Die passende Antwort auf häufig gestellte Fragen
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Welches INVIEW Transkriptom-Paket empfehlen Sie für welchen Anwendungsbereich?
Dies hängt von vielen Faktoren ab, wie u. a. von der Art der Gewebes, der Probenqualität, dem Entwicklungsstadium, den vorhandenen Sequenzen usw.. Entnehmen Sie bitte der Tabelle unter „Produktspezifikationen“ Ihre optimale INVIEW Transcriptome-Lösung. Die dort angegebenen geschätzten Read-Anzahlen beziehen sich auf humane Proben. Alternativ können Sie uns kontaktieren, um Ihr Projekt mit uns zu besprechen. In bestimmten Fällen ist es möglicherweise ratsam, mit Hilfe eines Testlaufs zu ermitteln, wie viele Reads für Ihren speziellen Zweck oder Organismus benötigt werden.
Das INVIEW Transcriptome Discover verwendet eine strangspezifische RNA-Library kombiniert mit 150 bp Paired-End-Sequenzierung von Illumina. Somit empfiehlt sich das Paket für die Erkennung von differenziell exprimierten Genen, seltenen und neuen Transkripten sowie für die Entdeckung von Spleißvarianten. Darüber hinaus ermöglichen die Informationen über die Orientierung des Transkripts eine präzisere Bestimmung von Struktur und Genexpression.
Das INVIEW Transcriptome Bacteria beinhaltet 10 Millionen Reads / Read Paare und ist somit günstiger als das INVIEW Transcriptome Explore / Discover. 10 Millionen Reads / Read Paare sind aber für die meisten Untersuchungen bakterieller RNA völlig ausreichend.
Das INVIEW Transcriptome Ultra Low ist speziell für Projekte mit nur sehr sehr wenig Ausgangsmaterial entwickelt.
Brauche ich eine genomische Referenzsequenz?
INVIEW Transcriptome Discover:
Nicht unbedingt. Sollten Sie jedoch eine Referenz haben, nehmen Sie bitte die folgenden Empfehlungen unten zur Kenntnis.
INVIEW Transcriptome Bacteria / Ultra Low:
Ein klar definierter Ensembl-Name (z. B. GRCh37 oder Rnor_5.0) für die annotierte genomische Referenzsequenz muss vor Projektbeginn zur Verfügung gestellt werden. Alternativ kann die Genomsequenz in Fasta bereitgestellt werden (zusammen mit der entsprechenden Annotation im Gene Transfer Format (GTF) oder im GenBank-Format, einschließlich Annotation).
Welche Ausgangsmaterialien werden akzeptiert?
Zur Erstellung von Libraries für die Sequenzierung kann Gesamt-RNA aus Gewebe, Zellen oder Körperflüssigkeiten von eukaryotischen oder prokaryotischen Organismen verwendet werden. Zusätzlich zu aus frischem Gewebe isolierter RNA kann auch RNA aus FFPE-Proben analysiert werden. RNA-Isolation kann als Zusatzleistung angeboten werden. Bei Fragen zu Ausgangsmaterial aus anderen Quellen sprechen Sie uns bitte an.
Für das INVIEW Transcriptome Ultra Low können wir keine Zellen in Zellkultur annehmen. Desweiteren können wir hier nicht garantieren, das genug RNA extrahiert werden kann.
Wieviel Ausgangsmaterial wird benötigt?
Informationen über die für spezielle Methoden der Library-Erstellung benötigte RNA-Menge und -Konzentration finden Sie in Ihrem Angebot – oder Sie wenden sich an uns. In der Regel benötigen wir für optimale Ergebnisse 150 ng hochwertige RNA (bis zu 15 μl / optimale Konzentration 6 - 50 ng / μl (maximale Konzentration 200 ng / μl) mit einer OD 260/280 von 1,8 – 2,0 und einer OD 260/230 von 2,0 – 2,2. Möglicherweise kann mit weniger Material begonnen werden, doch dies hängt in hohem Maß von der Qualität des Materials und der gewünschten Library ab.
Die Qualität und Quantität des bereitgestellten Ausgangsmaterials sind für den Erfolg der Probenvorbereitung entscheidend. Bei Verwendung von zu wenig oder degradiertem, kontaminiertem oder anderweitig geschädigtem Ausgangsmaterial kann die Folge ein sehr niedriger Ertrag, eine fehlgeschlagene Probenvorbereitung sowie eine beeinträchtigte Qualität und Quantität der Sequenzierungsergebnisse sein.
