PlateSeq Supreme

Plasmid DNA, gereinigte PCR Produkte & Premixed Proben (Mischungen aus DNA und Primer):

• Verwenden Sie entweder unser PlateSeq Kit für aufgereinigte DNA oder unseren PlateSeq Kit Mix für Ihre Premixed Proben
• Alternativ können Sie auch unsere 96well PCR-Platte verwenden (erhältlich unter Plattenzubehör)
• Eine Platte kann gleichzeitig Plasmid DNA und aufgereinigte PCR Produkte enthalten
• Es muss eine Normalisierung der DNA-Konzentrationen über die gesamte Platte erfolgen
• Bitte halten Sie eine Plattenposition für die interne Qualitätskontrolle frei
• Schicken Sie uns Ihre DNA-Proben flüssig mit einem Gesamtvolumen von je 15 µl
• Verschließen Sie Ihre Platten mit 8-Cap Strips, um Materialverluste zu verhindern
• Falls Sie Ihre eigenen Platten verwenden wollen, verwenden sie bitte vollumrandete PCR Platten und bestellen Sie bitte unsere PlateSeq Labels um diese zu kennzeichnen.
• Versenden Sie die Proben bei Raumtemperatur an unser Sequenzierlabor

Quantifizieren Sie die Template-Konzentration mittels Agarosegel oder Photometer zur Sicherstellung präziser Ergebnisse. 

Premixed Proben (Mischungen aus DNA und Primer):

• Templates sollten aus 15 µl aufgereinigter DNA in einer der in der obigen Tabelle angegebenen Konzentrationen bestehen
• Fügen Sie 2 µl Primer mit einer Konzentration von 10 pmol/µl hinzu
• Das Gesamtvolumen Ihrer voreingestellten Probe muss 17 µl betragen

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Ungereinigte PCR Produkte

• Verwenden Sie entweder unser PlateSeq Kit für ungereinigte PCR Produkte oder eine 96well FrameStar® PCR-Platte* (erhältlich unter Plattenzubehör)
• Es muss eine Normalisierung der DNA-Konzentrationen über die gesamte Platte erfolgen
• Die Fragmentgröße ungereinigter PCR Produkte sollte sich nicht um mehr als den Faktor Drei voneinander unterscheiden
• Bitte halten Sie eine Plattenposition für die interne Qualitätskontrolle frei
• Schicken Sie uns Ihre DNA-Proben flüssig mit einem Gesamtvolumen von je 15 µl
• Verschließen Sie Ihre Platten mit 8-Cap Strips, um Materialverlust zu verhindern
• Falls Sie eigene Platten verwenden, bestellen Sie bitte unsere PlateSeq Labels um diese zu kennzeichnen.
• Versenden Sie die Proben bei Raumtemperatur an unser Sequenzierlabor

Quantifizieren Sie die Konzentration mittels Agarosegel um die Präsenz von DNA sicherzustellen.

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Plasmidklone - Stichkulturen in Agar:

• Verwenden Sie entweder unser PlateSeq Kit für Plasmidklone oder unsere Agarplatten inkl. entsprechendem Antibiotikum
• Picken Sie jede einzelne Kolonie mit einem sterilen Zahnstocher aus der Agarschale und beimpfen Sie jeweils einen Well mit einer Kolonie
• Bedecken Sie die Platte mit einem Deckel und umwickeln Sie sie lose mit Folie
• Inkubieren Sie die Platte 8 – 12 Stunden (über Nacht) bei 37°C
• Falls Sie eigene Platten verwenden, bestellen Sie bitte unsere PlateSeq Labels um diese zu kennzeichnen.
• Versiegeln Sie die Platte mit einer selbstklebenden Plastikfolie und schicken Sie uns Ihre Stichkulturen bei Raumtemperatur

Plasmidklone – Glyzerinkulturen:

• Verwenden Sie ausschließlich transparente 96well Mikrotiterplatten mit einem Fassungsvolumen von 350µl/Well
• Füllen Sie jedes Well mit 200µl flüssigem Medium (z.B. LB-Medium) inkl. entsprechendem Antibiotikum und fügen Sie 40 µl Glyzerin hinzu (erforderliche Glyzerinkonzentration: 10-20%)
• Schicken Sie uns flüssige Kulturen ausschließlich in Glyzerin!
• Picken Sie jede einzelne Kolonie mit einem sterilen Zahnstocher aus der Agarschale und beimpfen Sie jeweils einen Well mit einer Kolonie. Oder transferieren Sie Klone aus bereits eingelagerten Glycerinkulturen mittels Multi-Kanal-Pipette in eine frisch hergestellte 96 well Glycerinplatte
• Bedecken Sie die Platte lose mit einem Deckel und inkubieren Sie sie 8 – 12 Stunden bei 37°C
• Achten Sie darauf, dass die Plattenoberfläche trocken ist, bevor Sie die Platte sehr dicht mit Klebefolie versiegeln, um Materialverluste zu verhindern
• Kennzeichnen Sie die Platte mit Ihrer Auftragsnummer und dem Plattennamen auf dem Plattenrahmen
• Frieren Sie die Platte bei - 80°C ein
• Versenden Sie die Glyzerinkulturen auf ausreichend Trockeneis zur Konservierung Ihrer Proben

