NGSelect Amplikon Adaptor Ligation
Höchste Flexibilität bei Amplikongröße und Datenpaketen
Der Adaptor Ligation Ansatz kann für die Sequenzierung kurzer Amplikons mit der Illumina Technologie verwendet werden.
Bei der Illumina Sequenzierung von Amplikons können Sie eine sehr hohe Coverage erzielen, und dadurch somatische Mutationen in komplexen Proben identifizieren. Proprietäre Protokolle und jahrelange NGS Expertise machen eine hohe Datenqualität mit außerordentlich kurzen Lieferzeiten möglich.
Besonderheiten von NGSelect Amplikons Adaptor Ligation
- Große Auswahl an Illumina-Sequenzierungsoptionen
- Hochsensitive NGS-Arbeitsabläufe mit reduziertem Bias
- Flexible Datenpakete ab 5 M Read Paaren
- Multiplexing von bis zu 192 Illumina Proben
- Wenn Sie mehrere Proben multiplexen wollen: Eurofins Primer Design um Ihnen Zeit zu sparen, und Ihnen Best Practice Multiplexing anzubieten
Sie brauchen Oligos, um Ihre Amplikons vorzubereiten? Klicken Sie hier
Produktdetails
Ausgangsmaterial
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Bibliothekstyp
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Ausgangsmaterial
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Adapter-Ligation
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100 - 200 ng PCR Produkte / Amplikons (bis zu 100 µl, Konzentration > 1 ng/µl
Für die Sequenzierung mit 5M Read-Pairs und 2 x 150 bp Leselänge sollte die Größe der Amplikons idealerweise zwischen 150 bp und 270 bp (absolut min. 80 bp, absolut max. 650 bp) liegen
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Spezifikationen
- Illumina-Datenpakete
- garantierte 5M Read-Pairs (10 Millionen Reads) pro Paket, 2 x 150 bp
- garantierte 12M Read-Pairs (24 Millionen Reads) pro Paket, 2 x 250 bp
- garantierte 16M Read-Pairs (32 Millionen Reads) pro Paket, 2 x 300 bp
- Illumina
- Zusammenführung überlappender Paired-End-Reads (Merging)
- Sortieren der Sequenzen nach Tags
- vom Kunden designte Tags
- von Eurofins Genomcis designte Tags
Ab knapp zwei Wochen; von individuellen Projektzielen abhängig
*Weniger Startmaterial? Bitte kontaktieren Sie uns.
Amplikon-Vorbereitung für NGSelect Amplicons Adaptor Ligation (Illumina)
So einfach wie noch nie
Für die Illumina Sequenzierung von Amplikons mit dem Adaptor Ligation Protokoll, können Sie entweder Amplikons ohne jegliche Adaptoren vorbereiten, oder unsere Barcoding (=Tagging) Strategie nutzen. Der Tagging Ansatz reduziert die Sequenzierkosten Ihres Projektes, insbesondere dann, wenn Sie Projekte mit mehr als ein paar einzelnen Proben planen.
Option ohne Tagging:
- Definieren Sie den Zielbereich, den Sie amplifizieren möchten, und konzipieren Sie Primer für die Amplifikation dieses Bereiches. Die zu amplifizierenden Region soll zwischen 100 und 570 bp lang sein.
- Bestellen Sie die Zielregion-spezifischen Primer als NGSgrade oligo primers und generieren Sie die Amplikons für alle DNA-Templates (=Proben)
- Überprüfen Sie den Amplifikationserfolg auf einem Gel und reinigen Sie die Amplikons auf
- Da Sie kein Barcoding der einzelnen Proben verwendet haben müssen Sie mindestens 1 Datenpaket pro Amplikon bestellen, um die Reads nach der Sequenzierung einer Probe zuordnen zu können.
Option mit Tagging:
- Definieren Sie den Zielbereich, den Sie amplifizieren möchten, und konzipieren Sie Primer für die Amplifikation dieses Bereiches. Die zu amplifizierenden Region soll zwischen 100 und 570 bp lang sein.
- Laden Sie Ihre zielspezifischen Sequenzen auf unserer Oligo-Bestellseite hoch und überlassen Sie Eurofins das automatische Primerdesign.
- Bestellen Sie Primer und bereiten Sie Amplikons mit den dafür vorgesehenen Primern vor.
- Überprüfen Sie den Amplifikationserfolg auf einem Gel und reinigen und quantifizieren Sie jedes Amplikon für das equimolare Pooling
- Die Verwendung von getaggten Primern ermöglicht die Multiplex-Sequenzierung mehrerer gepoolter Amplifikate in einem einzigen Datenpaket.