Für das INVIEW Transcriptome Ultra Low:
Mindestens 0.15 ng/µl (in min. 10 µl). RIN > 6.5
Kann eine RNA-Isolation angeboten werden?
Eurofins Genomics bietet RNA-Isolation als Zusatzleistung an. Wir haben die Protokolle zur Extraktion von qualitativ hochwertiger RNA aus mehreren Probenarten und Ausgangsmaterialien erfolgreich optimiert. Weitere Informationen zur RNA-Isolation finden Sie in den Produktspezifikationen – oder lassen Sie sich von uns direkt beraten: Wir besprechen mit Ihnen mögliche Methoden der Probenvorbereitung für Ihre individuellen Anforderungen.
Welche Ausgangsmaterialien und Ziele sind zur Durchführung der rRNA-Abreicherung am besten geeignet?
a) Für Eukaryoten: Eine rRNA-Abreicherung empfiehlt sich für teilweise degradierte RNA oder bei Sequenzierung der RNA ohne Poly-A-Schwanz.
b) Für Prokaryoten empfehlen wir generell eine rRNA-Abreicherung, da eine poly-(A)-Anreicherung von prokaryotischen Transkripten nicht durchführbar ist.
Eine rRNA-Abreicherung kann bei Eurofins Genomics angefordert werden. Alternativ können Sie uns eine bereits rRNA-abgereicherte/mRNA-angereicherte RNA als Ausgangsmaterial zur Verfügung stellen (20 ng pro Probe (bis zu 15 µl / Konzentration >1,4 ng/µl)). Weitere Informationen finden Sie in den Produktspezifikationen
Wie effizient ist die rRNA-Abreicherung?
Die Effizienz der RNA-Entfernung richtet sich nach dem Organismus, der Zusammensetzung und der Qualität Ihrer Proben-RNA. Bei stark degradierter RNA kann eine Ribo-Abreicherung weniger effizient sein.
Soll ich mein Ausgangsmaterial auf Trockeneis verschicken oder ist Raumtemperatur ausreichend?
RNA muss auf Trockeneis versandt werden, sofern sie nicht mit Ethanol ausgefällt wurde. Gewebe/Zellkulturen müssen in flüssigem Stickstoff oder Trockeneis schockgefroren und auf Trockeneis versandt werden. Alternativ kann frisches Material in „RNAlater“ (z. B. von Ambion, SIGMA oder QIAGEN) stabilisiert und bei Raumtemperatur versandt werden. Bitte prüfen Sie im Voraus, ob der von Ihnen beauftragte Kurier Trockeneisversand anbietet.
Was soll ich tun, wenn meine Probe die Eingangs-QC nicht besteht?
Sollten die Menge, Konzentration oder Qualität des Ausgangsmaterials die Voraussetzungen für die Weiterverarbeitung nicht erfüllen, werden wir Sie kontaktieren und mit ihnen das weitere Vorgehen besprechen. Sofern möglich, wird Eurofins Genomics dann zusätzliche Vorverarbeitungsschritte zur Optimierung der Probenqualität empfehlen.
Wo und in welcher Form erhalte ich meine Ergebnisse?
Alle Rohdaten (FAST-Q Dateien) sowie die analysierten Daten können über Ihr sicheres Online-Konto heruntergeladen werden.
Welche Art von BioIT bieten Sie an?
Eine kostengünstige, hochwertige bioinformatische Analyse einschließlich Datenfilterung und QK ist optional für jedes Paket erhältlich.
Wohin soll ich meine Proben schicken?
Eurofins Genomics Europe Pharma and Diagnostics Products & Services Sanger/PCR GmbH
Jakob-Stadler-Platz 7
78467 Konstanz
Germany
Wie soll ich meine Proben verschicken?
Bitte senden Sie aufgereinigte DNA/RNA bzw. Amplikons in 1,5 ml SnapCap Tubes (ohne Parafilm). Und kleben Sie den kostenfreien NGS Barcode quer auf das Tube.
Ab 92 Proben können Sie diese auch gerne in Platten schicken. Bitte verwenden Sie hierfür "Full-Skirted" PCR Platten (zBsp von Eppendorf oder Twin).
Für mehr Informationen und den Probenversand für Extraktionsproben lesen Sie auch unseren Sample Submission Guide.
(Im Bild werden Prepaid Sanger Barcodes verwendet, aber der Ablauf ist für die kostenfreien NGS Barcodes (blau) derselbe)
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1
Only use 1.5 ml
safe-lock tubes
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2
Remove barcode
stricker from film
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3
Affix barcode sticker
horizontally
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4
QR-code visible at front so
it can be read by scaner
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