Die passende Antwort auf häufig gestellte Fragen
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Welche Arten von Proben können mit INVIEW CRISPR Check verarbeitet werden?
The starting material is amplicons prepared in your lab that span the mutation site. The amplicon generation protocol to apply depends on the product type (adaptor ligation or 2nd PCR workflow), instructions can be found in the tab "How to prepare your Amplicons" on the respective product webpage. Amplicon length requirements can be found in the tab "Specifications".
Als Startmaterial benötigen wir von Ihnen Amplikons, welche die Mutationsstelle überspannen. Das Vorgehen zur Amplikongenerierung hängt von dem Produkttyp ab (Adaptor Ligation oder 2nd PCR Workflow). Instruktionen können Sie auf der Webseite auf dem Tab "Probenvorbereitung" finden. Anforderungen zur Amplikonlänge finden Sie auf dem Tab "Spezifikationen".
Warum empfehlen Sie eine relativ engen Bereich, innerhalb dem das Wildtyp-Amplikon liegen sollte?
Die Amplikonlänge (Wildtyp) muss an die Länge der InDels angepasst werden, die Sie detektieren möchten. Zudem muss die Amplikonlänge ein Merging überlappender Reads zulassen. Üblicherweise sind die Mutationen die Sie mit CRISPR (NHEJ Pathway) einführen im Bereich von 1-20 bp). Um auch größere InDels nicht von der Analyse auszuschließen muss die Wildtyp Amplikongrößer in einem bestimmten Größenbereich liegen.
Sie finden in unserem Sample Preparation Guide die Längenanforderungen für alle Produkttypen und für zwei Beispiel Anwendungsfälle.
Können wir Ihren Service auch nutzen wenn wir mit einem anderen CRISPR System arbeiten als dem SpCas9 System?
Ja, Sie können. In diesem Fall benötigen wir für die Analyse das Schnittstellen Offset (Distanz in Nukleotiden upstream der PAM Sequenz, bei der der Doppelstrangbruch erwartet wird).
Haben Sie Empfehlungen für das Assay Setup?
- Bitte fügen Sie immer mindestens eine Wildtyp Kontrollprobe in Ihr Experiment ein.
- Wenn Sie eine sehr akkurate Bestimmung der Editing Efficiency benötigen, dann empfehlen wir Ihnen Replikate in die Analyse aufzunehmen. Replikate erhöhen die Genauigkeit der Effizienzbestimmung, sind aber nicht zwingend notwendig.
Wie unterscheidet sich INVIEW CRISPR Check Adaptor Ligation und INVIEW CRISPR Check 2nd PCR?
Beide Produkte sind exzelleente Lösungen um Mutationen zu untersuchen die mit dem CRISPR/Cas System (NHEJ pathway) eingeführt wurden.
The Produkte unterscheiden sich vor allem in der Library Generierung (2-Step Protokoll versus Adaptor Ligations Protokoll) and damit in der Amplikon-Probenvorbereitung.
Ein Selection Guide ist auf der CRISPR Webseite verfügbar (Tab Overview) um Ihnen zu helfen die beste Lösung für Ihre individuellen Präferenzen und Gegebenheiten zu finden.
Wie sieht der Lieferumfang aus?
- Umfassender Bericht mit Abschnitten zu Ergebnissen und Methoden
- Rohdaten als FASTQ Dateien
- FASTQ Sequenzen nach Qualitäts-Clipping und Merging
- Gemappte Reads im BAM Format
- Sequenz des Wildtypallels und alternativer Allele inklusive deren Quantität
- Metriken zu Rohdaten, Präprozessierungs-Daten, Mappingergebnisse und Coverage im CSV-Format
- Berechnete Editing Effizienz pro Probe
Wie erhalte ich meine Ergebnisse?
Für das Produkt INVIEW CRISPR Check 2nd PCR können Sie die Ergebnisse von unserem sicheren FTP Server herunterladen (passwort wird Ihnen mitgeteilt). Für das Produkt INVIEW CRISPR Check Adaptor Ligation stellen wir Ihnen die Ergebnisse über Ihren Ecom Account zu Verfügung.
Wohin soll ich meine Proben schicken?
Eurofins Genomics Europe Pharma and Diagnostics Products & Services Sanger/PCR GmbH
Jakob-Stadler-Platz 7
78467 Konstanz
Germany
Können wir für das Produkt INVIEW CRISPR Check 2nd PCR Amplikonproben einschicken, die aus mehreren verschiedenen Amplikons, generiert mit verschiedenen Primerpaaren bestehen?Normalerweise würden Sie pro Probe 1 Amplikon senden, das mit 1 Primerpaar erzeugt wurde. In einigen Fällen können jedoch weniger Reads pro Amplikon erforderlich sein, wie in der Projektspezifikation angegeben. In solchen Fällen können die einzelnen Amplikonproben, die Sie senden, auch aus mehreren Amplikons bestehen, die mit verschiedenen Primerpaaren generiert wurden. In diesem Fall werden wir jedoch keine Primersequenzen clippen und Rohdaten versenden.
Wie soll ich meine Proben verschicken?
Bitte senden Sie aufgereinigte DNA/RNA bzw. Amplikons in 1,5 ml SnapCap Tubes (ohne Parafilm). Und kleben Sie den kostenfreien NGS Barcode quer auf das Tube.
Ab 92 Proben können Sie diese auch gerne in Platten schicken. Bitte verwenden Sie hierfür "Full-Skirted" PCR Platten (zBsp von Eppendorf oder Twin).
Für mehr Informationen und den Probenversand für Extraktionsproben lesen Sie auch unseren Sample Submission Guide.
(Im Bild werden Prepaid Sanger Barcodes verwendet, aber der Ablauf ist für die kostenfreien NGS Barcodes (blau) derselbe)
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1
Only use 1.5 ml
safe-lock tubes
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2
Remove barcode
stricker from film
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3
Affix barcode sticker
horizontally
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4
QR-code visible at front so
it can be read by scaner
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