Wenn Ihre genomische DNA (gDNA)-Extraktion auch native Plasmid-DNA enthält, ist es wahrscheinlich, dass Sie Sequenzierungsreads für diese Plasmide erhalten. Im Allgemeinen werden DNA-Fragmente mit einer Größe von <1 kb während der Sequenzierung ausgeschlossen. Kleine, plasmidgroße Reads werden jedoch während der Assemblierung nicht herausgefiltert, daher besteht die Wahrscheinlichkeit, dass sie zu eigenen Plasmidassemblierungen beitragen, zusätzlich zur gDNA-Assemblierung.
Letztendlich hängt die Art der in Ihrer Probe enthaltenen DNA, die zu einer Assemblierung beiträgt, von der Gesamtqualität der Probe, der Abdeckung und dem relativen Vorkommen oder der Degradation jedes DNA-Typs ab.