Profitieren Sie von größtmöglicher Flexibilität für Ihre Sequenzier-Primer

Dank unserer hauseigenen DNA-Synthese, unserer umfassenden Bioinformatik-und IT-Expertise haben Sie die freie Wahl, wie Sie uns Ihre Sequenzier-Primer zukommen lassen:

• Mehr als 80 Standard Primer stehen Ihnen zur Verfügung
  Wählen und verwalten Sie Ihre bevorzugten Standard Primer aus einer Liste von 80 validierten Primern.
• Designen Sie Ihre eigenen Sequenzier-Primer
  Verwenden Sie unser Sequenzier Primer Design Tool für Ihre forward und reverse Primer die Sie anschließen einfach bestellen können.
• Bestellen Sie Ihre eigenen Sequenzier-Primer
  Bestellen Sie die Synthese benötigter Primer direkt zu Ihrer Sequenzierung. Wir bewahren diese Primer 4 Wochen für Sie auf (Ein Jahr Aufbewahrung auf Anfrage). In diesem Zeitraum können Sie sie jederzeit bequem wiederverwenden.
• Schicken Sie uns Ihre eigenen Sequenzier-Primer
  Sie können uns Ihre Sequenzier-Primer in separaten Tubes gemeinsam mit Ihrer Proben schicken. Verwenden Sie dafür unsere kostenlosen Primer Barcodes. Beigefügte Primer werden 10 Tage gelagert.
• Voreingestellte Primer mit DNA-Template
  Sie können Primer auch direkt zu Ihrem DNA-Template dazugeben und uns als DNA / Primer - Gemisch senden.

Bitte beachten Sie die optimalen Primerbedingungen, Konzentration und Volumen wie unten beschrieben.

Optimale Primer-Bedingungen:

• Primer dürfen weder Phosphorylierung noch Fluoreszenzfarbstoffe enthalten
• Die optimale Primerlänge liegt zwischen 16 und 25 Basen
• Die Schmelztemperatur des Primers sollte 50 - 62°C betragen
• Der GC-Gehalt des Primers sollte bei 35-60% liegen
• Idealerweise sollte ein G oder C am 3’-Ende liegen
• Die Anzahl der 3' Gs oder Cs sollte nicht größer als 2 Gs oder Cs sein
• Wenn möglich, vermeiden Sie >3 identische Basen hintereinander in der Sequenz

Primer-Konzentration und -Volumen:

• Pro Sequenzierreaktion werden exakt 10 pmol/µl Primer-Konzentration benötigt
• Jeder Primer muss ein Gesamtvolumen von 20 µl (in bi-destilliertem Wasser oder 5mM Tris-HCl) haben; für jede weitere Sequenzierreaktion sind 2 µl Primer-Volumen erforderlich. 5 µl für den TubeSeq NightXpress.
• Die Konzentration von Primern mit Wobbles muss nach folgender Formel berechnet werden: n^X x ConcPrimer
  n = Anzahl Basen im Wobble gem. IUPC-Code, X = Anzahl Wobbles in der Primer-Sequenz. [e.g. 1 V (AGC) = 3¹ x 10 pmol/µl; 2 Y (CT) (CT) = 2² x 10 pmol/µl; 1 N (AGCT) = 4¹ x 10 pmol/µl ]

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Aufbewahrung von Proben und Primer:

• Lagerung der DNA für 4 Wochen
• Kostenlose Lagerung von synthetisierten Primern für 4 Wochen
• Aufbewahrung von synthetisierten Primern für ein Jahr gegen Aufpreis
• Kostenlose Lagerung von beigefügten Primern für 10 Tage
• Aufbewahrung von beigefügten Primern für 6 Monate gegen Aufpreis

Datenspeicherung:

• Sichere Online-Archivierung aller ausgewählten Sequenzdaten für 6 Monate

Definition technische Ursachen

Ein technischer Fehler ist als ein chemischer oder technischer Defekt (IT, Maschinen) in unserem Labor definiert. Um zu gewährleisten, dass die Qualität der Sequenzierung einer Platte nicht von einem technischen Fehler betroffen ist, wird bei jeder Platte eine interne Qualitätskontrolle durchgeführt (Well H12 sollte zu diesem Zweck leer gehalten werden, ansonsten kann eine Qualitätskontrolle erfolgen). Darüber hinaus analysiert eine hochentwickelte Software jede einzelne Platte unter Berücksichtigung verschiedener Parameter wie Qualitätswerte (QV) und Leselängen. Falls diese Parameter einen bestimmten Wert pro Platte unterschreiten wird eine zusätzliche manuelle Überprüfung durchgeführt. Wenn durch diese manuelle Prüfung ein technischer Fehler bestätigt wird, wird die Platte neu sequenziert.

Wichtige Information:

Die angegebenen Lieferzeiten hängen hauptsächlich von der Ankunftszeit der Proben im Labor ab.

Für viele europäische Städte bieten wir koordinierte Abhol- und Transportdienste mit Eurofins DropBoxen an, um eine pünktliche Lieferung im Labor zu gewährleisten.

Diese Logistikdienstleistungen können jedoch auch höherer Gewalt oder unvorhersehbaren Änderungen unterliegen, wie z.B. Streiks, Unfälle, Stürme, Überschwemmungen. In solchen Fällen kann Eurofins Genomics die angegebene Datenlieferzeit nicht garantieren und ist nicht verantwortlich für Verzögerungen, die durch Logistikdienste verursacht werden.

Zusätzlich gelten unsere Allgemeinen Geschäftsbedingungen (AGB).