RNA & DNA Viren, unbekannte Viren, Virus Mischungen und AAV
Wählen Sie die perfekte NGS Lösung für Ihre Virus-Proben
Das INVIEW Virus Produkt ist die beste Wahl für alle NGS Projekte, die Virusvarianten erkennen, oder Viren in einem Medium nachweisen möchten.
Anwendungen
- Identifikation von genetischen Varianten, Einzelbasen-Mutationen, Insertionen und Deletionen
- Profiling einer Virusgemeinschaft
- Virustyp-Identifikation
- Produktsicherheit
- AAV-Testung
Virus-Proben
- DNA Virus (ssDNA oder dsDNA)
- RNA Virus (ssRNA oder dsRNA)
- Adeno-assoziierte Viren
- Unbekannte Viren oder Virus-Mischung
Produktspezifikationen
- Individuelle Chargengröße ab einer Probe
- Anpassungsfähige Sequenzierleistung in Vielfachen von 5M Reads
- Hochwertige BioIT-Analyse
- Abschlussbericht mit publikationsbereiten Daten
- Verfügbar mit ISO17025 Akkreditierung
Produktdetails
Ausgangsmaterial
Akzeptiertes Ausgangsmaterial für INVIEW Virus
| Virustyp |
Ausgangsmaterial |
| RNA Virus |
- Typ: rRNA depletiert oder Gesamt RNA
- Menge: 100 ng pro Probe
- Konz.: min 5 ng/µl
- Gelöst in: RNase-, DNase- und Protease-freiem "molecular grade" Wasser
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| dsDNA Virus |
- 100 ng ng gDNA Qubit quantifiziert (bis zu 100µl / Konz. > 1 ng/µl)(NanoDrop quantifiziert > 200 ng empfohlen)
- cDNA kann nicht als Ausgangsmaterial akzeptiert werden
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| AAV / ssDNA Virus |
- Wir empfehlen 500µl - 1 ml Zellkulturüberstand für die ssDNA Extraktion zu verwenden
- Menge: min. 20µl der extrahierten ssDNA (Konz.: 0.1 ng/µl)
- Falls die ssDNA nicht aus Zellkulturüberstand sondern einer anderen Flüssigkeit extrahiert wird, kontaktieren Sie uns bitte vorab.
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| Unbekannte Viren / Viren-Mischung |
- Wir empfehlen 500µl - 1 ml Zellkulturüberstand für die TNA Extraktion zu verwenden
- Menge: min. 20µl der extrahierten TNA (Konz.: 0.1 ng/µl)
- Falls die TNA nicht aus Zellkulturüberstand sondern einer anderen Flüssigkeit extrahiert wird, kontaktieren Sie uns bitte vorab.
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Akzeptiertes Ausgangsmaterial für die DNA und/oder RNA Isolation
- Gewebe
- Zellen
- Blut
- Umweltproben
- Zellkulturüberstand
Akzeptiertes Ausgangsmaterial für die Gesamt-Nukleinsäuren (TNA) Extraktion
- Zellkulturüberstand
- Zellbänke
- Allontoische Flüssigkeit (Eier)
- Virus-Saatgut
- Andere Materialien (z.Bsp Bioreaktor Proben)
- Umweltproben auf Anfrage
Bitte beachten Sie, dass für online angeforderte DNA-Isolierungen nur S1-klassifiziertes Material angenommen wird. Weitere Informationen über die derzeitigen Regelungen zur Klassifizierung biologischen Materials finden Sie hier. Bitte wenden Sie sich an uns für weitere Informationen zur DNA-Isolierung aus Material, das als S2 klassifiziert wurde.
Arbeitsablauf
RNA Virus
- RNA Isolation
- Ribosomale RNA (rRNA) Depletierung – optimierte Entfernung von rRNA von der mRNA. (Bitte kontaktieren Sie uns, um die Kompatibilität mit Ihrem Organismus zu überprüfen)
DNA Virus
- DNA Isolation
- Gesamt-Nukleinsäuren (TNA) Extraktion
Unbekannte Viren / Viren Mischungen
- Gesamt-Nukleinsäuren (TNA) Extraktion
RNA Virus
Strang-spezifische cDNA Bibliothek. Keine Poly-A Selektion.
ds DNA Virus
Standard genomische Bibliothek
ssDNA Virus
Bibliothekenherstellung mit Hilfe eines proprietären Protokolls für ssDNA Viren
Unbekannte Viren / Viren Mischungen
Bibliothekenherstellung mit Hilfe eines proprietären Protokolls für alle Virus Klassen
- Typ: Illumina
- Modus: 2 x 150 bp
- Datenmenge: 5 M Read Paare pro Probe (oder multiple davon)
Genome variant detection (DNA / RNA Virus)
• Mapping gegen eine Referenzsequenz
• Bestimmung von SNPs und InDels
• Annotation der detektierten SNPs und InDels (unter Verwendung von dbSNP)
• Allokation von Effekten auf Protein-Ebene (unter Verwendung von Ensembl)
Virus-Metagenom Analyse (Unbekannte Viren / Viren Mischungen )
- Bewertung der Sequenzqualität und Datenbereinigung
- Entfernung Sequenzierdaten (Reads) des Host* Organismus
- Überprüfung der Sequenzdaten nach allen bekannten Viren mit Hilfe der gesamten Virus-Genom-Datenbank
- Taxonomische Zuweisung und Erstellung eines Virusprofils pro Probe
*Verfügbare Host-Organismen: Mensch, Maus, Ratte, Huhn, Ente, Green Monkey, Chicken, Chinese Hamster (CHO) (andere Host-Organismen auf Anfrage)
Genome variant detection
• Alignment Datei (bam)
• SNP und InDel Tabellen, inklusive annotierter Varianten und Effekte (vcf, tsv, bed)
• Umfassender Datenanalyse-Bericht (pdf)
Viral metagenomic analysis (Unbekannte Viren / Viren Mischungen)
- Tabellen der detektierten Viren (pro Probe) (TSV)
- Umfangreicher Datenanalyse-Report (HTML)
- 12 Arbeitstage für bis zu 24 Proben für dsDNA Viren
- 15 Arbeitstage für bis zu 24 Proben für RNA Viren
- 27 Arbeitstage für bis zu 24 Proben für ssDNA, AAV und unbekannte Viren / Viren Mischungen (Express service verfügbar)