Qualitätskontrolle bei der Amplicon-Generierung und Sequenzierung

• Amplicon-Generierung als primäre Eingangskontrolle: Obwohl unsere PCR-Bedingungen optimiert sind, hängt der Erfolg der Amplicon-Generierung stark von der Menge an bakterieller, archaeeller oder pilzlicher DNA in der Probe ab.
• Qualität der DNA-Extraktion: Wenn wir die DNA extrahieren, wird die Menge der extrahierten DNA mittels Spektrophotometrie bewertet.

Erste Bewertung: Falls kein Amplicon generiert werden kann oder das generierte Amplicon sehr schwach ist, deutet dies stark darauf hin, dass der DNA-Gehalt möglicherweise unzureichend ist.

Negative Kontrollen:

Jede Charge enthält negative Kontrollen (steriles Wasser), um potenzielle Kontaminationen während der Probenvorbereitung zu erkennen.

Qualitätsbewertung der Sequenzierung:

• Überwachung der Lesequalität: Nach der Sequenzierung wird die Qualität der Reads anhand von Metriken wie Q-Scores bewertet, um potenzielle Probleme mit der Sequenziergenauigkeit zu identifizieren.
• Filterung von niedrigqualitativen Reads: Niedrigqualitative Reads und Adapter-Sequenzen werden während der bioinformatischen Analyse entfernt, um die Datenqualität zu verbessern.