (TSV) und Diagramme (PNG)
- Rarefizierungs-Kurven (PNG)
Funktionale Profilerstellung
- KEGG-annotierte Tabellen (TSV) und Grafiken (PNG)
- Korrelationsdiagramme (PNG)
Resistenzprofilerstellung
- Virulenztabellen (TSV) und Grafiken (PNG)
- Korrelationsdiagramme (PNG)
Option 2:
- Halbautomatisches Mapping gegen eine Referenz
- Identifizierung und Quantifizierung von Transkripten
- Paarweiser Vergleich der Expressionsniveaus und Bestimmung von signifikanten Fold-Unterschieden
- Principal Component Analysis (PCA)
- Alternative Spleiß-Analyse baiserend auf bekannten/zur Verfügung gestellten Gen-Modellen für Eukaryoten
- Fusions-Gen Bestimmung
Ergebnisse
- Alignment-Datei (BAM)
- Genexpressionstabelle einschließlich FPKM-Wert (TSV)
- Kombinierte Genexpressionstabelle für alle Proben (TSV)
- Tabelle mit paarweise unterschiedlicher Genexpression, einschließlich Foldchange und p-Wert (TSV)
- Tabelle mit zwischen den Paaren unterschiedlich exprimierten Genen (TSV)
- Volcano plots (png)
- Tabelle der alternativen Spleiß-Ereignisse (tsv)
- Tabelle der fusionierten Transkripte/Gene (tsv)
- Umfassender Datenanalysebericht (PDF)
Analyse
Sortieren der Sequenzen nach Tags
-
- vom Kunden designte Tags
- von Eurofins Genomcis designte Tags
- CRISPR Mutationsanalyse
Mit der CRISPR Mutationsanalyse bewerten wir für Sie Mutationen, die Sie mit dem NHEJ Reperatursystem (non-homologous end joining) eingefügt haben. Die Pipeline untersucht Mutationsereignisse die auf einer einzigen Bruchstelle (cut site) beruhen.
- Qualitäts-Clipping und Merging der Rohreads
- Mapping auf die Zielregion(en) und Qualitätsfiltern der gemappten Reads
- Clustering der Reads und darauf basierte Identifizierung und Quantifizierung von NHEJ Ereignissen
- Quantifizierung der Mutationsraten und Leserahmenverschiebungen
- Für jede Probe und Zielregion erhalten Sie folgende Informationen:
- Sequenz des Wildtypallels und alternativer Allele inklusive deren Quantität
- Plots zur beobachteten Mutationsrate und Leserahmenverschiebung
- Rohdaten, Mapping und Coverage Statistiken
Lieferumfang
- Umfassender Bericht mit Abschnitten zu Ergebnissen und Methoden /li>
- Rohdaten als FASTQ Dateien
- FASTQ Sequenzen nach Qualitäts-Clipping und Merging
- Gemappte Reads im BAM Format (Rohreads und gefilterte Reads)
- Sequenz des Wildtypallels und alternativer Allele inklusive deren Quantität
- Metriken zu Rohdaten, Präprozessierungs-Daten, Mappingergebnisse und Coverage im CSV-Format
- Prä-Prozessierung der Reads und Herausfiltern von chimären Reads
- Auswahl repräsentativer OTU Sequenzen ((operational taxonomical unit)
- Taxonomische Zuordnung und Abundanzabschätzung für alle OTUs bis hin zum Spezieslevel (wenn möglich)
- Normalisierte Abundanzschätzung bakterieller und archaeeller OTUs unter Einbezug individueller Kopienzahlen der Markergene
- Mikrobielle Diversitätsanalyse - alpha & beta Diversitäts-Indizes
Ergebnisse
- OTU Tabelle (tsv)
- Graphische Repräsentation der taxonomischen Zuordnung (HTML)
- Mikrobielle Diversitäts-Tabelle (tsv)
- Umfassender Datenanalysebericht (PDF)
1 Coupon / Probe (dsDNA / RNA Virus)
• Mapping gegen eine Referenzsequenz
• Bestimmung von SNPs und InDels
• Annotation der detektierten SNPs und InDels (unter Verwendung von dbSNP)
• Allokation von Effekten auf Protein-Ebene (unter Verwendung von Ensembl)
Lieferumfang
• Alignment Datei (bam)
• SNP und InDel Tabellen, inklusive annotierter Varianten und Effekte (vcf, tsv, bed)
• Umfassender Datenanalyse-Bericht (pdf)