Mikrobiom-Profiling durch Next-Generation-Sequencing (NGS) ermöglicht die Detektion einer Vielzahl von Spezies, darunter:

• Bakterien: Alle bakteriellen Spezies mit veröffentlichten Sequenzen in der NCBI-Nukleotiddatenbank können identifiziert werden.
• Archaeen: Archaeenspezies, die in der NCBI-Datenbank vertreten sind, können ebenfalls detektiert werden.
• Pilze: Pilzarten können durch die Analyse der Internal Transcribed Spacer (ITS)-Regionen oder der 18S-Region identifiziert werden, sofern ihre Sequenzen in der NCBI-Datenbank verfügbar sind.
• Cyanobakterien: Derzeit ist die Identifizierung von Cyanobakterien aufgrund der Einschränkungen des bestehenden Primer-Setups nicht möglich. Falls Cyanobakterien ein zentraler Fokus Ihrer Studie sind, empfehlen wir die Verwendung alternativer Primer-Sets oder spezifisch entwickelter Methoden zur Amplifikation und Detektion.

Wichtige Hinweise:

• Auflösungsgrenzen: Nah verwandte Spezies mit nahezu identischen DNA-Sequenzen können möglicherweise nicht unterschieden werden. Die Ergebnisse beziehen sich typischerweise nur auf die Gattung- oder Familienebene.
• Probenqualität: Die Qualität der DNA und die spezifischen Zielregionen können die Detektionsmöglichkeiten beeinflussen.
• Datenbankabdeckung: Die Identifizierung von Spezies hängt von der Vollständigkeit und Genauigkeit der Referenzsequenzen in der NCBI-Datenbank ab.