Hochmoderne Algorithmen für erfolgreiche qPCR
Eurofins Genomics' qPCR Assay Design Tools verwenden das Prime+ Programm des GCG Wisconsin Package das für perfekten Sonden Design mit zusätzlichen Parametern erweitert wurde.
Zur Ermittlung der optimalen Primer/ Sonden Kombinationen für Genotypisierung- und Genexpressionsanalysen berücksichtigen unsere qPCR Assay Design Tools die optimalsten Bedingungen für Primer, Sonde und das PCR Produkt. Die meisten dieser Parameter sind als Standartwerte in unseren qPCR Design Tools vordefiniert:
- Kriterien für das Sonden Design
Für das Design optimaler Sonden werden Parameter wie Bindung, Bindung mit sich selbst (GC Gehalt, Sequenzlänge) und Einzigkeit verwendet. Homopolymer-Stretches und 5' Gs werden vermieden. Mehr Cs als Gs in der Sequenz werden für die Sonde berücksichtigt. Zusätzlich werden Sonden verwendet, deren Tm um 8-10°C höher ist, als die Ta des PCR Produktes.
- Kriterien für das Design der Primer
Für das Design der Primer, wird die optimale Primer-Länge, GC-Gehalt und Tm der Primer verwendet. Der optimale Tm Unterschied zwischen dem Primer Paar werden berücksichtigt und G/C als Primer 3' Clamp empfohlen. Für eine effiziente Bindung der Primer werden extensive self-dimer und cross-dimer Bildungen vermieden um Primer-Dimere und Sekundärstrukturen zu minimieren.
- Kriterien für das PCR Produkt
Die optimale Größe des PCR Produkts, optimaler GC-Gehalt und Tm werden berücksichtigt und als Standardwerte vorgeschlagen.
Für den Design von Biplex Assays werden alle Primer und Sonden nochmal gegeneinander geprüft.
Die Ergebnisse werden nach den erwarteten Leistungskriterien basierend auf dem niedrigsten Annealing - Werten der Sonden in der Ergebnisliste angezeigt.
Die ausgewählten Primer / Sonden Kombination(en) können Sie direkt online bestellen.