INVIEW Transcriptome Discover -
Für Neuartige Transkripte & Spleißvarianten

Unsere Standard-RNA-Seq-Analyse-Pipeline bietet einen umfassenden Ansatz zum Verständnis der Genexpression, beginnend mit der Qualitätsbewertung der Sequenzierungsdaten. Die Reads werden an einem Referenzgenom ausgerichtet (Alignment), quantifizieren Transkripte und normalisieren gene counts", gefolgt von einer Hauptkomponentenanalyse (PCA), um die Beziehungen zwischen den Proben zu visualisieren und Ausdrucksmuster zu identifizieren. Schließlich identifizieren wir differenziell exprimierte Gene durch Signifikanztests und erstellen detaillierte Berichte und Visualisierungen – einschließlich Heatmaps, Vulkanplots und verschiedenen QC-Metriken – um Forschern aussagekräftige biologische Einblicke zu ermöglichen.

Optionale RNA-Seq-Analysepakete:

• Alternative Splicing (AS) Analyse: Diese Analyse ist für Designs mit Replikaten in einem Fall-gegen-Kontroll-Setup verfügbar und bietet eine detaillierte Ansicht der alternativen Spleißereignisse, die in den Proben auftreten.
• Genfusion-Analyse: Diese Analyse ist ab einer einzelnen Probe verfügbar und bietet eine detaillierte Ansicht der Genfusionen, die in den Proben auftreten.
• Variantenerkennung und deren Auswirkungen auf die Proteinveränderung: Diese Analyse ist ab einer einzelnen Probe verfügbar und bietet eine detaillierte Ansicht der Varianten, die in den Proben auftreten und deren Auswirkungen auf die Proteinfunktion.
• Gene Set Enrichment Analysis (GSEA): Dieser fortschrittliche bioinformatische Analysedienst nutzt die Gene Set Enrichment Analysis (GSEA), um biologische Wege und Gen-Sets zu identifizieren, die in differenziell exprimierten Genen signifikant angereichert sind. Diese Analyse bietet ein tieferes Verständnis der biologischen Prozesse und Wege, die durch die Veränderungen in der Genexpression betroffen sind.

Für den optionalen RNA-Isolationsservice, bitte beachten Sie unseren „Leitfaden zur Probenvorbereitung und zum Versand für die Extraktion“.

Wir akzeptieren keine Proben mit einem höheren Biosicherheitsniveau als S2. GVOs werden nur mit S1-Level akzeptiert.

• Eingangs-QC der RNA-Qualität und RNA-Menge
• Illumina-kompatible strang-spezifische RNA-Seq-Bibliotheksvorbereitung unter Verwendung von Unique Dual Indexing
• Technologie: Illumina NovaSeq 6000 oder NovaSeq Xplus
• Lauftyp: paired-end
• Leselänge: 2 x 150 bp
• Garantierte Datenausgabe für vordefinierte oder flexible Lesepakete (Vielfache von 5 Mio. Lese-Paaren), je nach Bedarf empfehlen wir 20-30 Millionen Read Paare für große Genome (z.B. Mensch, Maus) und 15-20 Millionen Read Paare für mittlere Genome (z.B. Hefe).

• Probentyp: gesamt RNA (DNA-free)
• Reinheit (OD260/280): 1.8-2.2
• Empfohlener RIN: ≥5.0
• Resuspensions-Puffer: Nuklease-freies Wasser oder Tris-HCL Puffer (pH 7.5 to pH 8.0)
• Format: Barcode-markierte 1,5 ml Safe-Lock-Röhrchen; oder für > 48 Proben in Eppendorf twin.tec PCR Plate 96, full-skirted, Positionen G12 & H12 leer lassen
• Versandmethode: Trockeneis, bitte kontaktieren Sie uns bzgl empfohlener RNA Stabilisierungs-Röhrchen, um RNA bei Raumtemperatur schicken zu können

RNA Aufreinigungs-Methode: 

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* nur für eukaryotische Proben

• Eukaryotische Standard-Library – mRNA wird poly-(A)-angereichert und fragmentiert. Die cDNA-Synthese erfolgt durch Random Priming mit Hexameren.
• Prokaryotische Standard-Library – rRNA wird durch Ribo-Abreicherung entfernt. Die cDNA-Synthese erfolgt durch Random Priming mit Hexameren.
• 3'-Fragment-Library – RNA wird zunächst fragmentiert, dann wird die poly(A)+-mRNA angereichert. In dieser Library wird jedes Transkript nur durch ein kurzes 3'-Fragment repräsentiert; dies ergibt eine sehr tiefe und effiziente Expressionsanalyse.
• Library mit FFPE-RNA – RNA-Isolierung aus Formalin-fixierten, Paraffin-eingebetteten (FFPE)-Proben mit optimierter Ribo-Abreicherung für eine zuverlässige Genexpressionsanalyse und SNP-Erkennung.
• Strangspezifische Library – Markierung des zweiten Strangs mit dUTP dient der Erhaltung strangspezifischer Informationen während der Weiterverarbeitung

• Illumina
• 150 bp Paired-End-Reads
• 30 Millionen Read Pairs garantiert

• Alle Details zu unserer Bioinformatischen Analyse finden Sie hier >>

15 Werktage für bis zu 192 Proben

20 Werktage für bis zu 400 Proben