SupremeRun Tube Service

Probenvorbereitung

Bitte liefern Sie uns Ihre Proben in Konzentration und Volumen wie folgt:

Quantifizieren Sie die Template-Konzentration mittels Agarosegel oder Photometer zur Sicherstellung präziser Ergebnisse.

Generell gilt für Ihren Versand:

• Verwenden Sie 1,5ml „Safe Lock“-Tubes für Ihre Templates und Primer
• Verkleben oder umwickeln Sie Ihre Tubes nicht mit Parafilm. „Safe Lock“-Tubes sind viel besser geeignet, denn sie schließen perfekt ab und schützen vor Verdunstung.
• Etikettieren Sie Ihre Proben- und Primer-Tubes mit unseren Barcode Labels.
• Verwenden Sie wasserfesten Marker für alle zusätzlichen Kennzeichnungen auf Ihren Tubes

Profitieren Sie von größtmöglicher Flexibilität im Umgang mit Ihren Sequenzierprimern

Dank unseres DNA Syntheselabors, bioinformatischen know hows und internen IT Lösungen können Sie wählen, wie Sie uns Ihre Sequenzierungsprimer zur Verfügung stellen:

• Wählen Sie aus Standartprimern auf Lager
  Wählen und verwalten Sie Ihre bevorzugten Standart-Primer aus mehr als 80 verschiedenen bestätigten Standard Primern
  
• Bestellen Sie spezifische Sequenzierungsprimer
  Spezifische Primer können direkt mit Ihrer Sequenzierungsbestellung bestellt werden. Diese Primer werden 4 Wochen gelagert und können während dieser Zeit wiederverwendet werden
• Legen Sie Ihre eigenen Sequenzierungsprimer bei
  Sie können uns Ihren Sequenzierungsprimer in 1,5 ml- Röhrchen zusammen mit Ihren Proben senden, indem Sie unsere Primer Barcodes verwenden.

Bitte beachten Sie die optimalen Primer Bedingungen, Konzentration und Menge wie unten beschreiben

Optimale Primer-Bedingungen:

• Primer dürfen weder Phosphorylierung noch Fluoreszenzfarbstoffe enthalten
• Die optimale Primerlänge liegt zwischen 16 und 25 Basen
• Die Schmelztemperatur des Primers sollte 50 - 62°C betragen
• Der GC-Gehalt des Primers sollte bei 35-60% liegen
• Idealerweise sollte ein G oder C am 3’-Ende liegen
• Die Anzahl der 3' Gs oder Cs sollte nicht größer als 2 Gs oder Cs sein
• Wenn möglich, vermeiden Sie >3 identische Basen hintereinander in der Sequenz

Primer-Konzentration und -Volumen:

• Pro Sequenzierreaktion werden exakt 10 pmol/µl Primer-Konzentration benötigt
• Jeder Primer muss ein Gesamtvolumen von 20 µl (in bi-destilliertem Wasser oder 5mM Tris-HCl) haben; für jede weitere Sequenzierreaktion sind 2 µl Primer-Volumen erforderlich
• Die Konzentration von Primern mit Wobbles muss nach folgender Formel berechnet werden: n^X x ConcPrimer
  
  n = Anzahl Basen im Wobble gem. IUPC-Code, X = Anzahl Wobbles in der Primer-Sequenz. [z.B. 1 V (AGC) = 3¹ x 10 pmol/µl; 2 V (AGC) (AGC) = 3² x10 pmol/µl]

Aufbewahrung von Proben und Primer:

• Lagerung der DNA für 4 Wochen
• Kostenlose Lagerung der synthetisierten Primer für 4 Wochen
• Aufbewahrung von synthetisierten Primern für ein Jahr gegen Aufpreis
• Mitgesendete Primer werden für 10 Tage aufbewahrt

Datenspeicherung:

• Sichere Online-Archivierung aller ausgewählten Sequenzdaten für 6 Monate

Definition technische Ursachen

 
in technischer Fehler ist als ein chemischer oder technischer Defekt (IT, Maschinen) in unserem Labor definiert. Um zu gewährleisten, dass die Qualität der Sequenzierung einer Platte nicht von einem technischen Fehler betroffen ist, wird bei jeder Platte eine interne Qualitätskontrolle durchgeführt (Well H12 sollte zu diesem Zweck leer gehalten werden, ansonsten kann eine Qualitätskontrolle erfolgen). Darüber hinaus analysiert eine hochentwickelte Software jede einzelne Platte unter Berücksichtigung verschiedener Parameter wie Qualitätswerte (QV) und Leselängen. Falls diese Parameter einen bestimmten Wert pro Platte unterschreiten wird eine zusätzliche manuelle Überprüfung durchgeführt. Wenn durch diese manuelle Prüfung ein technischer Fehler bestätigt wird, wird die Platte neu sequenziert.