SupremeRun Plate Service

Probenvorbereitung & Versand für den SupremeRun 96 Service

• Verwenden Sie bitte ausschließlich vollumrandete PCR Platten
• Es muss eine Normalisierung der DNA-Konzentrationen über die gesamte Platte erfolgen
• Die Fragmentgröße ungereinigter PCR Produkte sollte sich nicht um mehr als den Faktor Drei voneinander unterscheiden
• Schicken Sie uns Ihre Proben flüssig mit einem Gesamtvolumen von je 15 µl
• Verschließen Sie Ihre Platten mit 8-Cap Strips, um Materialverluste zu verhindern
• Kleben Sie den SupremeRun 96 Barcode auf den Rand Ihrer Platte
• Kennzeichnen Sie Ihren beigefügten Primer mit unseren Primer Barcodes
• Versenden Sie die Proben bei Raumtemperatur an unser Sequenzierlabor

Quantifizieren Sie die Template-Konzentration mittels Agarosegel oder Photometer zur Sicherstellung präziser Ergebnisse. 

Profitieren Sie von größtmöglicher Flexibilität im Umgang mit Ihren Sequenzierprimern

Dank unseres DNA Syntheselabors, bioinformatischen know hows und internen IT Lösungen können Sie wählen, wie Sie uns Ihre Sequenzierungsprimer zur Verfügung stellen:

• Wählen Sie aus Standartprimern auf Lager
  Wählen und verwalten Sie Ihre bevorzugten Standart-Primer aus mehr als 80 verschiedenen bestätigten Standard Primern
  
• Bestellen Sie spezifische Sequenzierungsprimer
  Spezifische Primer können direkt mit Ihrer Sequenzierungsbestellung bestellt werden. Diese Primer werden 4 Wochen gelagert und können während dieser Zeit wiederverwendet werden
• Legen Sie Ihre eigenen Sequenzierungsprimer bei
  Sie können uns Ihren Sequenzierungsprimer in 1,5 ml- Röhrchen zusammen mit Ihren Proben senden, indem Sie unsere Primer Barcodes verwenden.

Bitte beachten Sie die optimalen Primerbedingungen, Konzentration und Volumen wie unten beschrieben.

Optimale Primer-Bedingungen:

• Primer dürfen weder Phosphorylierung noch Fluoreszenzfarbstoffe enthalten
• Die optimale Primerlänge liegt zwischen 16 und 25 Basen
• Die Schmelztemperatur des Primers sollte 50 - 62°C betragen
• Der GC-Gehalt des Primers sollte bei 35-60% liegen
• Idealerweise sollte ein G oder C am 3’-Ende liegen
• Die Anzahl der 3' Gs oder Cs sollte nicht größer als 2 Gs oder Cs sein
• Wenn möglich, vermeiden Sie >3 identische Basen hintereinander in der Sequenz
  
  

Primer-Konzentration und -Volumen:

• Pro Sequenzierreaktion werden exakt 10 pmol/µl Primer-Konzentration benötigt
• Der Primer muss ein Gesamtvolumen von 20 µl (in bi-destilliertem Wasser oder 5mM Tris-HCl) haben
• Die Konzentration von Primern mit Wobbles muss nach folgender Formel berechnet werden: n^X x ConcPrimer
  

n = Anzahl Basen im Wobble gem. IUPC-Code, X = Anzahl Wobbles in der Primer-Sequenz. [z.B. 1 V (AGC) = 3¹ x 10 pmol/µl; 2 V (AGC) (AGC) = 3² x10 pmol/µl]

Aufbewahrung von Proben und Primer:

• Lagerung der DNA für 4 Wochen
• Kostenlose Lagerung der synthetisierten Primer für 4 Wochen
• Aufbewahrung von synthetisierten Primern für ein Jahr gegen Aufpreis
• Mitgesendete Primer werden für 10 Tage aufbewahrt

Datenspeicherung:

• Sichere Online-Archivierung aller ausgewählten Sequenzdaten für 6 Monate

Definition von technischen Ursachen

Ein technischer Fehler ist als ein chemischer oder technischer Defekt (IT, Maschinen) in unserem Labor definiert. Um zu gewährleisten, dass die Qualität der Sequenzierung einer Platte nicht von einem technischen Fehler betroffen ist, wird bei jeder Platte eine interne Qualitätskontrolle durchgeführt (Well H12 sollte zu diesem Zweck leer gehalten werden, ansonsten kann eine Qualitätskontrolle erfolgen). Darüber hinaus analysiert eine hochentwickelte Software jede einzelne Platte unter Berücksichtigung verschiedener Parameter wie Qualitätswerte (QV) und Leselängen. Falls diese Parameter einen bestimmten Wert pro Platte unterschreiten wird eine zusätzliche manuelle Überprüfung durchgeführt. Wenn durch diese manuelle Prüfung ein technischer Fehler bestätigt wird, wird die Platte neu sequenziert.