Die PCR-Produkt Generierung dient uns als Qualitätskontrolle. Die PCR Bedingungen sind optimiert und der Erfolg der Amplikongenerierung ist von der Menge an bakterieller, archaeller oder Pilz-DNA in der Probe abhängig. Falls kein oder nur ein sehr schwaches Amplikon generiert werden kann, liegt dies in den meisten Fällen an einer zu geringen DNA-Menge. Standardmäßig wiederholen wir die Amplikongenerierung einmalig mit modifizierten Bedingungen in diesen Fällen.