Die passende Antwort auf häufig gestellte Fragen
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Kann ich meine Proben auch ohne den kostenlosen Barcode schicken?
Leider nicht. Dieser Barcode wird für unsere internen Laborprozesse benötigt und ist wesentlich, um sicherzustellen, dass wir Ihre Proben so effizient wie möglich bearbeiten können. Vielen Dank für Ihre Mitarbeit!
Bietet Eurofins Genomics eine Prepaid Lösung für die Baktierelle Genomsequenzierung an?
Tolle Neuigkeiten! Wir arbeiten aktiv daran, Ihnen eine Prepaid-Lösung zu bringen, die in Kürze verfügbar sein wird!
Was ist die Lieferzeit für die Genomsequenzierung von Bakterien?
Im Durchschnitt beträgt die Lieferzeit 5 - 7 Arbeitstage für alle Bakterien-Genome bis zu 7 Mb.
Problembehandlungshandbuch für Ihre Ergebnisse
Es gibt mehrere Gründe, warum Ihre Ergebnisse von Ihren Erwartungen abweichen.
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Wird die Sequenzierung meiner Probe wiederholt, wenn die erste Sequenzierung fehlschlägt?
Für jede Durchführung führen wir mehrere Qualitätskontrollmessungen durch, um den Erfolg der Bibliotheksvorbereitung und Sequenzierung zu bewerten. Wenn alle Messungen zufriedenstellende Ergebnisse anzeigen, werden wir Proben, die fehlgeschlagen sind, nicht erneut verarbeiten.
Mit welchem Genauigkeitsniveau kann man bei den Ergebnissen der Sequenzierung des bakteriellen Genoms rechnen?
Gemäß den Spezifikationen von Oxford Nanopore für die v14 Library-Prep-Chemie und die derzeit in der bakteriellen Genomsequenzierung verwendeten R10.4.1-Flowcells übersteigt die Rohlesen-Genauigkeit 99%. Die Genauigkeit der endgültigen Assemblierung variiert je nach Abdeckung und Datenqualität. Im Allgemeinen führt eine höhere Abdeckung, die mehr Reads für den Konsensbau bedeutet, zu einer verbesserten Ergebnisgenauigkeit.
Ist es möglich, eine Mischung von bakteriellen Arten in einer Probe zu sequenzieren?
Ist es möglich, die nativen Plasmide meiner Bakterien zusammen mit ihrer genomischen DNA (gDNA) zu sequenzieren?
Wenn Ihre genomische DNA (gDNA)-Extraktion auch native Plasmid-DNA enthält, ist es wahrscheinlich, dass Sie Sequenzierungsreads für diese Plasmide erhalten. Im Allgemeinen werden DNA-Fragmente mit einer Größe von <1 kb während der Sequenzierung ausgeschlossen. Kleine, plasmidgroße Reads werden jedoch während der Assemblierung nicht herausgefiltert, daher besteht die Wahrscheinlichkeit, dass sie zu eigenen Plasmidassemblierungen beitragen, zusätzlich zur gDNA-Assemblierung.
Letztendlich hängt die Art der in Ihrer Probe enthaltenen DNA, die zu einer Assemblierung beiträgt, von der Gesamtqualität der Probe, der Abdeckung und dem relativen Vorkommen oder der Degradation jedes DNA-Typs ab.
Können Sie auch Genome sequenzieren, die größer als 7 Mb sind oder Genome, die linear oder mehrchromosomal sind?
Natürlich. Details zu unserem gesamten NGS ONT Portfolio finden sie hier>>
Wie sollen die Fehler bewertet werden, die ich einer Homopolymeregion oder an einer Dam- oder Dcm-Methylierungsstelle entdeckt habe?
Die vorherrschenden Fehlermodi beim Oxford Nanopore-Sequenzieren umfassen Deletionen innerhalb von Homopolymer-Bereichen, Fehler, die an der zentralen Position der Dcm-Methylierungsstelle CCTGG oder CCAGG auftreten, sowie Fehler an der Dam-Methylierungsstelle GATC.
Bitte behandeln Sie diese Regionen daher besonders sorgfältig.
Wie soll ich die genomische DNA aufreinigen?
Für die DNA Präparation ist es ausreichend eine qualitativ hochwertige Säulenaufreinigung zu verwenden. Es wird keine "high molecular weight" DNA benötigt.
Sind Kontaminationen zwischen Proben möglich (Index-Hopping oder Carry-over-Kontamination)?
- Um unser wettbewerbsfähiges Produkt anbieten zu können, bündeln wir verschiedene Proben in Flowcell-Läufen und verwenden Flowcells nach dem Waschen zwischen den Läufen erneut. Beide Verfahren sind Industriestandard und werden gemäß den Spezifikationen des Herstellers durchgeführt.
- Durch das Barcode-Tagging und Pooling von Proben auf einer einzelnen Flowcell werden die Kosten gesenkt und die Nutzungseffizienz der Poren maximiert. Allerdings hat die Nanopore-Sequenzierung eine höhere Fehlerquote im Vergleich zur „traditionellen“ Next-Generation-Sequenzierung mit kurzen Reads, was zu Fehlinterpretationen in der Barcode-Sequenz und falscher Probenzusweisung/de-Multiplexierung mit einer Rate von bis zu 0,05% führen kann. Dieses Problem ist als Index-Hopping bekannt.
- Das Flowcell-Waschverfahren ist sehr effektiv, wobei nur bis zu 0,1% einer zuvor geladenen Probe eine nachfolgende Laufkontamination verursachen (bekannt als Carry-over-Kontamination), dennoch können einzelne kontaminierende Reads in Ihren Rohdaten auftreten.
- Es ist jedoch wichtig zu beachten, dass bei sowohl Index-Hopping als auch Carry-over eine Kontamination dieses Niveaus die endgültige Sequenzassemblierung wahrscheinlich nicht beeinflusst, da mehrere fein abgestimmte Reinigungs- und Filterungsschritte angewendet werden, vorausgesetzt, Ihre Probe erfüllt unsere Qualitäts- und Quantitätsstandards und liefert daher eine ausreichende Anzahl an qualitativ hochwertigen Amplikon-Reads. Es ist wichtig zu beachten, dass das Problem bei Assemblierungen mit geringer Abdeckung am auffälligsten ist (siehe ‚Was ist die Abdeckung?‘).
- Falls Kundenproben nicht unseren Spezifikationen entsprechen, werden die Proben auf eigenes Risiko des Kunden sequenziert, und wir übernehmen keine Haftung für mögliche Schäden.
- Wenn Sie Bedenken bezüglich Kontaminationen haben und insbesondere darüber, dass Reads Ihrer Proben in den Rohdaten anderer Kunden erscheinen, bieten wir die Möglichkeit, unsere Premium-ONT-Dienste zu nutzen, die die Verwendung einer dedizierten vollständigen Flowcell für einzelne Kunden beinhalten (mehr erfahren >>).