Das Sortieren von Rohdaten gemäß Illumina Index Read ist inbegriffen. Der verwendete Index-Typ (Single Index oder Dual Index) sowie die entsprechenden Index-Sequenzen müssen vor dem Projektbeginn zur Verfügung gestellt werden.
Die Sortierung der Rohdaten nach kundenspezifischen Markierungen (Tags) zu Beginn des Reads kann gegen Aufpreis angeboten werden. Wir empfehlen dringend, die „lineare“ Barcode-Strategie zu vermeiden und stattdessen das Indexsystem von Illumina zu verwenden (d. h. die Barcodes werden in einem separaten Read gelesen und die Registrierung von Clustern wird nicht beeinträchtigt). Es ist unbedingt auf eine ausgewogene Basenzusammensetzung der Indizes zu achten, damit die Bildanalyse-Software die einzelnen Signale optimal unterscheiden kann.