Bei Proben mit stark degradierter DNA kann es sein, dass keine "Speziesidentifkation" möglich ist. Um falsch posistive Ergebnisse zu vermeiden, wird immer eine Negativkontrolle (Wasser) parallel zu den eigentlichen Proben prozessiert.
Mittels NGS kann jedes DNA Amplikon, das erfolgreich amplifiziert wird auch detektiert werden. Aufgrund der hohen Sensitivität der Methode, müssen Sequenzen, die nur sehr selten in der Probe vorkommen (low coverage) oder Sequenzen mit unerwarteter Sequenzlänge in der Datenanalyse entfernt werden, um falsch positive Ergebnisse, die durch PCR oder Sequenzierfehler entstanden sind, auszuschließen. Spezies, die durch weniger als 0,5% aller Reads abgedeckt werden, werden somit nicht in den PDF Report aufgenommen.